1963年9月26日，罗荣桓病情严重，再次住进了北京医院。这次不仅是血压不稳，心脏不好，肾功能也开始衰竭。当时医院还没有人工肾设备，只能采用腹膜透析的办法，就是向腹内注射1000毫升生理盐水，过半小时再抽出来。林月琴看到罗荣桓注进盐水后，肚子胀得像鼓一样，他却强忍着一声不吭。由于尿中毒，毒素不能从肾排出，就从皮肤排出。所以罗荣桓时常觉得浑身皮肤奇痒难忍，他自己挠，林月琴也帮着挠，这也止不住，就用热水烫。热水的温度不断增高，皮肤经常烫出泡来。林月琴看着罗荣桓如此受罪，心如刀搅一般，但她只能将眼泪往肚里咽，和医生配合着，希望出现转机。
可是不行，由于尿毒刺激肠胃，不能吃饭，一吃就吐，什么办法也止不住。可是不吃饭病情会更重。林月琴和医生就喂他吃，他就一口一口地把饭强咽下去，一面吃一面同人说话，以便分散注意力，减少痛苦。强迫吃下去了，又要吐，吐完了再接着吃，有时一顿饭要折腾四五次。
病魔毫不留情地折磨着他，很快他便连起床的力气也没有了。可是他还是一次次地挣扎着坐起来。他嘴里不停地念叨着：“让我坐起来，站起来，能站起来就是胜利。”
站起来像爬一座山一样困难。林月琴把家里的一把旧椅子拿出来，装上四个轮子，搬到医院里来，推着他在走廊里坐一坐。站起来——成了她和他的最大奢望。
然而，他不但没有站起来，就是卧着的时候，因尿毒症而打嗝不止。这在一般人容易克制的困难，在罗荣桓身上变得异常艰难。就是止不住。几天几夜地打，院方将北京所有会止嗝的医生都找来了，什么办法都用过了，就是止不住。林月琴听医生说可以用最冷和最热的办法试一试，就喂他吃冰，吃冰也止不住，又用喝开水的办法……看到罗荣桓那样痛苦，林月琴的心都快要碎了。她日夜守候在医院里，时常有人来看望罗元帅，她又要抑制自己的悲痛去迎送客人……
12月15日。罗荣桓病情更加恶化。几天来，他一直处于昏迷状态。这一天他苏醒过来，看着守候在床前的妻子和孩子们，嘴角露出一丝笑容，他努力伸出手拉着林月琴的手，深情地望着，对这位经过长征的红军女战士、与自己共度过26个春秋的老伴，已经没有更多的嘱咐了，只是说：“我死以后，分给我的房子不要再住了，搬到一般的房子去。不要特殊。”然后他逐个地看着孩子们，叮咛着：“我一生选择了革命的道路，这一步是走对了，你们要记住这一点。我没有遗产留给你们，没有什么可以分给你们的。爸爸就留给你们一句话：坚信共产主义这一伟大真理，永远干革命。”他又昏迷过去。傍晚，罗荣桓又苏醒过来。林月琴告诉他：“少奇同志来看你。”罗荣桓听说后，就一直硬撑着，直到刘少奇走后，他又陷入昏迷。
12月16日下午2时37分，罗荣桓在贺龙、张爱萍、甘泗淇、梁必业、肖向荣和林月琴及孩子们守护下，心脏停止了跳动。病房里顿时一片抽泣……
这天晚间，毛泽东在中南海颐年堂会议室召集会议听取聂荣臻等同志汇报十年科学技术规划。开会前，毛泽东提议大家起立为罗荣桓默哀。默哀后，毛泽东说：“罗荣桓同志是1902年生的。这个同志有一个优点，很有原则性，对敌人狠，对同志有意见，背后少说，当面多说，不背地议论人，一生始终如一。一个人几十年如一日不容易。原则性强，对党忠诚。对党的团结起了很大的作用。”
出席这次汇报会的罗瑞卿随即打电话给正在陪同林月琴的郝治平，让她把毛泽东讲的话向林月琴转达，劝劝林月琴，林月琴听了毛泽东的话，稍稍得到一些慰藉。
罗荣桓逝世两年以后，“文化大革命”的风暴已蓄势待发，罗瑞卿成了它的第一个牺牲品。林彪在整罗瑞卿的同时，叶群通过吴法宪向刘亚楼夫人翟云英打招呼，要她少同林月琴接触，原因是林月琴同人交往“左中右不分”，其实际含义是说林月琴同罗瑞卿的夫人郝治平来往密切。翟云英没有听他们的话。有一次，军委办公厅送一份传阅文件给贺龙夫人薛明，让她看完后传给同她比邻而居的林月琴。叶群知道后竟跑到薛明处威胁道：“你们那个邻居的弟弟历史上有问题，你把文件传给她，将来是会说不清楚的！”
“文革”开始后，因林彪的得宠而扶摇直上的叶群终于有了出气的时候。20年前罗荣桓严厉批评她的事，她记忆犹新。在大整罗瑞卿夫妇的同时，叶群将手伸向林月琴，并通过整林月琴来攻击已逝世两年多的罗荣桓。她不仅要自己出气，还要帮着“首长”林彪出气。
林彪也有此意。有一次他发誓说：“什么林罗，林罗！林罗从来就不是一回事！林罗要分开！”
1966年8月25日，吴法宪带头给林月琴写了第一张大字报，贴在总参办公楼的门厅里。一石激起千层浪，整个总参机关都被惊动了，惊动的不止是内容，而在于它的作者和被攻击的对象。人们一时议论纷纷：一个空军的司令怎么会把“反”造到总参机关来呢？至于内容，则空泛得很，说是林月琴喜欢钓鱼，给扣了个“意志颓废”的帽子。为了造声势，空军又送来几张大字报，接着是林彪办公室支部贴出大字报支持吴胖子的“革命行动”。可是人们议论来议论去，也看不出大字报有什么重要内容，于是对它的热情渐消。
叶群在一旁静观事态的发展，她想在总参掀起千层浪，可是落下几颗雨滴之后，天好像晴了。气急败坏之中，她决定再添几把柴，把“火”烧起来。这年的12月，在林彪授意下，总参成立了批判肖向荣的领导小组。叶群向领导小组提出，要在批肖向荣的同时，点名批判林月琴，要把她斗倒斗臭，肃清影响。她要领导小组每天向她报告会议情况，除批肖向荣的情况外，还要了解有谁点了林月琴的名，都讲了些什么。就是在此会上，一些人在叶群的鼓动下胡说林月琴组织了“寡妇集团”。
这一期间，林月琴承受着巨大的精神压力。她的弟弟、民航局的一位一般干部林宁被诬陷为特务而被迫害致死。林月琴则带着女儿罗北捷、侄子林洋被软禁在西山。12月16日，罗荣桓逝世三周年，叶群又将公安部长谢富治搬了出来，连夜秘密逮捕了林宁的妻子陶书秀，把她投入秦城监狱。逮捕的方法经过周密安排，十分神秘。当夜由谢富治在林彪家里坐镇指挥，先是派一辆卧车到林月琴家，叫醒陶书秀，要她把林月琴的换洗衣服收拾一下，送到西山去。陶信以为真，上了车，到了西四附近，又让陶下了车，然后，换乘警车直奔秦城。对一位不识字的家庭妇女如此煞费苦心，实在让人难以理解；而将逮捕时间定在12月16日——罗荣桓逝世的那天，是存心还是巧合，就不得而知了。
此时，儿子罗东进夫妇住在机关，林月琴被隔离，陶书秀被捕，罗家空了，只剩下一个司机看门。有一天，林月琴的小女儿腊娜回家来，一看四处无人，急得不行。曾经护理过罗荣桓的三〇一医院护士肖宝珠看她孤独一人，就把她接到三〇一医院当了一名护理员。此后很长一段时间里，腊娜和母亲断了音讯，彼此不知在哪儿。
1967年2月，“文革”已是大火冲天，叶群也由幕后走到了前台，尽情地演出自己的报复剧。按林彪的旨意，她在京西宾馆召开的总政治部一次会议上指名攻击罗荣桓“反党”、“反毛主席”；并通过全军文革小组一名工作人员之口，把罗荣桓和已被贬黜到福建的谭政并列为总政工作做得较少、较差的主任。接着，罗荣桓曾长期领导的总政治部便被林彪一伙打成了“阎王殿”而“彻底砸烂”。把当时的总政主任肖华打成“大阎王”、许多部长打成“判官”。
“九一三”事件之后，林月琴回到了北京。1975年，邓小平从江西返回北京，住在招待所里，便约见了林月琴和她的三个孩子。经过九年动乱，孩子们见到了这位罗荣桓的挚友，不由得悲喜交加，热泪盈眶。历尽磨难，邓小平仍然健壮，乐观，目光炯炯逼人。他逐一环视着孩子们，深情地说：“要记住你们的爸爸，他是真正维护毛泽东思想的。他反对‘活学活用’完全正确，我和他的观点是一样的。”
这年9月，邓小平在农村工作座谈会上回忆说：“林彪把毛泽东思想庸俗化的那套做法，罗荣桓同志首先表示不同意，说学习毛主席著作要学精神实质。当时书记处讨论，赞成罗荣桓同志的这个意见。”1977年5月，在需要端正党的思想路线的关键时刻，邓小平就提起这件事：“两个‘凡是’不行……毛泽东思想是个思想体系。我和罗荣桓同志曾经同林彪作过斗争，批评他把毛泽东思想庸俗化，而不是把毛泽东思想当作体系来看待，我们要高举旗帜，就是学习和运用这个思想体系。”（《邓小平文选》）
邓小平这几次讲话，对1961年他和罗荣桓同林彪的这场斗争的意义，作了恰如其分的历史评价，不仅是对林月琴和她的孩子们的莫大的安慰和鼓舞，也是对后人树立了一个楷模，那就是要为坚持真理而斗争。