1965年，中央决定，西藏工委从9月1日起，改为中共西藏自治区委员会，张国华任第一书记。正当张国华踌躇满志建设西藏时，“文化大革命”开始了。
西藏和内地一样，顿时一片混乱。从城镇到农牧区乃至边境地区，到处都在“造反”。他们也揪住张国华不放，各种帽子已经戴到了13顶，他发高烧好几天了，白天应付造反派，晚上到医院打针。一个好心的医生把情况报告周总理。周恩来极度关注西藏局势，也关心着张国华。他指示童小鹏：“小鹏啊，通知空军，派个飞机把国华同志接到北京。”
张国华还没到，驻京办事处的造反派就得到消息，闯到樊近真家里，逼问着：“总理说了，张国华要回来了，你把人交出来！”
樊近真气不打一处来：“你们是听的广播，我也是听的广播，我也不知道他在哪！”
造反派没有找到人，气急败坏地走了。夜里2点多，张国华才推开北京的家门。樊近真还没睡，一见张国华脸肿得厉害，往床边一坐就起不来了。问他吃点什么，他说别忙了，要弄就弄点稀饭吧。樊近真见他的脚也肿得跟馒头似的，说洗洗脚能消肿。可他怎么也脱不下毛裤，孩子们也来帮着脱，可腿肿得根本脱不下。张国华喃喃说道：“我已经4个月没脱衣服上床了……”正换着毛裤，周恩来来了电话，让他到京西宾馆去。张国华从床上坐起来，一看表已经5点多了，说总理打电话总有事，不用休息了。
他出门刚上车，另一辆小车在门口戛然而止，车上的人下车来急急走近张国华，贴近他耳朵窃窃：“先到人大会堂。”他到了人大会堂，才知是毛泽东接见他们18个将领。
接见以后张国华又去京西宾馆。两天以后他让党秘书打电话，叫樊近真也去，谈谈西藏驻京办事处运动情况。
周恩来把大区和省市一些靠边站的领导集中到京西宾馆，加以保护。可造反派不顾警卫战士的阻拦，仍然冲击宾馆，要揪斗宋任穷、谭启龙、江华、江渭清、张体学等人。有时强行把人抢走。傅崇碧再指挥部队把人夺回来。周恩来对冲击京西宾馆很恼火，为了保护这一大批人，指示立即修围墙。京西宾馆现在的围墙就是那时突击建成的。但造反派仍在院外围得水泄不通。
张国华正在会上汇报西藏情况。中间樊近真出来，在楼道里走动，正巧总理也出来解手。平时总理遇见她总要和蔼地问候几句。可这次总理手扶着腰间，直瞪瞪地朝前走，满脸憔悴，眼里布满血丝。樊近真鼻子一酸，掉下泪来。她在内心喊道：“这文化大革命还有个头没有！把总理累成这样……”当时外界正盛传“二月逆流”，张国华被划在贺龙的圈里，周恩来本人也承受着巨大的压力。他回到座位后，说：“不要分两次汇报了，一次吧，我还要到主席那儿去谈。”
3月初，张国华要回西藏。周恩来拉住他：“要解决四川问题，你是西藏的书记，也是西南局书记之一，你留下听听吧。”以后凡是四川问题，总理和叶帅总要拉上张国华，征求他的意见。当时四川因为刘结挺、张西挺投靠了康生、江青，林彪又在那里找军队的代理人，使四川问题变得异常复杂。周恩来和叶剑英商量，让张国华去四川任职。报到毛泽东那里，也得到同意。这件事林彪很不满意。黄永胜马上表现出冷淡。在一个食堂吃饭，遇见也不和张国华及家人打招呼了。