秦氏认为，西医诊断的肝炎，从中医来诊断也是以肝病为主，但在治疗上认为不能单治肝脏，而且也不是单用一种方法治肝。
治疗任何一个疾病，必须将主证明确提出。肝炎一般有胁痛(肝区痛)，从辨证来看，应该以胁痛为主证。中医对于胁痛，以新病在气，久则入络，分别气血，又以痛的不同情况区别。隐痛多虚，压痛为实，剧痛多寒，刺痛多瘀，胀痛和时痛时止多属于气，再结合兼证和脉象、舌苔等，作出确诊。肝炎的胁痛可以因血虚、血瘀、气逆、气郁等因素引起，又可出现气逆化火，血虚生热现象，从而产生头晕、头痛、头面掌心灼热、小便黄等种种兼证，只有结合这些反映不同的现象兼证，才能确定胁痛的性质，分别治疗。
秦氏在临床上以胁痛为肝炎的主证，再结合经常伴见的肝、脾、肠胃证状，初步定出两个治疗原则：胁部胀痛，痛的程度较剧，兼见腹胀、食减等肠胃轻证，脉弦滑或细弦，舌苔薄腻，用疏肝为主；胁痛不甚剧烈，或痛虽重而肠胃证状特别明显，脾困湿阻，食呆恶心，食后腹胀更甚，嗳气大便不调，脉濡细，舌苔厚腻等，则以调理脾胃为主。在这治疗原则下具体使用疏肝法，采用柴胡疏肝散加减，以白芍、柴胡、丹参、郁金、枳壳、青陈皮为基本方。白芍养血护阳，兼能止痛，丹参和血而无辛温之弊，用来调养肝体为主，柴胡、郁金、青皮疏肝气，枳壳、陈皮调肠胃。如果胁痛较重或牵及少腹胀痛的加金铃子、元胡；久痛不止，痛如针刺，或日轻夜重的加红花、制浮香、没药；痛处有内热感的加大小蓟、大青叶；掌心热的加丹皮、山栀。调理脾胃法采用解肝煎加减，以白芍、柴胡、厚朴、半夏、茯苓、砂仁、枳壳、青陈皮为基本方。取白芍、柴胡、青皮疏肝止痛，针对主证，结合厚朴、半夏、陈皮、茯苓、枳壳、砂仁，侧重在和中化湿。如果腹胀甚的加木香；腹满大便不畅的加大腹皮或大腹子皮；舌苔厚腻的加苍术；肠鸣大便溏薄的加乌药；兼见黄疸的加茵陈。