根据黄疸病程的发展大致分为三个阶段论治。
初期：湿热郁于表分，黄疸伴有恶寒发热，头痛少汗，神疲肢楚，胃呆少食，脉浮数，舌淡苔薄白，宜疏表达邪，但忌大汗，因汗多重伤阳气，反而引邪深入。常用麻黄连翘赤小豆汤、荆防败毒散、藿香正气散加减。
中期：湿热交蕴，侵入脾胃。这类黄疸临床颇多见，当分热重或湿重论治。热胜之黄，色鲜而润，心烦口渴，小便赤，大便干，脉数，苔黄腻，当清热利湿，方如茵陈蒿汤、栀子柏皮汤、甘露消毒丹加减；湿胜之黄，色暗不明，困倦乏力，胸闷胃呆，口腻不多饮，小便少，大便溏，脉濡，苔白腻，当化湿清热，方如茵陈五苓散、平胃散、胃苓散加减。湿热甚者，可将附子、大黄、苍术同用，退黄作用尤为显著。此期治则，应着眼于化湿，湿除则热亦清，不可过分用苦寒药物，复伤阳气，重困湿邪。
后期：阳黄失治或脾胃阳虚，寒湿内郁，以致正虚邪实。症见面目黄色，黯晦不华，形寒少食，胸痞胁痛，便溏溲少，脉沉迟，舌胖苔薄白或腻，当温脾阳，佐以利湿。方如茵陈四逆汤、附子理中汤、八珍汤加减。久病入络可酌量加入丹参、泽兰、当归、赤芍等活血化瘀药。
黄疸一证虽分为初、中、后三期论治，但自始至终应坚持使用健脾和胃之法，根据病程、病情之变化，灵活地配合祛风、化湿、清热、活血、温阳等各种方法，一般都能收到满意效果。