抗战期间，傅斯年为尚在童年的儿子书写文天祥的《正气歌》，嘱咐他“日习数行，期以成诵”，告诫他“做人之道，发轨于是，立基于是，若不能看破生死，则必为生死所困，所以异乎禽兽者几希矣”。
真正的知识精英往往富于民族感情，当蝗蝗外寇入侵时，他们会采用独特的表现方式，比如断发文身，又比如蓄须明志，傅斯年的做法是给儿子取名仁轨，这个名字当然有出处，有典故。刘仁轨是唐朝大将，驻守朝鲜，抗击日军，打过极其漂亮的歼灭战。傅斯年强烈的爱国心由此可见一斑。可惜虎父生犬子，傅仁轨未能继承父辈、祖辈的事业，他在美国学嬉皮士，荒疏学业，潦倒不堪，当然这都是后话了。
1935年，华北形势岌岌可危，日本人鼓噪“华北五省自治”，也有某些畏敌如虎的中国人极其天真地主张将北平降格为“中立区”，为此发起建立北平文化城运动，一时间人心惶惶，议论纷纷。恰在此敏感时期，胡适发表了附和政府妥协政策的软性言论——《保卫华北的重要》，傅斯年读罢此文，怒不可遏，大有冰炭不同炉之慨，他宣称要退出《独立评论》杂志社，与胡适割袍断义，幸得丁文江居中斡旋和调停，傅斯年才收回成命，与胡适言归于好。“吾爱吾师，吾更爱真理！”如此理解傅斯年与胡适的友谊，则庶几乎近之。胡适一直坚称傅斯年是他“最好的诤友和保护人”，实乃由衷之言。
当时，北平市长萧振瀛设宴招待教育界名流，他板起面孔，虚声恫吓，要大家看清楚形势，知所进退，还公然为敌张目，大放厥词，“在日人面前要保持沉默”，免招言祸，俨然出面为日本军国主义政府招降纳叛。当时，全场名流面面相觑，噤声无语，气氛极为凝重，唯有傅斯年愤然作色，拍案而起，当面教训萧振瀛别忘记自己是中国人，是国民政府的官员，别站错了民族立场。他宣称，当此国运悬于一线的危急时刻，身为学人，宁为玉碎，不为瓦全。这种反抗的态度和不屈的精神，赢得了众人的尊重。嗣后，一二九学生示威运动，使得北平浑浊的空气，为之一清。当时，亲日派横行，日本特务猖獗，傅斯年当众严正表态，很可能招致血光之灾，但他正气凛然，毫不畏缩，骨气和勇气都令人钦佩。
抗战伊始，北校南迁，北大、清华、南开三校合并而为西南联合大学，定址昆明（文学院和法学院在蒙自有三个月的过渡期），宝贵的师资和财力得以集中利用。因陋就简办好一所战时的中国最高学府，这个构想最初即源出于傅斯年的灵感。此举成为了中国教育史上的一件大事。在异常艰危的境况下，西联大培养了一大批栋梁之材，日后获得诺贝尔物理奖的美籍华裔科学家李政道、杨振宁，均是西南联大的高材生。
抗战胜利的消息传到重庆的那晚，傅斯年欣喜若狂，他从住所里寻出一瓶烈酒，到街上去手舞足蹈，如醉八仙一般脱略形骸。他用手杖挑起帽子，又像一位变戏法的魔术师，他与街头庆祝胜利的民众笑闹了许久，直到酩酊大醉，手杖和帽子全都不翼而飞。国家出了头，老百姓有了活路，这是傅斯年最畅怀最惬意的事情。