1882年6月24日，马寅初出生于浙江绍兴。有人想当然地推测他是回族人，纯属误会。有人费力劳神考证他是虞世南的后裔，也未必确切。在嵊县浦口镇，马寅初的父亲马棣生是一位小作坊主，酿酒的手艺有口皆碑，他名下的酒店“马树记”生意兴隆。家中嫡亲五兄弟，马寅初排行老幺，他天资聪颖，最得父亲看重，但马家老爷子认定一点：子承父业才是正路，学会管账经营就算出息。因此他只让马寅初上私塾识文断字，不让他去大城市的洋学堂里继续深造，偏偏这位犟哥儿要顶撞家长意志，声称“打死也不做生意”。马家父子的冲突达到白热化，马寅初的抗争极其勇烈，他纵身跳入黄泽江，险些做了龙王三太子。少年时期，这种决绝之举足见他性格倔犟，一旦认准目标，就九牛拉不回头。
马棣生的老友张江声回乡省亲访友，听说这件四邻皆惊的奇事，不禁对读书种子马寅初油然而生怜惜之心，他出面劝说马店主让儿子出远门上洋学堂，为此他乐意解囊相助。马寅初盼得救星下凡，遂拜张江声为义父。
极想读书的人，通常也极会读书。1903年，马寅初考入天津北洋大学矿科，学校因陋就简，居然没有任何标本和资料可供研究，学生以实习为主，下矿井，钻坑道，苦不堪言。当时土法开矿，既没有安全措施，也没有卫生条件，马寅初弄得一身脏臭，心知此路不通，出了矿井，他就决意改修经济学。1907年，马寅初受益于北洋大学总办丁唯鲁与教务提调丁家立（美国公理会教士）闹矛盾，尚未毕业即留学美国，先在耶鲁大学拿到经济学硕士学位，然后在哥伦比亚大学获得经济学、哲学双料博士学位。1914年，在新大陆，他初显身手，就技惊四座，毕业论文《纽约市的财政》得到美国学术界的高度认可，被哥伦比亚大学列为一年级新生的教材。
1915年，马寅初学成归国。各路军阀出高薪请他理财，差不多说尽了好话，踏破了门槛，他却不为所动，对官场习俗，不愿迁就，对外宣称“一不做官，二不发财”。他抱定“强国富民”的理想，踏入的却是教育界。1917年，应蔡元培诚邀，马寅初出任北京大学经济研究所主任，两年后，他荣升为北京大学首任教务长。
早在1928年，马寅初就被国民政府聘任为立法委员、立法院经济委员会委员长、财政委员会委员长。他诚心诚意要帮国民政府的忙，并且将帮忙视为自己义不容辞的责任。问题是，他理解的帮忙（兴利除弊）被文过饰非的当局认定为添乱和添堵，这让他既愤懑又失望。
1932年，蒋介石故作“礼贤下士”的姿态，意欲转学多师，请马寅初教会他经济学的常识。有道是，伴君如伴虎，“帝王师”并不好做。马寅初将传道授业解惑视为正经的分内事，这固然没错，但经济之失即为政治之失，二者不可能撇清瓜葛，就看他从何讲起。谁也没料到，马寅初哪壶不开提哪壶，他在“委座”面前批评“攘外必先安内”的现行政策，这显然是蒋介石不爱恭听的话题，也没有任何可以探讨的余地。
在民族危机日益加深的当口，欲发国难财的肉食者无不蠢蠢欲动。1934年冬，国内物价飙涨，通胀失控，孔祥熙主理的国民政府财政部却倒行逆施，大幅调低外汇比价，放水救涝，贻笑大方。在立法院会议上，马寅初当面严诘孔胖子：“你这哪叫为国理财？这叫借寇兵而赍盗粮，祸害国人！”舆论随之跟进，国民党当局有些吃不消了，竟恼羞成怒，责怪马寅初乱捅马蜂窝，“不符合党国利益”。既然“党”在“国”前，“党国利益”自然就是少数人的利益优先于多数人的利益，这等于不打自招。1935年2月3日，马寅初在《武汉日报》上发出辩驳文章，剖明心迹：“鄙人每以党员之地位，对于危害党国、藉便私图之流，不得不以正言相责。虽得罪于人，在所不计。”同年8月，马寅初勇揭黑幕，将洋人所办的“万国储金会”的骗局公之于众，告诫国人不要轻信其利诱而贸然上当，并且呼吁当局依法取缔此会。为了表明自己决不与银行界的蛀虫同流合污，他毅然辞去浙江兴业银行的高薪兼职。
1936年，马寅初担任浙江省财政厅长、省府委员。某日，一位不速之客登门造访，正巧马厅长不在家。这人先在杂工老潘身上下足了工夫，送上三百块银洋给他吸烟，另有两千块银洋则是送给马厅长喝茶。谁会平白无故扮演送财童子？来人是马寅初的德清老乡，想打通马厅长的关节，弄个县长当当。他可找错了人。马寅初回家后，听闻此事，仿佛蒙受了奇耻大辱，他怒骂道：“此人真是无耻之尤！蚊子叮菩萨——也不看清对象是谁。他今天能拿出两千多块光洋走门路，日后当上县长，就会盘剥民脂民膏。这种贪官污吏的烂胚胎，一身污浊气，我会瞎了眼保举他！”
通常情况下，正直的经济学家与当局发生激烈冲突，也不至于擦“枪”走火。但马寅初确实是个不折不扣的例外。郭沫若曾称赞他是“蒸不烂、煮不熟、捶不爆的响当当的一枚‘铜豌豆’”，这回倒不算巧谀。马寅初抨击蒋宋孔陈“四大家族”横征暴敛，趁火打劫，大发国难财，他剖析官僚资本积累的过程就是权贵们对中华民族敲骨吸髓的过程，建议蒋介石对那些豪门巨族征收“战时过分得利税”。蒋委员长也是局中人，如何肯对自家亲朋戚友下毒手？马寅初狠揭疮疤，不留余地，能言人之不能言，敢骂人之不敢骂（他骂孔祥熙和宋子文是“猪狗不如的上上等人”）。他的演讲和文章均以事实为依据，令朝野为之震惊，也使当轴者（身居要职的人）极为头痛。蒋介石深知人才难得，但他除了许以高官（财政部长或中央银行总裁）厚禄，别无羁縻驾驭之术，马寅初平生就不爱吃这种“敬酒”，这次当然也不例外。在特务横行的地区，马寅初的生命恒处于危险之中。他曾收到两封匿名信，寄信人先礼后兵，一封装派克金笔，另一封装手枪子弹。这意思太再清楚不过了：要么你笔下留情，要么我子弹兑现。马寅初的态度会不会转弯？你只要听听他的原话录音就知道了：“二万里江山已尽落胡人之手，何敢再惜此区区五尺之躯！”
1939年，东方的老马（马寅初）开始与西方的老马（马克思）发生交集，马寅初认定马克思主义理论才是中国的“救命心丹”，“新民主主义”社会才是国人的愿景。马寅初遽然向左转了，转弯半径很大，国民党宣传机构决定封杀他，重庆的报刊不许刊登他的文章，各单位不许请他演讲。这样做有用吗？应该说适得其反，马寅初的文章自有共产党的《新华日报》敢登，而且一登一整版，毫不含糊。
应该说，蒋介石对马寅初研究战时经济问题的水平非常认可，他跟马寅初达成和解的愿望之所以未能顺利实现，乃是因为他的求和方式就像一篇马马虎虎的官样文章。1939年，蒋介石曾要重庆大学校长叶元龙陪同马寅初（时任重庆大学商学院院长）到总统官邸来见他，他的目的只有一个：说服马寅初顾全大局，勿与国民政府处处为难。叶文龙深知马寅初的脾气性格，不想去当面碰这个硬钉子，于是他叫侄儿去马家转达蒋介石的口谕，先行试探。马寅初果然怒形于色，一口回绝，他说：“文职不去拜见军事长官。没有这个必要！见了面就要吵嘴，犯不着！再说，从前我给他讲过课，他是我的学生。学生应当来看老师，哪有老师去看学生的道理？他如果有话说，就叫他来看我！”马寅初并未把师道尊严太当回事，也并非傲岸不肯通融，而是他认为蒋介石缺乏改过图新的诚意，彼此还是免见免谈为好。
抗战后期，许多高级知识分子纷纷左倾左转，固然与国际大气候大环境有正关联，也与蒋介石的消积对待有直接关系。他能够容忍张奚若等左派学者指名道姓辱骂他，却始终未能建立适当的疏导渠道和沟通机制，化解左派知识分子对国民政府愈益浓厚的敌意。比如一二一惨案的罪魁祸首李宗黄，民愤极大，傅斯年、周炳琳、闻一多等进步教授都对他务加驱除，力主惩办，重庆政府却罔顾学界公意，不但没将李宗黄撤职，反而任命他为国防最高委员会党政考核委员会秘书长，这种做法所产生的副作用简直难以估量。应该说，军统特务和邀功将领（霍揆章之流）只会给蒋介石帮倒忙，镇压学生运动和暗杀左派人士之类的恶性事件叠加起来，适足以使国民党减分到不及格。
1940年11月24日，马寅初冒着极大的风险，在重庆经济研究社发表演讲，题目是《我们要发国难财的人拿出钱来收回膨胀的纸币》，将官方口径的“民族英雄”蒋介石嘲弄为“家族英雄”，只知“包庇他的亲戚家族，危害国家民族”，除非他能大义灭亲，否则“民族英雄”的虚名很难保住。这个指控既严厉又直接，蒋介石简直气得吐血。马寅初因言获罪，对此他已做好充分的思想准备，演讲结束前，他慷慨陈词：“今天我的儿女也来了，我的讲话就算是对他们留下的一份遗嘱。为了抗战多少武人死于前方，文人在后方无所贡献，该说的话就应大胆说出来。”
这次演讲后不到半个月，国民党宪兵即悍然逮捕马寅初，他在贵州息烽集中营和江西上饶集中营饱尝了铁窗风味，直到1942年8月，马寅初才结束了这段炼狱般的折磨，在重庆歌乐山开始另一段“享受”软禁待遇的准牢狱生活，当局不许他任公职，不许他演讲，不许他发表文章。这一次，仍旧是周恩来伸出援手，帮他度过难关，从道义和经济两方面支持马寅初。人在患难中，感情容易占据上风，马寅初也不例外，他毅然与国民党割袍断义，在一次座谈会上公开表态：“只要为了国家利益，我是一定要跟共产党走的！”四年的牢狱之灾彻底坚定了他的决心。嗣后，凡是学生游行他都不请自来，这位年过花甲的大学者总是勇敢地站在游行队伍的最前列。
1946年7月，旬日之内，西南联大教授李公朴、闻一多相继遭到暗杀，白色恐怖笼罩中国学界，马寅初仍执意去中央大学发表演讲，指名道姓痛斥蒋介石专制独裁，国民党鹰爪草菅人命，朋友们着实为他捏一把冷汗。1948年5月20日，马寅初带着铺盖行李去浙江大学演讲，预先就做好了被捕入狱的准备，相当于武将舁[yú，抬]棺上阵。此举震动朝野，一直被人津津乐道，他的演讲题目是《旧中国经济的十大死路》，亦令人啧啧称奇。