存货是指小型工业企业在日常经营过程中行将消耗的原材料、燃料及经营性辅助设备（不包括固定资产部分），包括：原材料、库存商品、物料用品和燃料。在会计核算中，涉及存货的税务问题主要表现在企业利用存货账户调节成本，存货金额的真实性会影响到当期损益及下期损益的正确性。
4.2.1随意变更计价方法的问题
【例4-19】华为超市2007年选用先进先出法计算发出存货的成本。但2008年上半年由于受多种因素的影响，该存货购进价格开始上扬，为确保利润保持合理水平，从7月份开始超市改用后进先出法计算发出成本。该存货在同一会计年度内先进先出和后进先出法交替使用，致使2008年存货销售成本上升了近200万元，超市该年度的应纳税所得额也相应减少了200万元，少缴企业所得税50万元。对于该超市未经税务机关批准擅自改变存货计价方法，致使当年度的销售成本升高，从而减少应纳税所得额的行为，税务机关要求超市按原适用的存货计价方法调整已结转存货的成本，相应减少该部分存货的成本，并补缴所欠税款。
分析：
根据会计制度规定，企业可以根据自身的需要选用制度所规定的存货计价方法，但选用的方法一经确定，年度内不能随意变更，如确实需要变更，必须在会计报表中说明变更原因及对财务状况的影响。
但在实际工作中存在随意变更计价方法的问题，违反了会计的一致性、可比性原则，造成会计指标前后各期口径不一致，缺乏可比性。
有些企业甚至人为地通过变更计价方法来调节生产或销售成本，调节当期利润。对此类问题审查人员应查阅有关财务指标，分析对比各个会计期间财务指标有无异常变化，并查阅有关存货明细账；核查各期采用的计价方法是否一致，发现线索后，通过询问当事人等形式查证问题。
4.2.2虚构凭证、少缴税款的问题
【例4-20】华为超市按实际成本核算材料，为了达到虚增当期库存商品成本、隐匿利润、少交税款的目的，该超市到了每月月末，都要编制虚假的原始凭证，虚构库存商品发出业务，账务处理为借记“主营业务成本”，贷记“库存商品”，2008年该超市通过这种方式共计虚转库存商品成本120万元，少缴企业所得税30万元，同时存货明细账借方出现红字30万元。
分析：
虚转成本是小型零售企业常见的调节利润手法，上述问题发生后一般会表现为“库存商品”、“产成品”、“原材料”等账实不符，存货成本波动较大等。
有些企业在实际工作中不能正确核算，导致存货明细账常常出现红字，原因是存货发出计价不规范或中途变更计价方法，发出价高于账面成本价造成的。
因此，审查人员应从这些方面入手，审阅被查企业有关存货账户，核对其账实、账账有无不符情况，对比前后各期成本水平，必要时审阅记账凭证和原始凭证，并询问有关业务、仓库当事人，核查有关部门所存原始凭证（如领料单）与会计部门原始凭证是否一致，从中发现疑点，作进一步查证。
4.2.3天灾人祸、各咎其责的问题
【例4-21】华为超市由于服务员粗心没有关闭电源导致厂房火灾，损失了生产车间的所有物品，包括电子设备、桌椅、原材料等，损失50多万元。对这次火灾造成的损失，超市可以获得保险公司30万元的赔偿。超市将损失50多万元全部计入“营业外支出”，而将保险公司的赔款30万元直接购买了损失后需添置的各项设备、原材料等，没有进行任何账务处理。公司超市年底进行所得税申报时，没有进行任何纳税调整。
分析：
华为超市发生火灾是因管理不善造成的，属于非正常损失。按照《企业会计准则第1号――存货》的规定，存货的非正常损失分两种情况从利润中直接扣除：对自然灾害造成的损失，在扣除保险公司赔偿后计入“营业外支出”；对因管理不善造成的货物被盗、发生霉变等损失，扣除有关责任人员的赔偿后计入“管理费用”。
存货损失的会计处理涉及两个税种：
（1）国家税务总局印发的《企业财产损失税前扣除管理办法》规定，“因自然灾害、战争等政治事件等不可抗力或者人为管理责任”导致的存货损失，需经税务机关审批才能在企业所得税前扣除；
（2）《中华人民共和国增值税条例》第10条以及《中华人民共和国增值税条例实施细则》第22条规定，企业发生的非正常损失的购进货物，其进项税额不得扣除。如果企业在发生非正常损失之前，已将该购进存货的增值税进项税额实际申报抵扣，则应当在该批货物发生非正常损失的当期，将该批货物的进项予以转出。
因为小型零售企业不存在增值税抵扣的问题，因此该超市首先应将损失扣除保险公司的赔偿后再计入“营业外支出”，然后再将损失向税务机关申请，经审批才能在企业所得税前扣除，在未经税务机关批准之前，必须先调增应纳税所得额进行补税。