池塘施肥，主要是繁殖鲫、鳙鱼的天然食料——浮游生物，附生藻类和底栖动物等，有机肥料中含有的有机碎屑以及腐烂的植物，则可被鲢、鳙、鲮、鲤等部分摄食，实际上也超了饲料的作用，施肥可分施基肥和施追肥两种。施用的有机肥料均应充分发酵。
（1）施基肥。瘦水池塘或新建的池塘，池底少淤泥或无淤泥，水质很瘦，为了改善底质，使之含有较多的营养物质不断地供应池水养分，以繁殖天然食料生物，必须施放基肥。
基肥应早施。在冬季池塘排水清整后即可进行，使池塘注水养鱼后，能及早繁殖天然食料。施肥方法可将肥料遍施于池底或积水区的边缘，经日光曝晒数天，适当分解矿化后，翻动肥料，再晒数天，即可注水，施基肥的数量应较大，一次施足，视池塘肥瘦，肥料种类，每亩施数百至千余千克不等。有时施基肥是在注水后进行，其作用主要是肥水而非肥底泥。可将肥料分小堆置放于沿岸浅水处，隔数天翻动1次，使营养物质逐渐分解扩散。肥水池塘和养鱼多年的池塘，池底淤泥较多，一般施基肥量较少。
（2）施追肥。为了陆续补充水中营养物质，使天然食料生物繁殖不衰，需要施追肥。施追肥应掌握及时、均匀和少量多次的原则。当水色开始变淡时，就应及时施肥。一次施肥量不宜过多（特别在夏季），防止池水被有机物污染，使含氧量严重降低而影响池鱼的生存和生长，一般肥水的透明度在25~40厘米，透明度在40厘米以上的水较瘦，20厘米以下的水过肥。可根据透明度大小决定是否需要施肥，这是较简便的方法。
每次施肥的数量，随水的肥瘦，水温、施肥次数、肥料种类、养殖的种类以及天气等情况不同而异。在夏、秋高温季节，较春季和晚秋更须量少勤施。以养鲢、鳙或鲮鱼为主的池塘，要求水质较肥，施肥量应大些。以养草鱼或膏鱼为主的池塘，施肥量应少些。天气晴朗可以正常施肥，雨天成闷热雷雨天气，少施或不施，具体施肥量每亩100~200千克不等，池水以保持“肥”、“活”、“爽”为度。目前池塘施肥主要还是凭经验，用肉眼观察水色来决定和掌握，水化学分析及浮游生物测定仅作为参考。据在无锡测定，池水有机物耗氧量，肥水塘一般在20~35毫克／升，可作为池塘施肥量的参考数据。
浙江省有些地方，于7~9月在食用鱼池中取池底淤泥，加粪肥或氨水或少量石灰，拌和均匀，然后全池泼洒，作为池塘肥料，称“塘泥还塘”。也可在晴天中午用泥浆泵将池底淤泥吸起，喷洒于原池水面，使池底有机物在上层高氧水中迅速分解。这样可更充分地发挥淤泥中营养物质作为肥料的作用，降低池底耗氧，促进池塘物质循环。因此，翻动1次塘泥，相当于施一次肥，由于捻泥或喷泥浆在夏天进行，故每次操作面积不超过池塘的1／2，务必在晴天中午进行。
池塘施无机肥料目前尚不普遍，使用较多的氨水，效果一般较好。例如，广东水产研究所试验，每亩池塘每次施氨水（含氮18％~20％）5千克，每10天施1次，4~11月共施24次，120千克，浮游生物均有较大幅度增长，因而鲢、鳙鱼得到增产。浙江在池塘施氨水的经验是每亩10余千克，全年共施40~50千克。在施用时，先用稀塘泥与氨水搅和，使氨被淤泥吸收，然后加水稀释（氨水、塘泥和水的比例是1∶10∶30左右），全池泼洒，这样可防止氨挥发损失。较高浓度的氨对鱼有毒，特别在碱性水中毒性更会增强。因此，池塘施氨水时，须注意掌握池水氨的浓度，不使其达到抑制鱼的生长甚至危及鱼生存的程度。
由于历次残剩肥料、浮游生物及其他动物尸体和鱼类粪便的积累，使水质变得过肥，并且“老化”、“老水”一般含氧量较低（尤其是底层水），池塘底层嫌气分解旺盛，水中有害的腐败产物和鱼类及其他水生生物的排泄物（如氨等）含量增高，浮游植物种类组成不良，蓝藻类增多，致使鱼类生长受到影响。为了防止池水过肥和老化，必须定期注新水，换去部分池水，增加溶氧量，保持水质清新，促进好气性细菌和有益浮游生物的繁殖，以利鱼类生长。