影响运输成活率的因素很多，但主要的是鱼的种类和体质，以及水质和水温。
①鱼的种类和个体大小不同，对氧气的要求，以及对水质，水温和高度密集条件的忍耐力也不同。通常鱼越小，水温越高，消耗的氧气相对越多，装运的密度应相对小些。鲢、鳙鱼消耗氧气比鲤、草鱼要多，适应能力也较差，在高度密集时容易死亡，装运的密度也应该小些。
②鱼的体质对运输成活率也有很大影响。鱼体肥壮、无伤病，忍耐缺氧的能力强，经得起高度密集和长途运输，装运的密度可以大些。鱼体瘦弱或有伤病，忍耐缺氧能力弱，经不起高度密集和运输，则应当少运或不运。
③运鱼的水质要清新无毒，溶氧量高。运输途中，水中的氧气依靠水面的不断晃动增大与空气的接触，使空气中的氧气较多地溶解在水中。但为了保证充足的氧量，应采取换水、击水、送气、充氧等措施增加水中溶氧，以提高苗种运输成活率。
④水温与鱼的活动、耗氧有密切关系。一般水温升高，水中溶氧减少，鱼的活动加强，耗氧量增高。水温下降，则水中溶氧增高，鱼的活动减弱，耗氧量降低，因此，水温低时，装运密度可以加大；水温高时，装运密度减小。通常鱼苗运输宜在水温20℃~25℃进行。