池塘中繁殖着各种类群的水生生物，主要包括高等水生植物、底栖动物、附生藻类、浮游生物和微生物等。其中许多种类是饲养鱼类的天然饵料，特别以浮游生物为最重要。有些种类和饵料生物争夺营养。妨碍饵料生物的繁殖，有的直接危害鱼类或者引起水质变坏。养鱼生产的一项重要工作，就是要采取措施，促进饵料生物的繁殖，抑制或消除有害生物的发生。
（1）高等水生生物。
池塘中的高等水生植物有芦苇，浮萍、菹草、轮叶黑藻等。它们吸收水中大量的营养物质，遮盖阳光妨碍通风，影响主要天然饵料浮游生物的繁殖，影响水温和溶氧量的提高。因此，在养鱼池特别是鱼苗池中一般是不让这些植物繁殖的，如果大量繁殖必须加以清除。
（2）底栖动物。
池中的底栖动物主要有昆虫及其幼虫（如摇蚊幼虫、蜻蜒幼虫等）、水蚯蚓、螺、蚌等。它们大都是青、鲤等鱼的食物，在池塘中具有一定的生物量，但与浮游生物比较，则其对池塘生产力的影响相差甚远。一些对鱼苗有害的昆虫如龙虱幼虫、红娘华，蜻蜒幼虫等须清除。
（3）附生藻类。
主要附生于底泥表面，星蓝绿、黑绿，黄褐或绿褐色等，主要种类为蓝藻、硅藻和绿藻，大型的丝状绿藻（青泥苔）也附生在池底。天热时这些附生藻类常与底泥混在一起浮至水面，成为许多片状浮泥。附生藻类是鲮、鲻，鲷等鱼的主要食料，常与瘸屑、泥土等一道被鱼吞食，因此也是池塘中天然食料的重要组成之一。
（4）微生物。
水中的微生物包括细菌、酵母菌、霉菌等，而以细菌最重要。池塘中细菌的数量很大，每毫升水中含数百万个不等。它们不仅在池塘物质循环中起着重要作用，而且是水生动物和鱼类的重要天然食物。细菌群聚体可达数十微米大小，能被鲢，鳙等滤食性鱼类直接摄食。有机碎屑表面带有密度极大（达450亿个细胞／克重）的细菌，鱼类摄食有机碎屑时也就吞进了大量富有营养价值的细菌。细菌对饲养鱼类除了有益的一面外，也有有害的一面。有些种类在缺氧条件下对有机物进行厌氧分解，产生还原性的有害物质，使水质变坏；有些种类则会引起鱼病，造成鱼类死亡。提高溶氧量、中和酸性、防止池水被有机物过度污染等，是促使有益细菌繁殖、抑制有害细菌发生的有效措施。
（5）浮游生物。
浮游生物是养殖鱼类的幼鱼和鲢、鳙等成鱼的主要食料，在天然食料中它们与池塘鱼产量的关系最为密切。