天然水中都会含有相当数量的溶解和胶态有机质，这些有机质的重量常常超过同容积水中浮游生物的含量，水中有机质按其来源可分为两类：一类是无色物质，主要由水生生物，特别是浮游植物尸体分解形成的，平均含有24％的粗蛋白质，易为水生生物作为营养原料利用，另一类是由周围陆地或沼泽流入的有色物质（腐殖质），平均仅含6％粗蛋白质，不易为水生生物所利用。
溶解有机质，是细菌，原生生物和一部分藻类的食物，对其他水生动物的营养也有辅助作用。近年来，试验还发现，水中溶解的有机质对垒类的营养作用较原先估计的大得多，鱼类通过鳃和皮肤的渗透，不仅可以吸收无机盐类，还能吸收有机质，其中包括半胱氨酸，蛋氨酸之类的高分子有机物。胶态有机质可以被一部分滤食性动物（如蚊类幼虫等）直接滤食。某些溶解的有机质有辅助水生生物生长的作用，有时用人工配制培养液培养某些藻类不能成功，但在培养液中加入土壤或湖泥的析取液时，则生长良好。近几年，通过对天然水的分析表明，天然水中确实有生物索、硫胺索、维生索B12和一些氨基酸等存在，可能是对生物生长有辅助作用的有机质。
但是，有些试验工作也发现某些溶解的有机质对生物的生长有抑制作用，有些藻类分泌的有机质甚至能毒死水生动物。此外，水中有机质过多，由于分解过程消耗氧气，产生二氧化碳、沼气、硫化氢等气体，以及各种无机盐类，也间接地对水生生物产生了不良的影响。水生生物能够在有机质所污染的水中生活的能力称为污生性，鲫，鲤，鲢，鳙等鱼的污生性都很强，青鱼、草鱼稍差，虹鳟等冷水性鱼类的污生性最差。