预防用药是规模化养鸭生产中常用的预防疾病的手段之一。合理正确的选药，可防治某些传染病的发生和发展，特别是目前尚未研制出理想疫苗的疾病，如沙门氏菌病、球虫病等，更具有实际预防的效果。规模化养鸭因群体大，数量多，除个体发病鸭隔离单独用药外，很难逐只给药，常采用群体给药，群体给药主要采用拌料给药和饮水给药。
在使用药物过程中应注意正确选药。一般应以防治效果好、不良反应小、价廉易得为原则选择药物。使用抗菌素时不能把抗菌素当保险药滥用。滥用抗菌素不仅无益，而且有害，因为抗菌素长期使用，会使一些细菌产生耐药而使抗菌素失效，还会破坏鸭体内正常菌群间的平衡，使敏感菌被抑制，耐药菌大量繁殖，出现二重感染，导致难于治疗。在联合使用抗菌素药时，目的要明确，合理应用，否则效果不佳。一般认为，两种抗菌素联合使用能提高杀菌力，扩大杀菌范围，减少或延缓耐药性的产生。但联合用药不当，不但不能提高杀菌力，反而产生互相拮抗或增加副作用，所以此法应慎用。
治疗和预防细菌性疾病、真菌性疾病和寄生虫病的药物有很多，而且市场上同一种药有很多不同的商品名，根据其特性可归纳为抗菌素类、磺胺类、硝基呋哺类及其复方制剂，下面介绍几种主要常用药物。
（1）青霉素。常用的有青霉素G钠盐或钾盐，主要对革兰氏阳性菌有极强的杀灭作用，溶于水后易失效，应现用现配。可肌肉注射，每千克体重1～2万单位，每天二次，也可溶于饮水中，小鸭每只2～3万单位，大鸭每只3～5万单位。饮水用药时，要在1～2小时内饮完。
（2）链霉素。主要对革兰氏阴性杆菌和结核杆菌有杀灭和抑制作用。肌肉注射，小鸭每只0.02～0.05克，大鸭每只0.05～0.2克；饮水给药时用量应加大。在防治大肠杆菌、沙门氏菌和禽霍乱时，常将青、链霉素联合使用，效果更好。
（3）庆大霉素。为广谱抗菌素，对大多数革兰氏阴性菌如大肠杆菌、沙门氏菌和变性杆菌等，有较强的抗菌作用，对葡萄球菌等革兰氏阳性菌也有抑制作用。可肌注或饮水，小鸭每只2000～4000单位，大鸭每只5000～6000单位，一天两次。
（4）氯霉素。为广谱抗菌药物，特别是对革兰氏阴性杆菌杀灭作用强。常用于大肠杆菌病、沙门氏菌病和葡萄球菌病等。口服每只鸭0.05～0.1克，混料按每吨饲料加250～400克。
（5）土霉素。为广谱抗菌素，不仅可用于防治疾病，还广泛用作饲料添加剂，能促进畜禽生长发育。混料给药时，每吨饲料中加土霉素200～800克，连用5～7天。
（6）制霉菌素。该药对各种真菌如烟曲霉菌、白色念珠菌、球孢子菌等有效，但对细菌无效。常用于治疗幼鸭曲霉菌病，每天每只用1～1.5万单位，每天一次，连用2～3天。
（7）磺胺类药。为合成的抗菌药物，对大多数革兰氏阳性菌及一些阴性菌有抑制和杀灭作用，常用于防治大肠杆菌病、沙门氏菌病、禽霍乱和球虫病。常用的主要有磺胺嘧啶（SD）、磺胺二甲基嘧啶（SM2）、磺胺甲基异恶唑（新诺明）、磺胺-5-甲氧嘧啶（SMD）和二甲氧苄氨嘧啶（敌菌净）等。SD和SM2混料和饮水时，分别按10千克饲料或饮水中加入20～50克和10～20克，连用3天。新诺明混料按每吨饲料加100～200克，连用3天。SMD混料按每吨饲料加500～1000克，饮水时每千克水加0.25～0.5克，连用3～5天。复方敌菌净混料按每吨饲料加200～800克。产蛋鸭在产蛋期禁用，以免引起产蛋量下降。
（8）喹乙醇。它是磺胺类药物的复方制剂，该药除用于防治大肠杆菌病、禽霍乱、沙门氏菌和球菌外，它还具有促进机体蛋白质合成，提高饲料利用率和促进生长等作用。作为饲料添加剂的用量为每吨饲料中加25～35克。该药安全范围窄，应避免过量中毒。
（9）喹诺酮类。属新型合成抗菌素药物，目前主要有诺氟杀星、环丙杀星、氧氟杀星、恩诺杀星等，为广谱抗菌药物，对禽霍乱、大肠杆菌、沙门氏菌和霉形体等有杀灭作用。