有益的细菌与甲藻之间的区别是：有益的细菌是微生物，而甲藻是浮游植物。细菌的池塘水色无明显的混浊状，甲藻有混浊状。细菌的池塘角上无红色藻体，甲藻有红色藻体。细菌在夜晚发出的光是丝状的磷光，甲藻是星状的绿光。细菌常年繁殖，而甲藻仅在夏季高温繁殖。有益细菌酱褐色对对虾没有危害，但是甲藻的大面积出现会导致对虾大量死亡。
清除甲藻的方法是：施放光虫净，用量为0.7～0.8克／立方米水体即面积1亩，水深1米，用量500克。用药后次日配合施入压塘宝，用量10～12千克／亩。
