辣椒属茄科，在温带地区为一年生草本植物，在热带、亚热带为多年生草本植物。
（1）根。根为主根系。直播时，主根向下延长，主根粗而侧根少。移栽时，主根被切断，在残留的主根和根茎部发生许多侧根。根系不发达，根量少，根系生长速度慢。茎基部不易发生不定根，根受伤后再生能力也较差。辣椒主要根群分布在植株周围45厘米、深度15～20厘米的土层中。因此，辣椒既不抗旱又不抗涝，也不耐瘠薄的土壤。
（2）茎。辣椒茎坚韧直立，木质部发达。辣椒腋芽萌发力差，株冠较小。一般品种为双杈或三权分枝，辣椒的分枝结果可分为二类：①无限分枝型。在生长期，分枝无限延续下去。虽然可能有一枝强壮，生长势旺，而另一枝细弱，生长势差，但仍要继续分枝。此类品种一般植株高大，生长茁壮，产量较高。②有限分枝型。主茎长到一定叶数时，顶端发生花簇封顶，形成多数果实。花簇下的腋芽抽生分枝，分枝的叶腋还可能发生副侧枝，侧枝和副侧枝都仍由花簇封顶，但多不结果。以后植株不再分枝生长。此类品种矮小，生长势弱，观赏品种多为之。
（3）叶。辣椒叶为单叶，互生，呈卵圆形或长圆形。叶片的大小与果实的大小有一定正相关性，甜椒的叶片较大，而辣椒的叶片较小。
（4）花、果实、种子。花白色，雌雄同花，天然杂交率为10％左右，为常异交作物。辣椒有单性结实现象，在低温，特别是低夜温的条件易出现单性结实，果较小，果内没有种子。辣椒果实为浆绿、黄绿、深绿色，成熟果为大红、粉红、黄红等颜色。果形有灯笼形、牛角形、羊角形、方形、小圆锥形等。辣椒种子扁平状，微皱，似肾形，淡黄或乳白色。每果含种100～300粒。种子寿命5～7年，使用年限为2～3年。