（1）根。番茄为深根性作物，根系发达，支根多，分布深而广。番茄的根由胚根发育成的根系和不定根两部分组成。番茄茎基部易发生不定根。不定根入土浅，分布广度小，但同样具有吸收能力和支撑作用。生产上常用培土、压蔓及卧栽等措施诱发不定根，以促进根系发达、加强吸收作用。
（2）茎。番茄的茎按生长习性可分为直立型、半直立型和蔓生型三种。直立型植株矮小，茎木质化程度高，分枝少，产量低，栽培较少。半直立型株高1～1.5米。蔓生型侏高2～5米，其木质部不发达，幼苗期尚可直立，但随着叶片增多、增大，花果的出现，柔软的茎难以支撑，便呈匍匐蔓生状态。栽培中应设立支架，并进行整枝。大部分栽培品种属于半直立和蔓生型。根据番茄主茎生长的不同，又可分为两种类型：有限生长类型和无限生长类型。番茄的侧芽抽生能力强，生长快，如不人为控制，能很快超过主茎生长。所以栽培中应及时整枝打权，防止长势过旺，造成通风不良，延迟开花结果。
（3）叶。番茄叶为不规则奇数羽状复叶。叶互生，有小叶。番茄叶片大小相差悬殊，叶片较大的品种为中晚熟种，直立性较强或小果型品种的叶片较小。此外，苗期的叶片裂片少也较小。根据番茄叶子形状可分为三种类型：花叶型，也称普通叶型，叶子缺刻深，叶较长而大，裂片之间的距离较大。多数栽培品种属于此型。薯叶型，也称大叶型或马铃薯叶型，叶片大而长，裂片大而少，裂片间大小差异不显著，叶缘光滑无缺刻。皱缩叶型，叶片多皱缩，较宽短，叶缘微翻卷，叶轴上的裂片紧凑较小，叶色浓绿，直立型品种多属此类型。
（4）花。番茄的花是完全花。每朵花由雄蕊、柱头与子房、花冠、花萼和花梗等组成。花萼分离生长，不脱落，与果实并存生长，起保护花瓣与幼果的作用。
（5）果实。番茄果实为多汁浆果，有扁圆形、圆形、高圆形、长圆形、梨形、樱桃形等多种果形。果实颜色有红、粉红、黄色和橙红4种。有的品种在果蒂部周围有一圈绿色，称为果肩。果肩部分过多则影响果实外观。但有肩品种口味较好，而无肩品种口味略差。
（6）种子。番茄种子为扁平短卵形或肾形，呈灰褐色或黄褐色，表面覆盖茸毛。种子由种皮、胚乳和胚组成。