（1）行政手段。通过行政手段奖“好”惩“坏”，是比较有效的管理手段。对保护环境、有利于生态和谐的乡村生态旅游项目和开发活动给予政策、物质上的奖励，对破坏环境、有碍于可持续发展的短期行为应给予坚决制止，并给予惩罚。
（2）科技手段。使用替代能源。提倡低污染、可循环的能源使用。
加强基础农业研究，做好本地种的选育工作。
引入绿色农业、无公害农业和有机农业的生产方式，推广新的农业生产技术，培育三高农业（高产、高质、高效）、生态农业，为乡村生态旅游的发展建立坚实的农业产业基础。
（3）法律手段。贯彻和执行《基本农田保护法》、《土地法》、《环境保护条例》、《野生动植物保护法》等法律、法规，在经营者、旅游者中普及相关法规的教育，提高旅游者、旅游经营者的环保意识。对违反有关法律、法规的行为，依法追究其法律责任。
（4）经济手段。通过经济杠杆来调控，用优惠的政策和资金倾斜来鼓励对环境保护有利的旅游产品的开发，用较高的经济门槛、税收门槛来压缩和取缔对环境有影响和破坏的旅游产品的开发，形成正确的乡村生态旅游发展导向。