（1）乡村生态旅游管理的要素不齐全。部分开展乡村生态旅游的地区，旅游管理只停留在食和住方面，规定了菜品价格、寝具规格等，而对其他要素如特色（农家风味）、环境（绿色环境）、服务（服务水平）重视不够。一些经营者乐意在主体建筑上花钱，而不愿在治理、美化环境方面下功夫；乐意在数量上投入，而不愿在特色服务上花力气。在市场经济的冲击下，乡土人情味渐渐变淡，坑、蒙、骗的思想抬头。
（2）部分地区没有成条文的乡村生态旅游管理规范。在一些乡村生态旅游区的调查中发现，虽然该地开展乡村生态旅游多年，但是政府却没有制定成条文的乡村生态旅游管理规范。当地乡政府多采用口头传递（开会）和短期培训的方式将发展旅游的注意事项加以说明。
（3）没有成立相应部门或抽调人力分管乡村生态旅游工作。很多乡村生态旅游地将乡村生态旅游作为重要产业，甚至支柱产业。但是管理的力度却很不到位，最明显的一点就是管理上的人力资源投入不足。旅游管理成为村长、村委会主任的附带工作，而他们往往事务繁多，用在旅游管理方面的时间很难得到保障。
（4）中后期工作有待完善，全过程规范须进一步完善。表现在对设施管理和维护不到位。部分地区存在违规操作，乱收费的问题。