（1）系统性与复杂性。乡村生态旅游的市级（含以上）、县级、乡镇级、村级职能部门和接待户是一个由上而下的管理系统，系统内各个层次协调一致。高效运作才能形成对乡村生态旅游规范科学的管理。针对乡村生态旅游发展的初期、中期和后期而制定的不同阶段的管理策略也形成了一个系统的管理过程。同时乡村生态旅游是一个涉及面广的社会经济活动，旅游活动的复杂性决定了管理的复杂性。管理范围不仅涉及环境治理和市场秩序维持，而且还涉及社会环境、自然资源等各个方面。
（2）一般性与特殊性。乡村生态旅游管理具有一般旅游管理的特征，主要采用行政手段和教育途径进行规范，注重对生态环境的管理，强调三大效益的协调。但乡村生态旅游更注重对当地民风习俗的管理，强调保护第一，开发第二的原则，保护特色浓郁的乡土文化，剔除其中糟粕；更注重对当地社区的研究，重视对旅游经营者和本地非从业人员的管理。