肥料使用必须满足作物对营养元素的需要，使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。所有有机或无机（矿质）肥料，尤其是富含氮的肥料应对环境和作物（营养、味道、品质和植物抗性）不产生不良后果方可使用。
（1）必须选用农家肥料、AA级绿色食品生产资料肥料类产品。在在两类肥料不能满足AA级绿色食品生产需要的情况下，允许使用商品有机肥料、腐殖酸类肥料、微生物肥料、有机复合肥、无机（矿质）肥料、有机—无机肥（半有机肥），禁止使用任何化学合成肥料。
（2）禁止使用城市垃圾和污泥、医院的粪便垃圾和含有害物质（如毒气、病原微生物、重金属等）的工业垃圾。
（3） 地可因地制宜采用秸秆还田、过腹还田、直接翻压还田、覆盖还田等形式。
（4） 利用覆盖、翻压、堆沤等方式合理利用绿肥。绿肥应在盛花期翻压，翻埋深度为15厘米左右，盖土要严，翻后耙匀。压育后15~20天才能进行播种或移苗。
（5） 腐熟的沼气液、残渣及人畜粪尿可用作追肥。严禁施用未腐熟的人粪尿。
（6） 饼肥优先用于水果、蔬菜等，禁止施用未腐熟的饼肥。
（7） 叶面肥料质量应符合GB/T 17419，或GB/T 17420的技术要求。按使用说明稀释，在作物生长期内，喷施二次或三次。
（8） 微生物肥料可用于拌种，也可作基肥和追肥使用。使用时应严格按照使用说明书的要求操作。微生物肥料中有效活菌的数量应符合技术指标。
（9） 选用无机（矿质）肥料中的煅烧磷酸盐。硫酸钾，质量应分别符合附录B中B1和B2的技术要求。