实验室诊断是最终确定林蛙疾病的主要手段。实验室诊断方法很多，主要是在临床诊断及剖检基础上，对所怀疑的疾病进行最后确诊。例如，怀疑是细菌引起的，应将林蛙的肝脏、心肝、肾脏、脾脏、血液等组织进行涂片、染色、镜检，检查出细菌的种类。送检的林蛙应是临床症状明显还未死亡的林蛙，因为林蛙死亡之后其体表、消化道极易被细菌污染，因此必须保证送检材料的可靠性。
如果检查出细菌，则多数情况下可确定为病原菌；再经过抗菌素的治疗，达到预期效果，则可确认是细菌性疾病。如果要进一步鉴定细菌的种类，是何种病原菌，则必须进行细菌的分离培养，并进行毒力试验，以确定其致病性，然后进行形态和生理、生化实验以鉴定其生物学特性，并确认其分类地位，如需进行快速诊断或血清型鉴定则利用各种血清学反应。如抗菌素治疗无效，则应怀疑是病毒引起的，则应将除过菌的含病毒被检材料接种健康林蛙，如被接种的林蛙表现出类似自然病例的症状，则可初步确定为病毒病，然后进行电镜观察，是否发现病毒颗粒，再进行血清学试验和病毒形态学及各种生物学检查，以确定病毒的种类。如果想检查病变的程度和性质，则可将被检材料用福尔马林固定，再经过石蜡包埋切片，染色后用显微镜观察，然后作出判断。如怀疑是营养代谢病或水体问题，则应将饵料和水质进行营养成分或毒物分析，以确认是否为营养缺乏或过剩或中毒性疾病。