山区小型水库，包括小水塘，不仅是林蛙的优良越冬场所，也是良好的捕蛙场所。林蛙具有自动集中深水区越冬的习性，小水库和水塘能集中大量林蛙。从9月中旬开始陆续进入水库，到10月中旬前后可以放水捕捉。有些水库设有闸门，打开闸门，排除库水，捕捉水库中的蛙。有的水库，在坝底下设有排水管，可通过排水管排干库水。捕蛙和捕鱼不同，库水不能排干，要保留一定的水量。具体留多少水量，以捕蛙方便为原则。如果将库水全部排干，其中的蛙会四处跳散，无法控制。留有一定水量，便于采用网具进行捕捞。捕蛙可用抬网、撮网等工具，捕捉效率高。小型水库可先在水库岸边设立塑料围墙，将库水排干，不用网具捕捞，而用手工捕捉，主要在水库里捕捉。有些上岸登陆，可在岸上捕捉。
利用水库捕捉蛙时，也需注意保护幼蛙，捕蛙时注意不踏伤幼蛙，捕蛙之后立即关闭闸门蓄水，并需在水库出口处设拦网，防止生活环境破坏，幼蛙顺水逃离水库。采用此法捕蛙还要考虑当地的气候情况，水库排水后，在冰冻之前要完成蓄水量，保证林蛙的安全越冬。