微灌技术近几十年的推广应用也暴露了其存在的一些缺点：
（1）易于堵塞。灌水器的堵塞是当前微灌应用中最主要的问题，严重时会使整个系统无法正常工作，甚至报废。引起堵塞的原因有物理因素、生物因素和化学因素。因此，微灌对水质要求较严，一般均应经过过滤，必要时还需经过沉淀物化学处理。
（2）会引起盐分积累。当在含盐量高的土壤上进行微灌或是利用咸水微灌时，盐分会积累在湿润区的边缘。在没有充分冲洗条件的地方或是秋季无充足降雨的地方，不要在高含盐量的土壤上进行微灌或利用咸水微灌。
（3）可能限制根系发展。由于微灌只湿润部分土壤，加之作物的根系有向水性，这样就会引起作物根系集中向湿润区生长。
（4）造价一般较高。微灌需要大量设备、管材和灌水器，所以造价较高。
综合而言，微灌是一种新的、发展很快的灌溉方法。其适应性较强，使用范围较广，各地应根据当地自然条件、作物种类等因地制宜地选用。