间接还田（高温堆肥）是一种传统的积肥方式，它是利用夏秋高温季节，采用厌氧发酵沤制而成的，其特点是时间长，受环境影响大，劳动强度高，产出量少，蛋成本低廉。
（1）堆沤腐解还田。有病的植物秸秆带有病菌，可采取高温堆肥，以杀灭病菌。秸秆堆肥还田既是解决我国当前有机肥源短缺的主要途径，也是中低产田改良土壤、培肥地力的一项重要措施。
（2）烧灰还田。烧灰还田主要有两种形式：一是作为燃料；二是在田间直接焚烧。田间焚烧不但污染空气、浪费能源、影响飞机升降与公路交通，而且会损失大量有机质和氮素，保留在灰烬中的磷、钾也易被淋失，同时易引起火灾。当然，田间焚烧可以在一定程度上减轻病虫害，防止过多的有机残体产生有毒物质与嫌气气体或在嫌气条件下造成氮的大量反硝化损失。
（3）过腹还田。过腹还田是一种效益很高的秸秆利用方式，是秸秆经过青贮、氨化、微贮处理，饲喂畜禽后，以畜粪尿施入土壤。秸秆过腹还田，不但可以缓解发展畜牧业饲料粮短缺的矛盾，增加禽畜产品，还可为农业增加大量的有机肥，培肥地力，降低农业成本，促进农业生态系统良性循环。
（4）沼渣还田。秸秆发酵后产生的沼渣、沼液是优质的有机肥料，其养分丰富，腐殖酸含量高，肥效缓速兼备，是生产无公害农产品、有机食品的良好选择。
（5）菇渣还田。利用作物秸秆培育食用菌，然后再经菇渣还田，经济、社会、生态效益三者兼得，不但节省了成本，同时对减少化肥污染、改善农田生态环境亦有积极的意义。