首先，贯彻防治禽畜粪便污染的管理措施。针对畜禽粪便，首先可以采取加强管理的手段，通过无费用或低费用的措施来实现对其污染的防治。主要的管理措施有：合理规划和布局；制订优惠政策扶持畜禽粪便的资源化利用；加大环境保护宣传力度；建立健全法律、法规、控制标准；增加资金投入。
其次，要加强防治畜禽粪便污染的技术措施。
（1）改进源头控制技术。研制和生产生态营养饲料，进行源头控制，可有效减少粪尿等废弃物的产生量。畜牧业引起公害主要是动物粪尿对环境的污染和饲料中有毒有害物质在畜产品中的残留。它发生在畜牧业生产中，源头却依然是饲料。为了从根本上解决畜产品公害和减轻动物粪便对环境污染等问题，可以通过从饲料原料的选购、配方设计、加工饲喂等过程，严格实施质量控制和动物营养系统的生理调控，使生产的饲料达到卫生、安全、营养的效果。从养殖业的源头控制污染物的介入，同时减少污染物的产生量，根本解决畜产品公害和环境污染问题。
（2）加强饲养过程控制技术。加强饲养过程的管理，改变传统的陋习，也可以达到减少粪便流失，减轻污染的控制效果。
（3）提高末端治理技术。①臭气的治理。对于臭气的治理，常见的方法有吸收法、吸附法、氧化法、采用各种新型制剂等。②污水的治理。对畜禽粪便污水的治理，主要采用生物化学方法，常见的好氧与厌氧工艺处理方法有好氧处理和厌氧处理，此外，近些年人工湿地也得到了很好的应用。③畜禽粪便资源化。为了最大限度的降低畜禽生产所产生的废弃物对环境的污染，必须对其废弃物的无害化处理和再生利用等技术进行认真研讨，将畜牧业与农业发展规划有机结合起来，走生态农业之路。资源化技术包括用作有机肥料、用作饲料、用作燃料等。