生产的高度密集，使畜禽粪便数量大大超过其周围环境的处理能力和合理使用能力。畜禽粪尿含有大量未被消化吸收的有机物、无机物、病菌等，能对大气、水体、土壤、生物造成多方面的污染。
（1）对大气的污染。由于畜禽高度密集，厩舍内潮湿，灰尘、粪便、霉变垫料及呼出的二氧化碳等散发出恶臭气。研究表明，臭气成分中有臭味化合物168种，其中13％以上属于鲜粪成分。
（2）对水体的污染。畜禽粪便能直接或间接进入地表水体，导致河流严重污染，水体富营养化，水质严重恶化，致使公共供水中的硝酸盐含量及其他各项指标严重超标，其对水体的危害程度不亚于工业污水。同时，畜禽粪尿淋溶性极强，可以通过地表径流污染地下水，也可经过土壤渗透污染地下水。
（3）对土壤的危害。对土壤的危害主要表现在土壤的营养累积。动物粪便作为有机肥长期使用，将导致氮、氢及其他微量元素在土壤中的富集。
（3）对生物的危害。畜禽污水还会引起传染病和寄生虫病的蔓延，传播人畜共患病，直接危害人的健康。特别是在非冬季节，畜禽粪便孳生大量蚊蝇，使环境中病原种类、病原菌数量增大，从而造成人、畜传染病和寄生虫病的蔓延。