污泥是经济发展和城市发展的必然产物，随着经济的发展，城市的扩大和新城市的增加，污泥也在不断的增多。施用污泥于农田可以肥田，起到改土和增产的作用。污泥主要含有一些有机物及其降解产物，而现在的污泥大都和过去不同了。由于工业的发展，大量工业废水排入江河湖泊，因此，多数地区的污泥中，程度不同地含有重金属和其他有害物质（有机的和无机的），所以继续使用污泥就要注意兴利避害。施用污泥易引起的环境污染主要是生物污染（病原生物）、重金属污染及某些难分解的有机物的污染。
（1）有害元素的污染问题。如果施用污泥的土壤pH维持在6.5以上，且有害元素在污泥中的含量低于国家颁布的农用污泥有害元素控制标准，则不会对植物或人畜产生危害。但是若污泥中有害元素含量超过控制标准，就会危害作物的生长发育或在农产品中积累，进入食物链，威胁人类和禽畜的健康，甚至破坏土壤的生产力。重金属在土壤中的移动性很小，大量的污泥施入农田后，重金属会在土壤耕层中逐渐积累，当超过土壤生态系统的自净能力和安仓负荷时，就会产生危害。
（2）持久性有机污染物。污泥中的许多有机物多是有毒的，有的是致癌的，进入土壤后，它们之间的一些能很快地分解，失去毒性，而另一些则很难分解，长时间留在土壤里，产生累积性危害，如难分解的硬质型合成洗涤剂、多氯联苯等。
（3）生物污染。在污泥中混有多种致病的细菌、原生动物、寄生虫和病毒等病原体，它们可能通过直接接触或食物链传播，引起人或动物患病，如肠炎、伤寒、痢疾、传染性肝炎等等。
总之，污泥成分复杂，既有植物需要的营养成分，又有种类繁多的有害物质。因此，对污泥的农业利用应注意各种污染问题，保护农业生态环境及人畜健康。