疫苗保存和运输时，要防止疫菌苗变质、破损、接近高温和受日光曝晒等。弱毒苗应低温保存和运输，灭活苗可在2℃～8℃或室温运输保存。使用疫苗、菌苗之前，应先检查有效日期和包装是否完整；再按瓶签说明的用量、用法和注意事项等使用。开瓶后必须用完。隔日不能使用。已经吸入针管的疫苗菌苗，不能再送回瓶内，用过的针头须经消毒后才能再用。
科学合理的免疫程序应根据鸡场的具体情况来拟订，除充分考虑鸡群的状况能否生产坚强免疫力外，还应结合养鸡场的规模、饲养方式、生产特点、综合防疫水平、疫苗种类以及当地各种疫病流行情况等通盘考虑。