当温度下降到10℃以下时，黄鳝就不再摄食，进入越冬休眠状态。在自然条件下，每年11月至翌年2月，黄鳝就钻入深层泥土中蛰伏越冬。由于黄鳝具有特殊的呼吸器官，越冬期间即使栖息于干涸的泥层中也不会死亡。
（1）干池越冬。在黄鳝停食后把鳝池的池水排放干，待黄鳝潜入池底污泥中后，在池底泥表面覆盖适量（15～20厘米厚）的草包或农作物秸秆等，保持底泥湿润、不结冰，注意覆盖物不要堆积过密，以防止泥中的黄鳝窒息而死。
（2）深水越冬。在黄鳝进入越冬期之前，将池水升高至1米左右，让黄鳝钻入水下底泥中进行冬眠。在此越冬期间，霜冻天气，若池水结冰，应及时进行人工破冰，以防长时间冰封鳝池而导致池底层中的越冬黄鳝缺氧。此外，应密切注意池水深浅，防止浅水越冬而冻死黄鳝。在使用以上两种越冬方法过程中，在条件允许时，最好是在池上搭设塑料薄膜大棚，以增加保温防寒效果，确保黄鳝越冬成活率。