隐藏过敏原的另外一个主要来源是交叉污染。包装和加工食品有很大危险，因为生产相关产品的设备是共用的。不同产品的加工之间不能很满意地清洗干净设备，会留下过敏性食物的残留物。任何食物都可能会发生这种情况，如含蛋的和不含蛋的意大利通心粉；有或没有坚果的早餐谷物食品和米粉糕；在食品店，交叉污染会在熟食柜中发生，如肉和干酪在同一台设备中切片、焙烤食品并排放置、散装食品会偶然混在一起等。同一台烤盘架可用来烤海产品和其他肉，这些都可能造成交叉污染。
