由于细菌、病毒或真菌侵入肠胃道引起的腹泻称感染性腹泻。患有这类腹泻的小儿多数有发热，呕吐，粪便有异常臭味，含有黏液或脓血，如不及时治疗，则腹泻会持续或加重。由于引起腹泻的病原体不同，其腹泻又各有其特点。
（1）细菌性痢疾：简称菌痢，轻者常无发热或仅有低热，大便次数增加，混有脓血的可突发高热，面色苍白，抽搐，四肢发冷，脉搏摸不到，甚至昏迷不醒，称其为中毒型菌痢。1岁以内的婴儿患菌痢症状往往不典型，表现无热或低热，每天排3～5次水样便，易误诊为消化不良。如果是细菌性痢疾引起的腹泻就要及时治疗，不能麻痹。一般1～2周内逐渐恢复，如果治疗不及时或不彻底就可能转为慢性。
（2）病毒（多为轮状病毒）引起的腹泻：由于消化道传染，也可以有呼吸道传染，大多发生在每年的8～11月份，9月份是发病高峰，又称秋季腹泻。多见于营养良好的6～18个月的婴儿。秋季腹泻起病急，体温升高在38℃～40℃，同时伴有感冒症状，在发病当天就有腹泻。大便像米汤或蛋花汤一样，少量黏液。由于大便量多，常像水一样冲出来，因此患儿很快就出现眼眶凹陷、口唇干燥等脱水症状。小儿有严重口渴感和哭闹不安等现象。轮状病毒肠炎的自然病程一般在7～10天，预后一般良好。
（3）弯曲菌引起的腹泻：空肠弯曲菌是小儿感染性腹泻的重要致病菌之一，几乎占感染性腹泻病例中第二位，仅次于菌痢。全年均可发生，夏秋季为发病高峰，尤以两岁以下小儿常见。潜伏期3～5天，全身中毒症状明显，有高热、呕吐和腹痛，接着出现黄色带有奇特恶臭的水样便，少数为黏液或脓血样便。
（4）真菌引起的腹泻：患儿大便黄色稀薄或绿色，多泡沫无黏液呈豆渣样。多见于久用或滥用抗生素的患儿。