清德宗光绪元年（公元1875年）正月二十日，4岁的清德宗爱新觉罗·载恬在太和殿正式即位。从这一天起，清德宗爱新觉罗·载恬就被慈禧太后抓在手里，或当作争夺权利的利器，或作为显示威严的权杖，更多的情况下，则当作她御案上不可缺少的摆设，或是任意玩弄的木偶。这自然是慈禧太后专制政治的需要。入宫后的光绪，是在孤独中长大的，繁琐的宫中礼节，慈禧太后经常不断的严辞训斥，没有母爱，饮食寒暖没有人真心去细心照料，应倡导应禁忌之事，无人去指点揭示。没有童年的欢乐，致使他从小就心情抑郁，精神不快，造成身体积弱，难以抵挡疾病的侵袭，留下了难以愈治的病根。天嘏在所著《满清野史》中称：人在幼年的时候，都受到父母的呵护，照顾其出行，料理其饮食，体慰其寒暖，既使是孤儿，也会得到亲朋好友的照顾。只有清德宗爱新觉罗·载恬无人敢亲近。……皇上每日三餐，其饭食有数十种，摆满桌案，可离皇上稍远的饭食，大都已臭腐，接连数日不换。靠近皇上的饭食虽然并未臭腐，可经多次加热，已不能可口。……清德宗爱新觉罗·载恬自十余岁后，虽为天子，可还不如一个孤儿，以后身患痼疾，即是由于少年时衣食不节造成的。虽为野史，可内容与恽毓鼎的《崇陵传信录》所述：“缅怀先帝御宇不惟不久，幼而提携，长而禁制，终于损其天年。无母子之亲，无夫妇昆季之爱，无臣下侍从宴游暇豫之乐。平世齐民之福，且有胜于一人之尊者。”大致相近。说明清德宗爱新觉罗·载恬帝体弱多病之原因，实与自幼在慈禧太后淫威之下，失于调养照料有关。
按照清王朝祖上留下的规矩，皇帝十六岁就要临朝亲政。随着清德宗爱新觉罗·载恬年龄的增长，他的大婚和亲政逐渐临近，慈禧太后撤帘归政把大权交给清德宗爱新觉罗·载恬之事已不可回避。可慈禧太后既不甘心，又无可奈何，于是预作布置，对清德宗爱新觉罗·载恬帝权力多方限制，仍由她在暗中操纵朝政。清德宗光绪十五年（公元1889年）正月二十日，19岁的清德宗爱新觉罗·载恬举行大婚典礼。清德宗爱新觉罗·载恬的一位皇后两个妃子都是慈禧太后做的主，皇后不是别人，正是慈禧太后亲弟弟桂祥的女儿叶赫那拉氏，即隆裕皇后。这个皇后容貌丑陋，马脸高额，瘦弱驼背，突眼露齿。清德宗爱新觉罗·载恬极为不满，但也无奈。慈禧太后选自己的侄女为皇后，为的是朝政交给清德宗爱新觉罗·载恬后，还能利用皇后来控制和操纵皇帝，起码可以通过皇后监视和掌握皇帝的一举一动。
清德宗爱新觉罗·载恬的两位妃子是瑾妃和珍妃，二人是亲姐妹，但相貌性格却大不相同。瑾妃相貌一般，远远比不上珍妃，而且性格脆弱；珍妃貌美端庄，性格开朗，活泼机敏，颇有见地。珍妃的入宫犹如一块石子投入一潭死水，她对清德宗爱新觉罗·载恬的同情和体贴，激起了清德宗爱新觉罗·载恬对未来的憧憬和热情。同时，珍妃又向清德宗爱新觉罗·载恬推荐了她的老师文廷式，这位素以评论时政、忧心国事的著名清流人士很有才华，颇有政治见地。文廷式被清德宗爱新觉罗·载恬帝重用后，对清德宗爱新觉罗·载恬帝很有影响，引发了清德宗爱新觉罗·载恬要改革政治及摆脱束缚而有所作为的欲望。大婚后的数年间，清德宗爱新觉罗·载恬与珍妃共同度过了一生中较为轻松的时光。由此，也引发了他作为人君国主，希望在政治上摆脱束缚而有作为的欲望。可这一点，是慈禧太后最不愿看到的。
“有心栽花花不开，无心插柳柳成荫。”按慈禧太后本来的亲上加亲，以控制光绪帝的初衷才让自己的侄女为皇后。然而强制的结果，却又适得其反。当年，清穆宗爱新觉罗·载淳自己选立皇后阿鲁特氏，而慈禧太后却偏偏让清穆宗爱新觉罗·载淳去喜欢慧妃，结果闹得母子不和。这次，慈禧太后为清德宗爱新觉罗·载恬选配叶赫那拉氏为皇后，可光绪又偏偏喜爱珍妃他他拉氏，其结果可想而知。当时，光绪明明知道宠爱珍妃，就要得罪皇后，而与皇后不睦，即等于开罪慈禧太后。然而，慈禧太后可以在任何事情上迫使光绪就范，惟独在情爱和感情上无法以己之所愿强加于人。据《悔逸斋笔乘》记载：清德宗光绪十八年（公元1892年）仲夏之时，一天，光绪与隆裕皇后为小事争吵，隆裕跑到慈禧太后面前哭诉其事。慈禧太后大怒，对身边的人说：“皇上是我所立，实乃忘恩之举，隆裕是我的亲侄，辱骂皇后就是对我最大的不敬，实在难以忍受。”接连数日，光绪入宫请安，慈禧太后一言不发。此后光绪与慈禧太后的嫌隙就算形成了。
光绪临朝亲政后，53岁的慈禧太后表面退居颐和园颐养天年，实则权势依旧，裁决政事，一如既往。慈禧太后一方面处处限制光绪的权利，国家重要大事都要秉承她的懿旨去办理；一方面又通过自己的侄女——隆裕皇后及亲信太监李连英等人，暗中监视清德宗爱新觉罗·载恬的行踪。并规定：清德宗爱新觉罗·载恬每隔一日，必须亲往颐和园向她汇报政务，听候训示。以致清德宗爱新觉罗·载恬经常披着星星来，头顶月亮去，饱受奔波，遇有重大事情，更得随时请示，名为皇帝，实为傀儡。光绪的政治抱负不能得以实现，日久天长，精神更加抑郁，情志愈益不畅，旧病不去，又添新愁。从“脉案”看，在相当一段时间内，清德宗爱新觉罗·载恬体质虽未见好，遗精及腰背酸沉等病仍在继续，但诊病和吃药的次数却相对减少。这主要是清德宗爱新觉罗·载恬力图在政治上有所作为，以挽救他那岌岌可危的政权，整日忙于政务，关注政治改革，另外，还要随时应付慈禧太后的训斥，一时无暇顾及诊病吃药。
疾病缠身的清德宗爱新觉罗·载恬亲政后的第一件大事，就是遭逢日本侵略朝鲜，进而侵略中国。清德宗爱新觉罗·载恬违背母后之意，决心援朝抗日，但腐败的体制导致战争失败，被迫签定了《马关条约》，失地赔款，这虽使他受到重大打击，加深了“母子”的不和，但也激发他力图改革政治、富国强兵的雄心。清德宗爱新觉罗·载恬在康有为、梁启超等人的影响下，在珍妃的积极支持下，于清德宗光绪二十四年（公元1898年）四月二十三日，颁布“明定国是诏”，宣布变法，强调博采西学，推行新政，授予康有为“专折奏事”特权。那些守旧的亲贵重臣害怕清德宗爱新觉罗·载恬在改革政治中触动他们的地位，纷纷投靠慈禧太后并竭力挑拨他们“母子”的关系。慈禧太后也深恐清德宗爱新觉罗·载恬改革的成功会影响到她的独裁。这样朝臣内出现了“后党”与“帝党”，双方展开了激烈的斗争。清德宗爱新觉罗·载恬亲政的十年，是他与慈禧太后进行政治和权利斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐化。光绪二十四年七月二十九日，清德宗爱新觉罗·载恬到颐和园见慈禧太后，慈禧太后明确表示要废掉清德宗爱新觉罗·载恬，并密谋由北洋总督荣禄，在九月初皇帝、太后到天津阅兵时政变，废除清德宗爱新觉罗·载恬。形势危急，清德宗爱新觉罗·载恬当天就给帝党人物杨锐发下密谕：“朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然，朕屡次进谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救。朕十分焦灼，不胜期望之至。特谕。”杨锐胆小，将密谕扣住不传他人，光绪等不到回音，急不择路，于八月初一、初二连续两次召见袁世凯，提升他为侍郎衔，让他专办练兵事宜，想以此使袁世凯感恩报德，效忠皇帝。同时，清德宗爱新觉罗·载恬于同年八月二日还有一道密谕给林旭，让他转告康有为迅速离京。林旭将两道密谕同时转给康有为、谭嗣同等人，大家看了十分感动，但都束手无策，最后也觉得只有拉拢袁世凯的加入，由谭嗣同出面请袁世凯马上举兵，先杀掉荣禄，回兵包围颐和园。袁世凯表面上满口答应，八月五日回到天津，却在八月六日马上向荣禄告密。八月初四日，慈禧太后由颐和园回城，住中南海仪鸾殿，第二天祭蚕神，当即回颐和园；回园顷接荣禄密电，马上乘轻轿返城，重返南海瀛台。返瀛台后立即传光绪来见。见到光绪，慈禧太后破口大骂，骂他忘恩负义，恩将仇报。在以慈禧太后为首的守旧势力的反对和镇压下，变法运动最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“戊戌六君子”遇害，光绪本人亦被软禁在中南海瀛台，他的政治生涯实际上到此已经结束。此后，清德宗爱新觉罗·载恬度过了十年没有人身自由的囚徒生活。他虽然名义上仍保持着皇帝的名位，但实际已没有了皇帝的权力。戊戌变法失败后，慈禧太后又将清德宗爱新觉罗·载恬挚爱的珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，并且给她立下了一条规矩：今后不许觐见皇上。
南海瀛台，与水云榭岛、琼华岛分处太液池三海之中，象征东海三仙岛蓬莱、瀛洲、方丈。瀛台四面环水，只在北端架一板桥，通至岸上，板桥中间有一段是活动的，清德宗爱新觉罗·载恬被囚此之后，慈禧太后便命令人把桥板撤掉了，以免清德宗爱新觉罗·载恬走出瀛台岛。