和世界各大洋一样，南大洋的海底地形也是千变万化、十分复杂的。大体上来说，南大洋的海底地形可以分成下列几类：陆缘和海底高原、深海平原和深海盆地以及边缘深沟和洋中脊。
陆缘区本身可分为3个特征完全不同的区域：大陆架、大陆坡和大陆隆起。
在南大洋，其陆架区的坡度变化非常小，它与海岩相接，水深一般为100～150米。但是南极大陆架的水深要比这大得多，达400～600米。大陆架向海一侧的边界是大陆坡。大陆坡是高差极大的陡坡，偶尔会被陡峭的水下深沟所切割。大陆坡一直延伸到大约3000米水深处，与较为平缓的大陆隆起相接。
大陆隆起覆盖的大陆碎屑沉积物，厚度常常超过1000米，而大陆隆起斜坡下端与非常平坦的深海平原的结合部，沉积物却是厚度仅有50多米的薄层沉积物，大多数的深海盆地的深度都处于4000～6000米，那里有许多大洋隆起和深海丘陵，它们的起伏程度取决于覆盖在上面的沉积物的状态，除深海丘陵外，深海盆地沉积物的厚度一般都大于200米。在边缘区，起伏很大的洋底可能出现狭窄的陆缘海沟。
在南大洋的陆缘海沟里，南桑威奇群岛东侧的南桑威奇海沟是最具有典型性的了，其最大深度可达9000米。从大洋盆地耸起的海底高原，水深均小于2000米，形成相当平坦的海底区域，有些海底高原的水深还不到200米，并常常覆盖着较厚的海洋沉积物。
洋中脊的所在地是大洋盆地的中心所在，洋中脊从很深的海底一直升到水深小于4000米的地方，另外，洋中脊顶部，有宽为10～20千米、深达500米的曲折断谷。
对人类来说，南极的大陆架和海底高原非常的重要，因为那里水不太深，常覆盖着很厚的沉积物，具有重要经济价值的烃类化合物——石油和天然气则可能埋藏其中。南极洲周围的大陆架，只有罗斯海和威德尔海处较宽，其次是艾默里冰架外的陆架区，其余地方的陆架区都相当窄，仅有十几千米宽。正如前面所说，南极大陆架的深度一般在400～600米，比其他地区的大陆架深得多。另外，人们认为，现在由海水覆盖着的、极深的南极深水大陆架，并不能简单地看成是由于冰盖重压而造成南极大陆下沉的结果。南极大陆架之所以达到如此深度，很可能是由于最后一次冰期最盛时期的南极冰盖的规模相当大，外流冰的刻蚀加大了陆架的深度。
在南大洋中的海底高原或海脊中，规模最大的是坎贝尔高原，也有称其为新西兰高原的。它是由新西兰以东延伸到坎贝尔岛以南。马阔里海脊是这一高原的一条支脉，向南一直延伸到马阔里岛以南，以两个小海沟为界。福克兰高原是从南美洲的东边到福克兰群岛的一个范围很广的海脊区，与从南乔治亚附近到南极半岛陆架的一些规模较小的高原相接。凯尔盖朗—高斯伯格高原是另一个重要的海脊系，它从凯尔盖朗岛、赫德岛和麦克唐纳群岛等火山岛，一直延伸到东南极洲的威廉二世地上最近才停止火山活动的高斯伯格山。在马达加斯加正南方的克罗泽群岛周围有一个规模较小，但很重要的海底高原。
南极大陆是一块非常特殊的大陆，潜伏在南极辐合带之下的洋中脊体系紧紧地将它包围着。印度洋洋中脊的南延部分直达澳大利亚以南，并成为太平洋至南极海脊或东太平洋海脊的南延部分。这一海脊的分支沿智利海脊伸向南美洲海岸，在那里，它与安第斯山系的巨大褶皱带的关系就变得模糊不清了。这一海脊在南美洲南端以南海域又重新出现，称为沙克尔顿破裂带，再向南桑威奇群岛以西延伸，由此成为大西洋洋中脊南端的西南分支。从克罗泽高原以北通过的大西洋洋中脊的一个东南向分支，最终把大西洋洋中脊和印度洋洋中脊连结在一起。
由此可见，南大洋的海底地貌单元比较齐全，但是，其大部分是相邻海洋中的延伸体，很少有自己的独立体系。另外，南大洋的复杂组合，也造成了海水及其中海流系统的复杂性。这里的中层水，其范围在海深500～1200米，具有低温、低盐度以至较低密度的特征，测定的数值：海水温度为4.8℃、平均盐度值为33.8‰、海水密度只有1.0272。由于辐合带的极热沉现象所产生的恒温器作用，使这里的海水远处于低温状态，海洋表层的南极洲西风飘流环流，在从西向东环绕南极洲流动中，其宽度和流向也变化不定，没有规则。