英国斯图亚特王朝复辟后，英国查理二世着手处理爱尔兰土地问题。为了满足天主教徒和新教徒双方的要求，宣布爱尔兰的全部土地上缴英王处理。凡参加爱尔兰起义的天主教徒都作为反对英国国王的反叛者对待。1660年11月英王查理二世发布宣言，规定了第二个组织法令的全部内容。英王保证1642年的“冒险家法令”，克伦威尔颁布的组织法令必须修改，使它照顾天主教徒的利益。冒险家的土地得到确认，无辜的新教徒的地产立即得到恢复。爱尔兰天主教徒根据有罪、无罪分成几个等级。被迁走者恢复他们的产业。凡参加1642—1646年起义的天主教徒，只有少数人恢复了产业，多数人则没有得到任何恩赐。1661年5月召开爱尔兰会议，新教徒占绝对优势，要宣誓王权至高无上。1662年7月爱尔兰议会通过组织法令。查理二世成立“处理土地权法庭”，由7名英国人组成。许多天主教徒恢复了产业。“处理土地权法庭”存在到1667年8月。因为它过分袒护天主教徒，引起英格兰、爱尔兰新教徒的不满而使它停止工作。但第二个组织法令推行的结果，在爱尔兰出现了新教徒占有大批土地的倾向。
他们控制着议会、政府、城镇和贸易。据统计，1672年爱尔兰有良田1200万亩，克伦威尔党人殖民者就有450万亩，天主教徒只占有350万亩，其余被早期殖民者占有。在爱尔兰总人口中天主教徒占80万，新教徒只占30万。