奥利佛·克伦威尔4年护国主统治，造成国内危机四伏，民怨沸腾。他在生命的最后时刻，深居简出，恐怕有被谋杀的危险。年老而且病魔缠身，1658年他又得了疟疾。当年夏天他心爱的女儿伊丽莎白·科莱乌波尔逝世了。他悲痛至极。8月中旬克伦威尔病情恶化。乔治·福克斯在8月20日去看望他，说他已同死人无异了。克伦威尔临死前深怕失去上帝的恩典。牧师回答说：“不，不能！”克伦威尔说：“这样，我得救了！”他从此拒绝服药，拒绝进食！他说：“我希望尽快地离开人世！”1658年9月3日，登巴尔和克塞斯特战役纪念日，克伦威尔在午后3时与世长辞！他死前数小时指定理查·克伦威尔为继承人。他的尸体经过防腐处理，9月20日安放在索姆塞特馆，11月23日举行葬礼。他的尸体被埋在威斯敏斯特大教堂里。1660年斯图亚特王朝复辟后，他的尸体被挖出来，吊在伦敦死刑场的绞刑架上，脑袋挂在威斯敏斯特屋顶的旗杆上，然后在绞刑架下烧掉。有个说法，克伦威尔死前密令把他的尸体偷偷运走，火化在纳斯比战场上。
