第二次内战结束后，1648年12月下旬，独立派上层军官召开会议，主张让查理一世退位，由年仅10岁的幼子哥洛塞斯特侯爵继位。他们反对处死查理一世。但各郡人民纷纷要求处死国王。同时发现查理一世于1646年3月写给枢密大臣狄格比的信，表示他要努力争取返回伦敦，消灭长老会派和独立派，成为真正的国王。在这种形势下，克伦威尔接受人民的要求。
1648年12月23日，下院宣布国王为国家全部灾难的制造者。克伦威尔命令哈利逊把国王从赫斯特城堡押解到温莎。1649年1月1日，下院宣布国王为反对英国国会和发动内战的罪魁祸首。成立最高司法裁判所，审判查理一世。最高司法裁判所由克伦威尔、爱尔顿、费尔法克斯、哈利逊、蓝白、里乞、普莱德以及上院议员和伦敦市议员组成。费尔法克斯和伦敦市议员拒绝出席。主席为著名律师约翰·布拉德肖。1649年1月19日查理一世被押到伦敦。第二天审讯开始。法官宣读起诉书，列举国王挑起内战，破坏国家安宁的罪行。查理一世质问，是以谁的名义把他送到这里。布拉德肖回答说，以英国下院和人民的名义。查理一世进行公开狡辩，否认审讯的合法性。最高司法裁判所几经秘密会议，1月26日由62名法官批准判决书。
判处：查理·斯图亚特作为暴君、叛徒、杀人犯和国家的敌人，应该被斩首。1649年1月30日，英王查理一世在白宫前面被送上断头台。