清凉峰因地形复杂，生态环境特殊，林木茂盛，雨水充足，因而不仅珍稀动物种类繁多，还有大量具有特殊经济价值和科研价值的优良珍贵树种。属国家保护的珍稀动物有梅花鹿、白冠长尾雉、猕猴、苏门羚、白鹇、大灵猫、小灵猫、穿山甲、黑鹿、獐、四不像等数十种；石鸡、大鲵也颇有名气；另外，还有山雀、灰喜鹊、啄木鸟等200多种山禽，常翔集在山间深谷和茂密林中，或嘤嘤细吟，或啾啾欢唱，使保护区内更加充满生机。清凉峰是皖南山区的绿色宝库之一。现已查明，保护区内有高等植物千余种，其中木本植物400多种，珍稀植物30余种，被列为国家重点保护的植物有华东黄杉、珍珠黄杨、香果树、莲香树、鹅掌楸、金钱松、黄山梅、天女花、绣球花等20余种。被国家列为重点保护的一类树种“华东黄杉”，是白垩纪或更古时代残存下来的孑遗树种，安徽省内除黄山云谷寺等处尚存一两株外，已濒临绝种边缘。而科学工作者却在此处发现了成片的20多株华东黄杉。不仅具有观赏、实用价值，更有着突出的科研价值。
如同邻近的牯牛降，作为自然保护区之一的清凉峰，经有计划地开发后，不仅会使自然景观得到更好的保护，还会有人文景观点缀其间。到那时，它既是国内外科研人员的目光注意之所，又是广大旅游者向往的、串在黄山至杭州旅游热线上的一颗山岳风景名珠了。
十六、河南伏牛山国家级自然保护区
该区位于河南省西峡、内乡、南召、栾川、嵩县、鲁山等6县境内，面积56024公顷。保护区由西峡老界岭黑烟镇、黄石庵、南召宝天曼、栾川老君山、嵩县龙池曼、鲁山石人山等6个保护区组成。这6个保护区分别于1980年和1982年经河南省人民政府批准建立，经规划调整后构成一个完整的统一体，并于1997年晋升为国家级，主要保护对象为天然阔叶林森林生态系统。
伏牛山东西走向，是我国北亚热带和暖温带的气候分区线和中国动物区划古北界和东洋界的分界线，也是华北、华中、西南植物的镶嵌地带，属暖温带落叶阔叶林向北亚热带常绿落叶混交林的过渡区。区内森林植被保存完好，森林覆盖率达88％，是北亚热带和暖温带地区天然阔叶林保存较完整的地段。特殊的地理位置和复杂多样的生态环境条件，加之人为干扰较小，使本区保存了丰富的生物多样性资源。区内维管束植物有2879种，其中有中国特有属37个，单属种59个，国家重点保护野生植物有连香树、香果树等32种；野生动物中兽类有62种，占河南省兽类总数的86％，鸟类有213种，占河南省鸟类总数的71％，昆虫的种类则超过3000种，列为国家重点保护的野生动物有金钱豹、麝、大鲵等50多种。伏牛山还是长江、黄河、淮河三大水系一些支流的发源地，为重要的水源涵养林区。
十七、湖北神农架国家级自然保护区
位于湖北省房县、兴山、巴东三县交界处，面积70467公顷，1978年经湖北省人民政府批准建立，1986年晋升为国家级，1990年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为北亚热带山地森林生态系统及特有、珍稀物种。
本区地处大巴山系与武当山系之间，主峰大神农架海拔3052米，素有“华中屋脊”之称。区内植被以亚热带成分为主，兼有温带和热带成分，并具有明显的垂直地带性。本区是国内各动植物区系汇集的地区，同时也是我国特有属的分布中心之一。高等植物有1919种，其中国家重点保护植物有珙桐、水青树等32种。药用植物有1200多种；陆生脊椎动物有500多种，国家重点保护动物有金丝猴、小熊猫等43种；神农架特有物种有神农香菊等10多种。近年来，神农架多次发现有“白熊”、“白金丝猴”等白化动物，引起中外科学家的高度重视。此外，神农架奇丽的自然景观，丰富的生物资源和浓厚的神秘色彩，是生态旅游和探险旅游的胜地。
十八、湖南壶瓶山国家级自然保护区
位于湖南省石门县境内，面积40847公顷，1982年建立省级自然保护区，1994年晋升为国家级，主要保护对象为亚热带森林生态系统和野生动植物种。
壶瓶山主峰海拔2098.7米，为湖南最高峰。保护区内相对高差达1847.7米，地形复杂，生态环境多样，生物资源丰富，植被垂直分带现象明显，森林植被为华中植物区系地带性的代表。由于该地在历史上未受到第四纪冰川的影响，保存了大量的古老孑遗植物及种群。区内共有高等植物206种，其中国家重点保护植物有34种，珙桐、水青树、野腊梅等特有原生型珍稀植物群落具极高的科研价值。陆栖脊椎动物有272种，昆虫有4145种，且新发现新属1个，新种31个，列为国家重点保护的野生动物有25种，特别是该区有华南虎及其繁殖种群的存在。保护区丰富和特殊的生物多样性资源使其具有重要的植物地理学意义及保护价值。
十九、江西鄱阳湖国家级自然保护区
位于江西省永修县境内，面积22400公顷，1983年经江西省人民政府批准建立，1985年晋升为国家级，1992年被列入“世界重要湿地名录”，主要保护对象为珍稀候鸟及湿地生态系统。
本区地处我国第一大淡水湖——鄱阳湖的西北角，每年秋去冬来，水落滩出，沼泽星罗棋布，水草繁茂，鱼虾众多，是候鸟理想的越冬地。据调查，全区有鸟类258种，其中属国家一级保护动物的有9种，属国家二级保护动物的有32种，是目前世界上最大的白鹤越冬地，全球约95％的白鹤在此越冬，也是迄今发现的世界上最大的越冬鸿雁群体所在地。该保护区已逐步成为世界保护、研究鸟类的重要基地。
二十、江西井冈山自然保护区
井冈山自然保护区位于江西省井冈山市境内，地理坐标为东经114°06′—114°18′，北纬26°30′—26°40′，总面积17217公顷。保护区于1981年经江西省人民政府批准建立，是一个以中亚热带常绿阔叶林为主要保护对象的自然保护区。
本区地处罗霄山脉中段，区内山体峻拔雄伟，层峦叠嶂，串珠状小盆地点缀山间，最高峰井冈山主峰海拔1586米，最低谷湘洲河谷海拔仅230米，相对高差达1300余米。由于历史上因山高路险、人口稀少以及与外界联系甚少，而保存了完整的常绿阔叶林，尤以河西城主峰为核心的大面积原始常绿阔叶林是我国最典型的、完整的中亚热带森林植被。区内植被类型复杂多样，生物资源丰富，并具典型性、代表性、特有性等特征，森林植被有12个植被型，92个群系；维管束植物有3400余种，占江西省植物种数的70％；森林脊椎动物有260多种（鱼类除外），昆虫3000余种，均优于同纬度的其他区域。本区珍稀濒危物种种类较多，列为国家重点保护的野生动物有云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、穿山甲、大鲵等30余种，列为国家重点保护的野生植物有南方红豆杉、福建柏、白豆杉、闽楠、伯乐树等，井冈山特有植物有22种，为我国东亚热带地区重要的生物基因库之一。
二十一、陕西太白山国家级自然保护区
位于陕西省太白、眉县、周至三县交界处，面积56325公顷，1965年经陕西省人民政府批准建立，1986年晋升为国家级，主要保护对象为森林生态系统和自然历史遗迹。
本区地处秦岭山脉中段，太白山顶海拔3767米，为秦岭的主峰。秦岭山脉为我国南北气候和植物的分界线，太白山则处于华北、华中和青藏高原三区生物交汇过渡地带，区内动植物资源丰富，植被垂直分带明显。高等植物有2000余种，国家重点保护植物有连香树、水青树、星叶草、太白红杉等21种；高等动物有270多种，国家保护动物有大熊猫、羚牛、豹等20多种。在太白山海拔3000米以上的高山区，还保存着比较完整的第四纪冰川遗迹。该保护区是开展科学研究难得的“天然实验室”。
二十二、山西芦芽山国家级自然保护区
位于山西省宁武县境内，面积21453公顷，1980年经山西省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级，主要保护对象为珍禽褐马鸡及森林生态系统。
本区地处吕梁山系的北端，主峰芦芽山海拔2736米。区内山系奇特险峻，生态环境复杂，保存有大面积华北落叶林和大片的云杉林，是目前黄土高原森林生态系统保存最完好的地区之一。这里植物区系成分复杂，除华北成分外，还有蒙古成分、东北成分和古北成分，并含有华北特有种。高等植物有93科、370属、700多钟，已发现的脊椎动物有232种，其中列为国家一级保护的野生动物有褐马鸡、黑鹤、金雕、金钱豹等6种，二级保护野生动物有原麝、猞猁、古貂、马鹿、苍鹰、红隼等22种。特别是世界性濒危珍稀动物褐马鸡在保护区内有较大数量的分布，种群数量达2700只左右，并为褐马鸡分布的最北限。芦芽山自然保护区的建立，对保护和研究褐马鸡、华北落叶松等物种及其生存环境，涵养汾河水源以及探索西北部山区综合开发途径有着重要的意义。
二十三、四川卧龙国家级自然保护区
位于四川省阿坝藏族自治州汶川县境内，面积20万公顷，1975年经国务院批准建立，1980年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处岷江上游、邛崃山的东坡，属中亚热带湿润气候，最高峰海拔6250米，相对高差达5000米，为青藏高原向四川盆地过渡的高山峡谷区。本区的地带性植被属于中亚热带常绿阔叶林，但随着海拔的升高而形成的水热条件的变化，植被类型相应出现规律的垂直变化。
在海拔2100—3600米的温带针阔叶混交林带和亚高山针叶林带，云杉、冷杉林下生长着成片茂密的箭竹，为珍稀孑遗动物大熊猫最适宜的生存环境。本区动植物区系组成复杂，资源丰富，高等植物有1810种，其中国家重点保护植物有珙桐、香果树、红豆杉等；高等动物有白唇鹿等40多种。保护区建立以来，在大熊猫的保护和研究方面取得了显著成绩，已成为大熊猫研究的中心。
二十四、重庆金佛山自然保护区
金佛山自然保护区位于重庆南川市境内，地理坐标为东经107°00′—07°20′，北纬28°50′—9°20′，总面积41850公顷。保护区于1979年经四川省革委会批准建立，是一个以银杉、珙桐等珍稀植物及森林生态系统为主要保护对象的自然保护区。
本区地处四川盆地东南边缘向云贵高原的过渡地带，属中亚热带湿润季风气候区，境内山势陡峭、峡谷深切，大小山峰达108座，主峰风吹岭海拔2251米，为大娄山脉东北段的最高峰。本区基带植被为中亚热带常绿阔叶林，森林覆盖率达85%以上，且垂直分布明显，原始森林保存面积较大。区内植物区系成分复杂多样，物种多样性富集，古老孑遗植物和特有植物种类多，为我国植物资源最丰富的自然保护区之一。据初步调查，区内高等植物共有291科1450属4883种，其中属国家重点保护的野生植物有银杉、珙桐、红豆杉、银杏、伯乐树、香果树等数十种，并为300多种植物的模式标本产地；陆栖脊椎动物有391种，其中国家重点保护野生动物有白颊黑叶猴、灰金丝猴、金钱豹、云豹、绿尾虹雉等30余种。金佛山地貌奇特，瀑布、流泉、溪流密布，海拔2000米以上的亚高山溶洞群世所罕见，具较大的旅游开发潜力。本区是我国为数不多的集生物多样性丰富、自然景观奇特为一体的自然保护区，在保护、科研和合理利用等方面都有很高的价值。
二十五、贵州赤水桫椤国家级自然保护区
位于贵州省赤水市境内，面积13300公顷，1984年经赤水人民县政府批准建立，1992年晋升为国家级，主要保护对象为国家一级保护植物——桫椤。
本区地处赤水河畔的坡麓地带，属中亚热带湿润季风气候。区内植被在海拔700米以上为中亚热带湿润常绿阔叶林，在海拔700米以下的沟谷中为南亚热带沟谷雨林，林下生长着成片的桫椤，数量达4万余株，为国内罕见。区内有蕨类植物近200种，种子植物500余种，其中国家重点保护植物7种；野生动物有兽类10种、鸟类110种、爬行类32种、两栖类10种、鱼类39种、昆虫100余种，其中国家重点保护动物18种。该保护区的建立对桫椤等亚热带珍稀物种的保护和研究具有重要意义。
二十六、贵州梵净山国家级自然保护区
位于贵州省的江口、印江、松桃、三县交界处，面积41900公顷，1978年建立省级自然保护区，1986年晋升为国家级，同年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为亚热带森林生态系统及黔金丝猴、珙桐等珍稀动植物。