输血是支持疗法中很重要的部分。为了减轻贫血、止血及控制感染，输血是必要的。但由于再障病程漫长，如长期多次输血，将对红细胞亚型、白细胞及血小板发生免疫反应，致使以后发生输血反应，并可增加感染疾病（特别是病毒性肝炎）的机会；长期大量输血最后可导致血色病；输血本身对骨髓造血功能有抑制作用，故不利于患者骨髓功能的恢复。
因此，再障患者严重贫血时应当输血，但要掌握适应证：
（1）血红蛋白过低，通常低于5克/分升时。
（2）血红蛋白虽不太低，但由于下降太快，患者不能适应者。
（3）有心功能代偿不全的症状者。
（4）有严重出血倾向者。
（5）有严重感染者。
对贫血严重，特别有贫血性心脏病患者，一次输血量不宜过多，速度宜慢。目前成分输血较普遍，根据血液有形成分缺少及出血、感染等情况，采取相应的成分输血。原则上，只要达到不发生缺氧症状时，输血即应停止。