消毒是综合性预防措施中的一个重要环节，是消灭传染源的有效方法，因此长毛兔饲养场要建立严格的消毒制度。消毒方法通常有以下三种：
第一种，物理消毒法。
机械消毒。通过清扫场地、兔舍、兔笼内的废物，把病原体清除出兔舍；或通过冲洗废物的方法将病原体带出兔舍；通风可将兔舍空气中的病原体带出兔舍。
热消毒。通过高热使病原体变性、凝固，达到消灭病原体的目的。例如，注射器等小型金属或玻璃用具可用煮沸的方法消毒；金属笼具、地面、墙壁可以用喷灯火焰消毒；大型器械也可以用高压灭菌锅消毒等。
阳光消毒。阳光中有紫外线，紫外线有杀菌作用，不急于使用的笼具、用具都应放在阳光下暴晒消毒。也可安装紫外线灯用于室内消毒，紫外线灯消毒，冬季照射8分钟，夏季照射5分钟，可以杀灭92％～99％的病原微生物。
第二种，生物消毒法。
堆积法发酵。在距离养兔场生产区100～200米的地方设立堆粪场，挖建深20～30厘米、宽100～150厘米、长视兔场规模而定的浅沟。先在沟底铺20～25厘米的秸秆，其上堆准备发酵消毒的兔粪、垫草、污物等，厚度1～1.2米，然后在粪堆上盖10厘米厚的谷草，谷草上再覆盖10厘米厚的土。夏季堆积3周左右即可发酵成功，可以作为肥料使用。
发酵池发酵。在兔场围墙外修建数个发酵池，大小根据养兔数量而定。池壁和池底用砖砌、水泥抹面，再用防渗水泥处理，保证其不渗水。然后将每天清扫的兔粪、污物等倒入池内，池满时在粪便表面盖一层杂草，上面盖10厘米厚的土，冬季发酵1～2个月即可作为肥料使用，夏季2～3周即可使用。
第三种，化学消毒法。
采用各种有杀菌作用的化学药物杀灭病原微生物的消毒方法。