他与孙奇逢、黄宗羲并称“清初三大儒”，他具有崇高的民族气节，对满清入关对推行的民族压迫和歧视政策表示极大的愤慨；他无意功名，“顾惜名节”，誓不仕清；他隐逸山林，放浪形骸，又毕生肆力于学问，著作甚富。面对朝廷近乎威逼式的征召，他拔出铁剑以死抗争，向世人展示了汉中文士的“铮铮铁骨”。就是面对康熙皇帝，他仍是避而不见，以保全名节。为此，康熙皇帝先后赐了两个匾额给他：“关中大儒”、“操志高洁”。
贫贱不能移，自学成才
明清易代，正值二曲先生的青年时期，与其他抱有亡国之恨的故明遗民一样，面对当时的农民起义、清军入侵，李二曲十分仇视和痛恨，将他们通通斥为“贼寇”。其实他之所以仇视农军，除了亡国之恨外，更有杀父之仇。
崇祯十四年（1641）冬天，李自成率领的农民军打到了河南，很快就攻下了叶县、南阳、许州、长葛等地，接着便准备攻打开封。这时总督陕西都御史汪乔年奉朝廷之命出关讨贼，李二曲的父亲李信吾以材官的身份跟随着前盩厔县令孙兆禄出征，出征的时候已经是腊月二十四了。李信吾到达行辕之后不久，因担心李二曲在家被奸人陷害，还特地寄书信给李二曲的伯父及舅舅，让他们好生照顾二曲，父子之深情由此可知。
第二年正月，李信吾所在的部队转战潼关，他又写信给二曲的伯父和舅父，以子相托。不久，李信吾听到讹传说李二曲被官府抓了起来，他连忙修书让二曲的堂兄弟、表兄弟到潼关走一趟，想当面嘱托他们救出二曲，可当他们赶到潼关时李信吾已经随部队到达了襄城，而且这时的襄城已经被农民军团团围住。李信吾看到李自成的军队日夜攻城，知道很快就会城破兵败，但他此时担心的并不是自己的安危，而是“深以顾幼弱无依为痛”。在守城之战中，李信吾却表现得英勇非常，当时也有手下人想掩护他撤退，被他义正辞严地拒绝了。到后来巷战的时候他被敌军砍得体无完肤，嘴里还号召着众人杀贼。但终因寡不敌众，再加上守城军队将领临阵脱逃，襄城很快就被攻陷了，李信吾、孙兆禄以及汪乔年等都以身殉国。
如此这般，李二曲将农民军说成是“贼寇”，也是情有可原的了。他父亲这种为国捐躯尽忠的行为深深感染了李二曲，应该说对以后他的遗民性格及气节的形成有着很重要的影响。
连年的战乱本来就让这个“家世甚微”的家庭困顿不堪，李信吾的阵亡无疑又是雪上加霜。从此李二曲便和母亲两人形影相吊、相依为命。当时母子二人连自己住的房子都没有，本来租了一个小房子，但后来因为交不起房租也被赶了出来，真正是“东移西徙，流离失所”。这年秋天，他们好不容易在新莊堡找了一个小房子安顿了下来。没过多久，由于驻扎在盩厔的军队发生兵变，乱兵们到处劫掠屠杀，这又打乱了母子二人刚平静下来的生活。有一天李二曲出去捡柴，被乱兵抓获，险些就被一刀砍了，好在士兵当中有人见他气宇不凡，又颇有气概，所以就放过了他，这才幸免于难。
经济问题一直是二曲母子面临的最大问题，因为没有任何田产，母子二人也没有赖以谋生的活计，再加上适逢乱世，所以一直是过着朝不保夕、饥肠辘辘的生活。因为长期营养不良，有时只能靠野菜度日，所以他的脸色也像菜一样，故有人戏称为“李菜”，生活困苦可见一斑。尽管这样，有邻人见这母子二人可怜，劝他到县衙里充当门役，后来又推荐他学阴阳卜画，都被他拒绝了，对他这样一个深受儒家思想影响的人来说，“饿死事小，失节事大”，也只有这样，才会有李二曲誓不仕清的后话。
崇祯十七年（1644），李自成攻入北京，随后清军入关，完成了满清代明，刚刚经历了家变的李二曲又不得不面对国难。这一年二曲刚好十八岁，在今天来说就是刚成年。
当时李二曲的乡人，为了活命，许多人都到新朝的衙门里当差，他们也想招二曲一起共事，但旧朝的衙门他尚且不去，更何况是清朝的衙门呢？所以这些邀请都被他坚决地回绝了。有一天，他经过村里的学堂，听到里面的读书声，不禁深有感触，想到自己的同龄人都在读书学习，自己却四处飘荡，学业荒废，顿感有愧，于是决定发愤读书。
其实在这之前二曲进过一回私塾，那时他才九岁。有一次在读《三字经》的时候，他突然问老师：“性既本善，如何又说相近？”一时间老师竟无以回答。由此可见他是个天资聪颖且勤于思考的孩子。不过由于家境原因，这次上学他上了二十天左右便辍学了，之后便只能跟着舅舅读一读《大学》、《中庸》之类的书，但毕竟不能维持。
他这次要发愤读书也得到了母亲的支持，并想把他送到舅舅的私塾去，只是人情世态今非昔比，他舅舅现在也只能是明哲保身，不敢应承二曲的入学请求。后来二曲又想去投靠乡里的一个教书先生，但教书先生知道他交不起学费，也拒绝收他，这让李二曲郁闷了很久。
只是闲暇之际，他又将自己以前读过的《大学》、《中庸》等书拿出来翻看，发现上面讲的内容自己还依稀记得，而读到《论语》、《孟子》的时候则经常向别人请教章句。就这样，这位后来的一代大儒走上了自学成才的艰苦道路。还好这个时候他母亲找到了一个帮人纺棉的活儿，可以换些粮食回来勉强填饱肚子。虽是自学，李二曲却是相当刻苦，平时拾柴拣菜都是手不释卷，一旦遇到不明白的问题，往往要冥思苦想上一整天。后来他又从亲友那得到一本《篇海》，就相当于一本字典，于是他是随读随查，很快就认识了不少字，可以说把之前落下的功课都给补了回来。随着时间的推移，他的学问也是不断长进，对经书的掌握理解已是十分精通。这让当时的乡人也颇为诧异，他们认为像他这样贫穷的人家，挣钱糊口还忙不过来呢，怎么还有心思去读书呢？
孟子有句话用在李二曲身上是再恰当不过的了，正所谓“天将降大任于是人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身……曾益其所不能。”
由于没钱买书，李二曲读的书大多数是从县里藏书人家借来读的，“书非借不能读也”，随时是靠借书来学习，日积月累却也能博览群书。他在读书的时候还能注意勤做笔记，因此写有诸如《二十一史纠谬》这样的笔记体习作。但这些习作在他三十岁的时候又被自己一把火给烧了，因为在他看来这不是切己之学，更不是儒家正脉，这也是李二曲在治学上的自我否定，应该说这很是需要勇气的。从此他便潜心研究宋明理学了。
对于个人节操，李二曲更是有自己的原则。有一次他偶然得到周钟的制义之文，见其文发理透畅，特别是在谈及忠孝节义的时候更是慷慨悲壮，因此他对这篇文章爱不释手，也认为自己找到了知音。但不久他就听说这个周钟竟然变节投靠了清朝，于是他立即将这篇文章焚毁，并且从此不再相信文人之言。有人推荐其参加科举，他更是笑而不答，连解释都懒得解释了。
扎实的学问加上高洁的节操，关中李二曲很快就声名远播了，从此他便广结天下好友，有学术上的切磋，有精神上的交流。
广交故明豪杰
李二曲交游，更多的是别人慕名来拜访他。
顺治三年（1646）夏天，当时的盩厔宰邑樊嶷听说李二曲好学，就特地派人过来请他到县衙一叙，不想二曲辞谢道：“我们这些平民没有去公门的道理”，无奈之下樊嶷就将他请到了自己的家里。当时正值酷暑季节，李二曲身上除了一件破了的夹袄之外没别的衣服，鞋袜也是穷破不堪，但是从他身上却透露出一种“品宇轩昂，襟怀潇洒”的气质，而樊嶷也一下就被他的这种气质折服了，随即送给了他一块匾，上书“大志希贤”。第二天，樊嶷又派人给做了夏天穿的单衣，给他略微做了下“包装”，然后再向他请教学问上的事情。这样持续了五天，可惜这时樊嶷突然被免了官，要卸任而去，两人离别时，樊嶷对李二曲说：“从一开始见到你我就知道你日后必将成为一名大儒，而如今我也有幸见过你并向你请教学问，遗憾的是我以后不能经常见到你了。即使这样我还是会永远记住你的气质你的学识。看当今世上，能够主持名教的，除了你还能有谁呢？就姑且拭目以待吧！”应该说樊嶷给出的评价对于刚刚崭露头角的年方二十的李二曲来说是相当高的了，但樊并没有说错。
骆钟麟则是李二曲交往时间比较久的一个知己朋友。骆钟麟是浙江临安人，顺治十六年（1659）春天到盩厔做宰邑，刚刚下车，不管其他公务，就直奔二曲的草庐而来，诚心拜谒。此后，骆便把二曲当作自己老师一样看待，每天在繁忙的政务之外一定要找出时间来向这位老师请教，有时能彻夜不归，但从表面上看李二曲一直很平静地对待这位宰邑“学生”，骆每次从他那回家他也不怎么相送，因此就有人说他太高傲了，这时骆钟麟连忙出来辩解道：“李先生这二十年来都不曾离开过他住的地方，又怎么能因为我而破坏他的惯例呢？他没有对我闭门谢客，我就已经很幸运了。”当骆看到二曲住的房子已是“颓垣残壁，不堪其忧”时，又主动用自己的俸禄帮他修了一座好点的房子，此后还经常给他送些粮食蔬菜，对他照顾的很是周到。而李二曲在学问上自然也是经常指点骆钟麟，两人的友谊也一天深似一天。
骆钟麟还发表给衙门，给李二曲作宣传，上面这样写道：
“盩厔有隐士李甬者，其人生而颖异绝伦，潜心圣学。年未弱冠，即见器于前令樊嶷，知其超悟之资，必为名世大儒。卑职在任之初，首重得人，因造其庐，访其人，挹其德容，聆其谈论，不觉形亲神就。初犹执宾主之礼，既不觉甘拜下风而恐后矣。其学以慎独为宗，以明礼适用为经世实義，以悔过自新为作圣入门。”
经过此番宣传，一时之间，台、司、道、府官员皆知盩厔李二曲了。此后李二曲的那个草庐更是门庭若市，来拜访者络绎不绝。
骆钟麟在盩厔待了八年，一直到康熙六年（1667）春天，骆钟麟升为北城兵马。骆盩厔的八年间可以说对二曲十分眷顾，也十分尊敬，但在此期间二曲从来没有主动去过骆的县衙。这次骆来到李二曲家跟他道别的时候，他一直将骆送到郊外。
康熙元年（1662）七月，甘肃天水人蔡溪岩来拜访二曲。这个蔡溪岩年龄要倍于李二曲，但仍虚心向他求教，而且蔡也是决意不仕新朝的，两个人又都是孝子，遂结成了忘年交。由于蔡有双亲在家中，此后两人主要就靠书信来往，而这书信都是蔡派其弟弟亲自送给二曲的。
在拜访李二曲的众多人物中，有一个人相当重要，两个人的友谊也非同一般，那便是亭林先生顾炎武。李二曲有段时间曾闭门谢客，但唯独闻得顾亭林来访，便开门迎揖，接着便是促膝长谈。他们两个人的学问都是具有“天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的价值，而且两个人都处于国破家网之际，不免惺惺相惜。但是两个人的交往还有一段插曲。李二曲曾经十分郑重地请顾炎武为自己的亡母彭氏写传，但被顾炎武拒绝了。顾炎武一生看重的是“经济”之道，因而其虽“博学于文”，但绝对不是一个以文章为生的“文人”，他在为文上，从不拿文章为自己赚生计，他曾经将谢绝一切应酬文字的招牌挂在门口。二曲先生可能认为自己和顾炎武之间的友情胜过管鮑，请他为母亲写传更不是什么应酬，但没想到仍然碰了顾炎武的钉子。顾炎武则认为“一人一家之事，而无关于经术政理之大，故不做也。”他甚至还说如果当年韩愈不写那些銘状之类的文字，那就可为后世的泰山北斗，遗憾的是韩愈未能做到这样。其实李二曲也并非不知道顾炎武的性格，只因他幼年丧父，全赖寡母含辛茹苦将其养大成人，因此对母亲养育之恩是感铭五内，而这篇传文，他也是看准了非顾炎武不求的。此后二曲又几次三安敦请顾炎武作传，顾炎武后来又说他自己的母亲死后，想要立一个小祠堂尚且不能，“若使不立母祠，而为足下之母作祠文，是为不敬其亲而敬他人矣！足下亦何取其人乎？”既然如此，二曲也就无话可说了。难能可贵的是这件事情对两个人的友谊没有丝毫的影响，李二曲也是充分理解顾炎武的做法，正因如此，两个明末大儒的友谊才会传为佳话。现在，盩厔县还有一座别顾桥，据说就是当年二曲送亭林的纪念。