此后徐、袁重新联手，袁开始唱主角，二人可以说配合得珠联璧合，天衣无缝。先排挤掉唯一的绊脚石——摄政王兼陆海军大元帅。袁世凯以总理大臣的名义直接下令要他率兵上前线便吓得打了退休报告。清廷此时认为唯一放心得下的人便是徐世昌，随即加封徐太傅太保，无非要他鞠躬尽瘁，效忠清廷。可是徐世昌也没有能牵制和阻止袁世凯，致使清廷没有停止灭亡的步伐，袁世凯也没有放弃登基的野心。
调和北洋军阀各派系斗争
光绪三十四年即1908年，慈禧太后与光绪帝相继去世，满族亲贵掌政。宣统时，由于袁世凯树大招风，且难避戊戌变法时出卖光绪帝和维新志士之嫌疑，故而被夺职遣家养病。而徐世昌以和袁世凯交情之厚竟得以保全，并升任协办大学士、体仁阁大学士，足见其才智。不仅如此，他还在后来的皇族内阁中担任仅有的两个协理大臣，相当于副总理中的一个，在此内阁中，汉人仅得四席，徐世昌是地位最高者。宣统三年也就是1911年的5月间，清廷设“皇族内阁”，徐世昌仍留任协理大臣。武昌事发，清廷地位岌岌可危，当时以徐世昌的出身、才干、业绩与声望，若激流勇进，完全可以统兵与南方周旋。况且清廷信任徐世昌远远超过袁世凯，并且徐在北洋诸将中亦有很高的威望，只要袁世凯不出山，必供徐世昌驱策。然而，当时徐世昌却甘愿将千载良机拱手让人。因为精明的徐世昌认为，由自己逼退清帝，是不忠也；撇开袁世凯，是不义也；知而为之，是不智也。所以，非不能也，是不为也！徐世昌于是力保袁世凯出山，对其东山再起，居功甚伟。此后袁世凯大施拳脚，组织责任内阁，徐世昌则改任军谘大臣、加太保衔。可谓位及人臣，荣宠一时无两。
这时的徐世昌，审时度势，顺应潮流，其指导思想与与袁世凯保持了高度的统一，逐渐由君主专政转变为君主立宪，后又改为民主共和，对革命党人的策略也由剿而抚，由抚和而。他们不愿与革命党的对阵，主张采用和平方式，赶清帝下台，这就避免了一场大内战，最终达到了推翻满清帝制、创建中华民国的目的，这个决策无疑是明智的，值得肯定的。
据说逼清帝退位，归政于民国，还是徐世昌提出的妙计。他指使段祺瑞领衔，以北洋将领64人联名、发电要求清廷“立定共和政体，否则以兵随之”。电发次日，徐世昌为避嫌恳请辞职。1912年2月12日，由张骞主稿的清廷诏书标志着大清王朝寿终正寝，但行文却十分得体，给垮台的清廷留足了面子。据说最后一句是徐世昌所言，几乎肯定了清廷灭亡后便是袁世凯的天下。徐世昌手法之高，谋略之远，令人叹为观止。袁世凯从出山、逼宫，到真正掌权三部妙棋，都是出自徐世昌的授意。
而徐世昌把袁捧上了宝座，可谓功莫大焉，似乎国务总理一职非他莫属。然而，出人意外的是徐世昌此时却激流勇退了。
可以说这正是徐世昌的高明之处。此前他受清廷厚恩，直到现在还是“护帝太保”；而实则一力助袁，因而进退两难，只能托言因“国变忧愤”，力辞太保，离京闲居，暂避“一时之谤”。如果马上弃清报袁，似乎于情理不合，终会招人非议。因而他决定先“过渡”一下，方显明迎新辞旧，不露痕迹。而闲居不仕，还可算作不负皇恩的前清遗臣。再则目前局势仍动荡不安，袁世凯的宝座还不平稳，徐世昌如果做个“局外人”，更易于静观其变。这无疑又是一招妙棋，保全了自己的名声和地位甚至是生命。事实证明，他的做法是明智的。
徐世昌退隐青岛之前曾与袁世凯长谈，袁许以二年为期，但忍不住又于1912、1913两年内两次敦请徐“出山”相助，皆遭徐婉拒。但以他与袁的亲密关系、自己在北洋的威望、推行“新政”的成绩、“中庸之道”的政治手腕，可谓超群出众，愈是不出，呼声就越高。
后来，终于发生了让徐世昌心动的事。刺宋案后，国务总理赵秉钧不安于位，而徐世昌并不以袁所请，仍进居幕后；直到1914年袁世凯取得镇压“二月革命”胜利，剪除了政敌，便再次请徐出山，任国务卿之职。此前事实上徐世昌的内心也是焦急而复杂的。出此一事，徐似乎按耐不住，开始动心了。遂于1915年5月，任北洋政府国务卿，北洋人呼之为“徐相国”。但是自古至今没有永远的朋友，没有永远的战略伙伴，徐世昌和袁世凯的联手协作也即将走到终点。
毕竟二人志趣不同，因而后来分歧日显。徐世昌曾极力反对世凯签订卖国之“二十一条”，并就此“罢工”十余日，二人裂痕从此产生。此时风袁世凯野心急剧膨胀，蓄谋恢复帝制，使袁氏子孙代代为帝。其长子克定与一群佞臣发起洪宪帝制，世昌对此反应冷淡。因为他清醒的认识到帝制实不为可，不得民心。但奈何劝阻不住袁世凯只得缄口不言，帝制成，袁世凯仿汉高祖封“商山四皓”故事，尊徐世昌、赵尔巽、张謇、李经羲为“嵩山四友”，理由是不好意思令老友称臣。徐世昌深明其意，所谓嵩山四友者，即永不叙用也。他似乎已看出袁世凯以称帝之举乃倒行逆施，行将末路，此时再不分道扬镳，则属同流合污，于是请辞国务卿，以便将来可以局外人之身分收拾残局，留下转圜的余地。真可谓老谋深算。此后徐世昌退居河南辉县水竹村。自号水竹村人，即出于此。从此以后徐袁携手的时代宣告结束。
果然不出徐世昌所料，仅八十余日，袁世凯便金銮梦断，被迫取消帝制，恢复民国年号，复任总统。1916年3月，徐世昌再起，仍为国务卿。这次徐世昌可谓临危受命，大力周旋，于公私两方面为袁世凯竭尽全力。但终因讨袁世凯的护国军态度强硬，拒绝停战，势成骑虎，令徐世昌心力交瘁，对袁世凯也彻底失望，任职仅一月便心生退意，力荐段祺瑞继任。6月，袁世凯一命呜呼。徐世昌以北洋元老身份应邀抵京，先调解黎元洪和段祺瑞之间的权力斗争，后又调解直系首领冯国璋和段祺瑞之间的矛盾抵牾，1918年10月，在选举民国第二届总统之际，段祺瑞、冯国璋相持不下，一向两面讨好的徐世昌遂作为“理想人选”，经皖系操纵的安福国会选举为总统。徐世昌居然还请示早已退位的溥仪，“得其恩准”。徐此举意图前清遗臣之好感，但仍然有人讥讽他：“以清太傅而仕民国，早已可见其人！”想面面俱到，往往适得其反；两面讨好，弄不好两面得罪。徐世昌尽管智谋出众，但也的确煞费心机。他标榜“偃武修文”，下令对南方停战。次年2月，召开南北“议和会议”，但以无果而终。1919年五四运动爆发，徐世昌顺应民意，下令免去曹汝霖、章宗祥、陆宗舆的职务，并拒绝在《巴黎和约》上签字。
徐世昌在袁世凯后北洋军阀各派系的激烈斗争中，惯以元老身份居间调和，并力求因势操纵。时而左右逢源，时而四处碰壁。担当着和事老的角色。1922年，第一次直奉战争后，直系控制北京政府，得胜的直系并不感谢徐世昌的支持，在曹锟一再逼宫之下徐世昌不得不恋恋不舍地离开总统府，迁居英租界，既结束了他五年的总统生涯，从此与政坛诀别，直至逝世。
虽然在张勋复辟时，保皇派康有为等曾寄希望于徐世昌；徐也曾一度动心，但由于此前他对北洋纷争感到灰心，欲在复辟后掌握实权，干一番事业。后获知日本并不支持，于是知难而退，力劝张勋解除武装，恢复共和，并保证其身家安全。同时这位满清遗老重臣还竭力为溥仪卸罪，继续保全清室，但却受到时人的谴责。
辅政王兼国丈梦的破灭
徐世昌为人精明强干，他历经了清民两代，但仍在官场游刃有余，足见其才。对做官他可谓深有体会，于是将多年从政经验总结为四点：首先是说话要圆滑，模棱两可；第二是遇事沉稳，不急于表态；第三是以静制动，对手力竭时才出击而不是相反；最后则是要机警，时候未到要心平气和，时候一到要绝不退让。也正因为这四点精要，使得他官运亨通。
徐世昌后来虽然赞成共和，但在张勋之前，他也曾动过“复辟”的念头。徐世昌有一妻二妾，却没有儿子。独生女自然奉若掌上明珠，算命之人告之会“大富贵，当为后”，这令他激动万分，如果女儿当皇后，那么孙子不就是皇帝吗？为了达到这个愿望，他多次积极撮合女儿嫁给溥仪，并命其幕客潜往日本，争取外交的支持，也派员与张勋商议。徐世昌的如意算盘打得很好，正如当年周公辅弼成王，如复辟成功，自己也可以当“辅政王”，辅助溥仪这个宣统皇帝；另外，女儿当皇后，将来孙子是皇帝，自己也是“国丈”，可谓大权独揽。
但是当张勋提兵北上在天津停留时，徐再度提出他的复辟方案。然而，张勋不愿把拿脑袋换得的复辟成果拱手让人，遂拒绝了徐世昌。张勋的亲信刘廷琛，则大骂徐袭用曹操以女妻汉献帝的故伎，“其事可鄙，其心可诛”。
结果徐世昌的如意算盘落空，女儿未成皇后之时，张勋已然动手复辟了。但尽管如此，徐世昌还是受到了尊重。张勋复辟第一天，溥仪发布的第一道谕旨，即“徐世昌著授为弼德院院长，康有为著授为弼德院副院长。钦此！”据说这项任职也是跟徐世昌商量过的，当政局尚不分明的时候，徐世昌不愿出任内阁议政大臣，而对相当于日本元老院的弼德院院长一职则采取了默许的态度。
1917年7月12日张勋兵败，16日徐世昌由津入京替溥仪和张勋收拾残局。当时，群情激奋，纷纷要求对张勋处以极刑，以根除紫禁城内的复辟祸根。连段祺瑞回答记者问题时也表示对清室要采取措施，“优待条件稍为修改、缩减岁费、废止帝号而迁出宫廷”。在这种情况下，徐世昌公然声称，他“以个人资格入京”，“关于清室之处置竭力运动，以谋清室之有利”。第二天，溥仪派总管内务府大臣世续往访徐太傅，持赠肴馔，为之洗尘。徐世昌果然是官场高手，在各方面只需说句话，溥仪、张勋二人就都摆脱了困境。