燕铁木儿攻占上都取得了决定性的胜利，但平息各地反对派仍费了极大的气力。十月十五日，上都也先铁木儿军退到晋宁（今山西临汾），当地官员纷纷逃走。十八日，陕西兵攻占虎牢关，大都军溃败。二十日，陕西军又攻占了武关。但是，由于上都已破，群龙无首，各路上都军已经是强弩之末。二十四日，元帅也速答儿逮捕了湘宁王八剌失里并押送京师。十一月三日，也先铁木儿在武安投降。初六，兵困汴梁的陕西军听到上都已破的消息之后，自动解围。二十五日，文宗下诏处死倒剌沙等上都诸臣，然后大封功臣。
文宗、燕铁木儿在击败上都军的同时，派使节北迎周王，于是，周王和世从北边南还。天历二年（1329）正月二十七日，撒迪等人奉文宗之命劝进。二十八日，和世即位和宁之北，是为明宗。明宗下诏大都所封的一切官爵照旧。十二日，起兵造反的四川行省平章囊加台投降，原来上都一派的残余势力全部被消灭。紧接着，明宗派彻彻都等为使节赴大都，立文宗为皇太子，彻彻都等到达京师后，图帖睦尔接受了皇太子之位，并于第二个月，启程北迎明宗。八月初一，图帖睦尔到明宗行宫所在地王忽察都，明宗大宴太子、诸王及大臣。初六，明宗被燕铁木儿毒死。燕铁木儿奉太子还上都，这样，文宗图帖睦尔便再次即位上都。
燕铁木儿专权
燕铁木儿拥立文宗，立下大功，权倾朝野，于是出现了长达五年的燕铁木儿专权。
天历元年（1328）八月的大都政变之后，燕铁木儿便以佥枢密院事之职参与机要，实际上已经控制了中枢决策大权。九月，文宗继位后，立即封燕铁木儿为太平王。将太平路（今广西大新一带，治所在崇左西北）作为他的食邑，此外还赐金500两、银2500两、钞1万锭、平江（今江苏苏州市）官地500顷。接着又授给他开府仪同三司、上柱国、录军国重事、中书右丞相、监修国史、知枢密院事、世袭答剌罕等头衔。从此，燕铁木儿成为居皇帝一人之下，万人之上，集军政大权于一身的权臣。
同年十月，文宗下诏从今以后，朝廷所有政务和对群臣的赏罚，如果没有与燕铁木儿商议，任何人不得上奏皇帝。天历二年（1329）正月，设立燕铁木儿任都督的都督府，统领钦察卫、龙翊卫、哈剌鲁东路蒙古二万户、东路蒙古元帅府。使燕铁木儿名正言顺地掌握了一大批精锐部队，成为专权擅政的后盾。同月，文宗还任命燕铁木儿为御史大夫，让他掌握了司法、监察大权。
在文宗退位期间，燕铁木儿不仅一切官爵照旧，还被明宗加授太师的头衔。文宗复位之后，竟仿效英宗推崇拜住的先例，在至顺元年（1330）二月，将中书左丞相伯颜调任枢密院的知院，正式规定中书省只设燕铁木儿一名右丞相，不再设左丞相，以保证事权的集中。这一做法实际上保障了在此后三年之中，燕铁木儿对朝政大权的专擅。
同年三月，文宗封皇子阿剌忒纳答剌为燕王，作为立太子的第一步。同时，任命燕铁木儿统领宫相府，掌管燕王府邸事务。后来，燕王果然被立为太子。为褒扬燕铁木儿，文宗下令在大都北郊为他树立记功碑。六月，文宗又一次下诏褒奖燕铁木儿。诏书先称赞他勋劳卓着，忠勇无比，所以应该享有太师、太平王、答剌罕、中书右丞相、录军国重事等十一个头衔，并独揽朝纲。然后重申“凡号令、刑名、选法、钱粮、造作，一切中书政务，悉听总裁”。要求诸王、公主、驸马、近侍人员和大小衙门的官员，如果胆敢越过燕铁木儿上奏，便以违背皇帝论处。再次肯定了燕铁木儿的显赫地位。
燕铁木儿钦察贵族势力的强大，引起了蒙古贵族的不满。知院阔彻伯、脱脱木儿等人密谋发动政变，除去燕铁木儿。结果，被人告发，燕铁木儿立即调集钦察亲军将阔彻伯等人逮捕，下狱，处死，抄家。这一事件之后，文宗对燕铁木儿的恩宠更为隆重优厚。至顺二年（1331）正月，太子去世。但文宗仍让燕铁木儿掌管东宫事务，虚位以待新的太子。四月，文宗下令在红桥以北为燕铁木儿建立生祠，立碑。八月，文宗下诏税务部门免收燕铁木儿经营产业的商业税。年底，文宗竟将燕铁木儿的儿子塔剌海收养为自己的儿子。到至顺三年（1332）二月，文宗将根本不懂文章之事的一介武夫燕铁木儿任命为奎章阁大学士，掌管奎章阁学士院的事务。
燕铁木儿权势熏天，文宗优礼有加，助长了他的荒淫无耻。例如燕铁木儿将泰定帝的皇后娶为夫人。前后所娶的妇女之中，仅宗室女子就有四十人之多。后房的侍妾多的连他自己都不能完全认识，以至于身体越来越弱。
至顺三年（1332）八月，文宗去世，遗命传位给明宗之子。燕铁木儿为巩固自己的权位，主张立文宗之子燕帖古思。文宗皇后不听，诏命立在京的明宗次子懿璘质班。十月初四，年仅七岁的懿璘质班即位，是为宁宗，仍以燕铁木儿执掌朝政。十一月二十六日，宁宗去世。燕铁木儿再次请求立燕帖古思，太后仍不同意，下令立明宗长子妥欢帖睦尔。这时，妥欢帖睦尔远在广西静江（今广西桂林市）。朝中大政均由燕铁木儿裁决，以太后之命下达。
元统元年（1333）春，妥欢帖睦尔到达良乡。燕铁木儿故意拖延即位的日子。直到燕铁木儿因荒淫过度，溺血而死之后，妥欢帖睦尔才在六月初八即位，是为顺帝。
石人一只眼，挑动黄河天下反
元朝末年，政府不修水利，以致于造成黄河决口，粮田被淹，漕运中断，盐场被毁。为此元顺帝下令征发十五万民工开凿新河道治理黄河，与此同时政府又变更钞法，滥发纸币，造成物价飞涨，致使怨声载道。“开河”和“变钞”加速元末农民起义的爆发。
至正十一年（1351）四月开河后，北方白莲教首领韩山童及其教友刘福通等决定利用这一时机，发动武装起义，反对元朝。他们一面派教徒在治河民工中大力宣传“弥勒佛下生，明王出世”，一面又暗地里凿了一个独眼石人，埋在即将挖掘的黄陵冈附近的河道上，然后到处散布民谣“石人一只眼，挑动黄河天下反”。等到治河民工挖出这个独眼石人以后，个个惊诧不已，以为真的应验了。消息传出以后，大河南北，人心浮动。
四月下旬，韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、韩咬儿等，聚众三千人于颍州颍上（今安徽颍上），刘福通等称韩山童为宋徽宗八世孙，当为中国主。刘自己则称是南宋名将刘光世后代，当辅佐之。韩山童发布文告说：“蕴玉玺于海东，取精兵于日本。贫极江南，富称塞北”。又打出大旗，上写：“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”。表现出了要推翻元朝，恢复大宋王朝的坚定决心。不幸事情败露，地方官追捕十分紧急，韩山童最后被逮牺牲，其妻杨氏，子韩林儿逃到了武安（今江苏徐州）。刘福通等仓促起兵。五月初三一举攻克颍州（今安徽阜阳）。由于起义军成员都头裹红巾为标志，故称为红巾军。又因为起义军成员多数崇信白莲教，烧香拜佛，故又称香军。
当月，红巾军占领毫州（今安徽毫县），徐州兵马指挥使秃鲁战死。不久，又攻破项城（今河南项城南），朱皋（今河南固始北）。七月，元将安车万户朵哥、千户高安童在颍州皆中流矢而死。八月，红巾军攻克确山县（今河南确山县）。九月，刘福通又攻克汝宁府、息州（今河南息县）、光州（今河南潢川），聚众达到十万，全国各地纷纷起兵响应。
在北方，至正十一年（1351）八月，邳州（今江苏邳县北）人李二（人称“芝麻李”，因在饥荒时以家中所贮芝麻赈济饥民，故得此称）与赵君用、彭早住等人以“烧香聚众”来反对元朝，攻占徐州。不久，又占领了徐州附近的许多州县，拥众十余万人。次年正月，元顺帝派兵前往徐州镇压，九月徐州城被元军攻破，芝麻李等逃走。一个多月后，芝麻李被元军捕获，惨遭杀害。