张天锡被废黜后，苻坚又用舒适的车子征召郭瑀出山，帮助国家制定礼仪制度，正好碰上他父亲去世，这件事便被耽搁下来。太守辛章派了书生三百人跟着他学习。到了苻坚末年，略阳王穆在酒泉起兵造反，以响应张大豫，派人去请郭瑀。郭瑀叹息说：“站在河边，拯救落水的人，也不管自己的生命有无危险；病了三年的人，也不知道哪天就不行了；鲁仲连在赵国，为了正义不惜据理力争，何况人民即将被少数民族统治者蹂躏，怎么能够不拯救他们呢？”于是和敦煌人索嘏一起带领五千人起义，运粮三万石，以响应东边的王穆。王穆任命郭瑀为太府左长史和军师将军。他虽然身居要职，然而嘴里总是念念不忘黄帝和老子，希望事业成功、天下安定之后，仍然隐居，追寻伯成的遗踪。
王穆受到挑拔离间，向西讨伐索嘏，郭瑀劝阻说：“过去汉代安定了天下，然后就讨伐有功之臣。现在事业还没有成功就杀掉他们，马上就可以看见麋鹿野兽在现在朝廷所在的这个地方游荡。”王穆不听他的劝阻。郭瑀出了城门大哭不止。挥手告别城门说：“我再也见不到你了。”回去后拿被子盖住脸，不和人说话，七天不吃东西，有病回到了乡里，早晚只求快死。夜里梦见自己乘着青龙飞上了天，飞到屋顶上就停住了，醒后叹息道：“飞龙是在天上的，现在停在了屋顶上。‘屋’这个字，是‘尸’下面放个‘至’字，龙飞到尸体上，喻示着我将要死了。古代君子不死在家里睡觉的屋子里，何况我是一个真正的正直的人呢！”于是到了酒泉南山赤崖阁下，吸了一口气就死了。
祈嘉，字孔宾，酒泉人。年轻时家里贫困，上进好学。二十多岁时，有一天夜里忽然窗子外面有一个声音说道：“祈孔宾，祈孔宾，隐居去吧，隐居去吧，入仕做官，在社会上钻营，是很苦的，不可能愉快。所得到的不值一文，所失去的重如泰山。”第二天一早他就向西去，到了敦煌，跟着老师读书，很穷困，没有吃的和穿的，任书生养一职以自给，于是博览经传，精通大义，向西游历海边、边境，教授门生一百多人。张重华征召他为儒林祭酒。他性格温和，从容闲雅，教授学生不知疲倦。依据《孝经》体例作《二九神经》。当朝卿士、郡县守令彭和受业学生中有成就的人有二千多，张天锡称他为先生而不叫他的名字。后高龄而终。
戴逵，字安道，谯国人。年轻时即博学多闻，喜欢谈论，善于写文章，会弹琴，精通书法和绘画，其它技艺无不精通。少年时，用鸡蛋汁淘洗白瓦屑作《郑玄碑》，又写了文辞自己刻在上面，辞采华丽，器物精妙，当时的人没有不惊异和赞叹的。自己不以入仕做官为乐，所以常以弹琴写字自娱。在豫章拜术士范宣为师，范宣很赏识他，把哥哥的女儿嫁给了他。太宰、武陵王曦听说他会弹琴，派人去叫他来，戴逵当着使者的面摔破了琴，说：“戴安道不做王公贵族的唱戏人！”王曦很愤怒，于是改请他的哥哥述。述听到命令后很高兴，抱着琴就去了。
戴逵后来迁居到了会稽的剡县。品性高洁，常依据礼仪制度行动处事，认为放纵、不拘小节是不合礼义之道的。于是着有这样的论说：
双亲去世，因为采药就一去不复返的人，是不孝的子孙；君王危险而经常出入近旁的人，是苟且偷安的臣子。古代的人没有因为这些而损害礼仪、典章，这是为什么呢？是因为知道礼义的宗旨。知道礼义的宗旨，就不被人们的行为所迷惑。像元康年间的这些人，可以说是喜欢隐居而不追求隐居的宗旨，所以有舍本求末的弊病。这样做就像是认为西施漂亮而学她皱着眉头，羡慕有道的人，所以也把头巾的角折起来。他们之所以羡慕这些人，并不认为他们的行为是美好的，只是外表上跟着他们学。紫色之所以混同于大红，是因为它像红色。所以老好人貌似公正和气，这样就混淆了有德的人和无德的人；狂放的人貌似豁达，这样就混淆了道德品质高尚的人和道德品质不高尚的人。然而竹林七贤的放纵，是有病才皱眉头这一类，元康年间那些人的放纵，是无德而折头巾角这一类，这难道能不分辨清楚吗？
儒家崇尚名誉，其根本是想激励贤人的产生，既然已失掉了它本来的作用，那么就会有以貌取人的做法。情怀失去了纯真，以外貌欺骗众人，它的弊病是最大的。道家不讲究名声，是想鼓励世人看重实质，如果违背了它的原意，就是没有意义的行为。本性和礼仪都受到损害，那么仰慕和吟咏都会被忘却，这样的弊病也必定是最上一等。这两种弊病，不是因为失去了它的本意，而是因为这样做的人一定是假托这两种本义作幌子的。道有规律可循，而弊病是无规律可循的，所以《六经》也有失误，王政也会有弊病。如果违背了根本宗旨，就是圣贤也没有办法。
奉行公正的人当然不是十全十美、万无一失的，怎么能够不怀念远古的英烈，不向近代的贤人看齐呢？如果相信他们，想向他们看齐，然后才行动，商议以后才说话。一定要先辨明他们的追求之所在，寻求他们的用心是什么，了解他们各种行为的宗旨，明白他们外表粗朴，而内心深具美德的原因何在。如果这样，道路虽然不同，而他们的最终目标就可以看清楚了；行迹虽然纷乱复杂，而他们的意志却是不相违背的。不这样的话，就会忘记如何返回，就像波浪一样随风而动，为物所驱使，被假象所欺骗，被喧嚣华丽的东西迷惑，内心里丧失了道的实质，用流行的时尚来取代了真理的追求，用尘俗的污垢来蒙蔽自己纯真的天性，使千年以后的人们讥笑嘲讽，怎么能够不慎重呢？
孝武帝时候，戴逵多次被征为散骑常侍、国子博士，他都以父亲有病为借口不去上任。郡县的官吏不停地催逼他，他于是逃到了吴国。吴国的内史王珣有一座别馆在武丘山，戴逵偷偷地去拜访他，与他游玩相处了十多天。会稽内史谢玄担心戴逵长期在外不回来，于是上疏说：“我看见谯国的戴逵一心向往脱俗之风，不愿被现实的事务所缠绕。栖息在简陋的房屋之下，把琴与书当做自己的朋友。虽然多次下令征他做官，他却保持高洁的操守而不回头。超脱尘俗，独自追求自己的志愿。并且快到六十耳顺之年了，身体经常有病。如果一旦遭遇大病，就会逐渐加重而至病危。现在皇帝的委命并未撤除，他就有遭受风霜侵害的危险。陛下既然爱护和器重他，就应该使他的名声和身体一起存留下来，请您撤销征召他为官的任命吧。”上疏报到上面之后，皇帝批准下来，戴逵才回到了剡。
后来王珣为尚书仆射，上疏再次请求征戴逵为国子祭酒，并加散骑常侍征召他，他再一次不应命。太元二十年，皇太子刚即位，太子太傅会稽王道子、少傅王雅、詹事王珣又上疏说：“戴逵极其坚持他的操守，独来独往，年龄已经很大，却更加清高。皇太子品德谦逊，其恩泽已普及到外面，应该对戴逵加以表彰和任命，使他得以参与政治。戴逵既然看重隐居的节操，必然会以不轻易出山为美德，应该让下面的人准备周全的礼节来征召他。”正在此时，戴逵因病而死去。
戴逵的长子戴勃，具有和父亲一样的风范。义熙初年，朝廷征召他为散骑侍郎，不应命，不久死去。
陶淡，字处静，太尉陶侃的孙子。父亲陶夏，因为道德品质败坏被废黜。陶淡幼年丧父，喜欢按摩导养之术，说是成仙之道因祈求可以得到。十五六岁时，便炼丹服药，不吃东西，不结婚。有家产千金，奴仆数百人。然而陶淡终日端坐，不问家事。很喜欢读《周易》，擅长占卜算命。在长沙临湘山中盖房子住下，养了一头白鹿和自己作伴。亲朋故友中有人来探望他，他总渡河离开，没有人能够走近他。州里选举他为秀才，陶淡听说后，转移到罗县埤山中，从此没再回来，没有人知道他死在什么地方。
刘裕建宋
晋元熙二年（420）六月，刘裕称帝，改国号为宋。刘裕（363~422），字德舆，小名寄奴，原籍彭城（今江苏徐州）。其曾神刘混，永嘉之乱时渡江居于丹徒的京口（今江苏镇江），至刘裕时家境已衰败。刘裕起初投奔北府军，靠平定桓玄之乱而官至侍中、车骑将军，逐渐掌握东晋王朝的军权。东晋义熙六年（410），刘裕率军北伐平定南燕，受封为太尉、中书监，执掌朝权。此后四五年间，刘裕相继除掉刘毅、诸葛长民、司马休之等政敌，然后，他第二次北伐，克复关中，以功于义熙十四年（418）受封为相国、宋公。至此，刘裕取代东晋的条件已经成熟。晋元熙二年（420），刘裕拿着自己手下拟好的禅位诏，让晋恭帝抄录，“恭帝欣然操笔，书赤纸为诏”。刘裕筑坛于南部，登上皇位，国号宋，是为宋武帝。宋武帝改元永初，定都建康（今江苏南京），改《泰始历》为《永初历》，废晋恭帝为零陵王。次年六月，刘裕派人将他毒死，开了杀“禅让”退位者的先例。至此，历时104年、共11帝的东晋王朝结束，南北朝时期开始。
北魏入主中原
淝水之战后，强大的前秦土崩瓦解了，拓跋部便乘机复国。北魏登国元年（386），拓跋珪被诸部推戴，即位代王，并任命张兖为长史，许廉为右司马。同年，改国号为魏，表示已不愿再受晋朝的封号。
拓跋珪称帝后施行的重要措施就是务农息兵，并首先取得后燕（慕容垂）的援助，借以抵御内部诸部酋长的不稳定性。拓跋部属游牧民族，那些酋长往往叛服无常，不懂得要在一个固定的国家内服从一个国王对自己有什么益处。因此，在登国二年（387），拓跋珪制定了一条措施，即在每次战争胜利后，按战功分赏给群臣将士应得的战利品。这使得诸部酋长和鲜卑兵可凭战功得利，由此而大大增加了他们的好战心理，不致随时叛逃。在取得内部的团结之后，登国三年（388），魏便开始攻打库莫奚（东胡），并获大胜。登国四年（389）破解如部与高车诸部。次年，又大破高车袁纥（回纥）部，并再于次年打败了拓跋部的世仇刘卫辰部（南匈奴的别支），缴获马三十余万匹，牛羊四百余万头。魏开始占据黄河以南（河套）的广大牧地，由于国力剧增，便开始窥视中原。
当时，占据北方广大地区的后燕国前来向拓跋部索取马匹，并扣留了拓跋部派往后燕的使臣，拓跋珪便决定断绝与之友好的关系。北魏登国十年（395），后燕皇帝慕容垂下令太子慕容宝统兵八万，进攻北魏。张兖建议可暂退避其锋芒，拓跋珪率领部众退到河套一带。后燕出兵三个月，却未找到北魏主力。九月，传来慕容垂病逝的消息，慕容宝便烧毁准备渡河的船只，准备退兵。拓跋珪带领两万兵马，迅速渡过黄河，日夜追赶，到达参合陂（今山西大同东）西，截断后燕的退路，将后燕军队团团围住。慕容宝见势不好，抛弃大军，轻骑出逃。北魏兵乘机攻击。后燕大败，俘获的四五万人全被活埋杀死。后燕由此开始衰落。
魏皇始元年（396），拓跋珪率大军四十余万攻打后燕，夺得并州（大同西南），同年，从林阱（属河北）进入河北，围攻后燕都城中山（今河北定县）。一年后，中山被攻陷，后燕的残部退到龙城（今辽宁朝阳）等。大河以北诸州全被北魏占有。北魏天兴元年（398），拓跋部定都平城（大同）。次年，改称魏道武帝，至此南北朝对峙的局面，基本形成。
灭后燕之后，北魏迁徙原后燕境内的吏、民及鲜卑等杂夷三十六万，百工伎巧十余万人到魏京，给内徙的新民耕牛，计口授田，以发展农业。平城附近，被划为“王畿”。王畿之外，又设“方”、“维”，由皇帝直接派官管理。四“方”、四“维”合称“八国”，管理这些地方的官员称为“八部大夫”或“八部帅”。原来以游牧为业的鲜卑族人，便在此“八国”中定居下来，而原来的“部大人”（酋长）被皇帝任命的官员所替代。官员的主要职责变为监督和劝课农耕。朝廷按各地收入的多少，来考核官员的政绩。这种新的行政法令，使得北魏的政府结构得以转变，并使落后的游牧业过渡到了先进的封建式农业生产方式中，使新兴的北魏有了强大的物质力量为后盾。
天兴二年（399），拓跋珪于京城设置太学，置五经博士，增生员三千。拓跋珪格外重视寻找汉族士大夫对他的支持，以利用汉族文化改造处于原始状态的鲜卑民族。崔宏归附北魏之后，把拓跋部的历史与汉族的历史联系起来，说黄帝最小的儿子昌意“受封北土”，是拓跋部的祖先，拓跋珪对此深表赞同。一次，拓跋珪问博士李先：“世界上什么东西最好，可以增长见识与智慧？”李先生回答说：“书籍。”于是拓跋珪就命郡县在民间搜罗书籍，送到京都。另一位博士公孙表，则把韩非的着作介绍给拓跋珪，告诉他如何做一个封建专权国家的皇帝。天兴四年（401），拓跋珪亲祭先圣周公、先师孔子，并任用大量汉族士人作文官，依靠这些汉族文官的支持来建立封建政治制度的专治机构。
与此同时，北魏政府中的鲜卑贵族与皇帝之间的矛盾仍一直继续。鲜卑旧贵族在过去已不能容忍一个国王，在此时则更不能容忍一种新的体制下的皇帝，一有机会，便觊觎这一宝座。天赐三年（406），拓跋珪下诏称：“人们认为汉高祖以布衣而得天下，这是错误的。汉高祖有天下是因为有天命。无天命而妄图非分，便会遭殃。”因而劝臣下安分知足，以“保荣禄于天气，流余庆于后世。”接着又下诏书，劝臣下不要争名夺利，要讲道义。此后，贵族有反对皇帝的许多都被处死，其中最着名的是拓跋珪的堂兄拓跋遵和拓跋仪。但同时，他自己也常常心怀疑虑，烦闷不安，或几天不吃饭，或通宵不眠，自言自语，疑神疑鬼。朝臣见他时，不小心说错一句话，或表情失常，便怀疑其心怀恶意，被当场处死。拓跋珪最终精神失常，北魏永兴元年（409），被其子拓跋绍杀死。年仅三十九岁。同年，拓跋珪太子拓跋嗣回平城，再杀拓跋绍，即帝位，是为魏明元帝。
魏明元帝称帝后，便采取拓跋部四部大人与大酋长共同管事的惯例，命长孙嵩、安同、崔宏等八大臣共听朝政，号称八公。又让燕凤、封懿等共议政事。鲜卑贵族和汉族士人都可参与朝政，使得北魏的紧张局面得以缓和。神端二年（415），魏国已连年霜旱，平城附近不少民众被饿死。有人主张迁都到邺城（今河南安阳北），崔浩、周澹反对，认为山东人现不知鲜卑虚实，还认为人畜众多，如现在迁去，一旦见鲜卑人数有限，定会生轻侮之心。不如等明春草生，取马牛乳和蔬菜充饥，挨到秋熟，就可渡过难关。魏明元帝赞同他们的主张，但仍怕无法捱到来秋，便选穷困的本族人到山东定、相、冀三州，下令汉民每户出租米五十石来养活这些穷困人。