较早开始这一新型研究的是桐城人（安徽）方以智，崇祯十四年（1641）始，开始撰写《通雅》和《物理小识》。前书广泛记叙生活的各个方面，广泛涉猎天文、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药等，以“备物致用，采获省力”。后书解释事物的所以然，提出寓“通几”于“质测”的科学治学方法。顺治十年（1654），方以智北归后居南京高座寺开始写作《药地炮庄》一书，是“以庄子之说为药而己解为药之炮”。在这些着作中，方以智尤为注重对自然现象的实证研究，并从中阐述他的哲学理解，认识到哲学与社会科学、自然科学之间的相通性，并始而注意吸收新传入的西方科学成就。
衡阳人（湖南）王夫之在明亡之后先是在家乡附近的“续梦庵”居住，读书和注解《易经》，不久，投入抗清斗争，又因内部斗争而离去，流寓于零陵、常宁一带的荒山之中。顺治十二年（1655）开始撰写《周易外传》、《老子衍》、《黄书》。《周易外传》借论述《周易》研讨哲理和抒发政治抱负，提出“天才惟器而已矣”，“据器而道存，离器而道毁”，“推故而别致其新”等命题，发展和总结了前人的知行观与易学辩证法。顺治十五年（1658），颜元开始写《存治编》，提出了“井田、封建、学校皆斟酌复之”的致学思想。
余姚人（浙江）黄宗羲早期与两个兄弟一起组织抗清“世忠营”，又在清兵占领浙东后率五百残兵娶寨抵抗，败后曾避居山中。顺治十八年（1661）完成《明夷待访录》一书，该书建立在他对家国之变的切肤感受基础上，因而由感而发，大胆抨击了封建君主专制及宦官、弄臣等，认为专制君主是“屠毒天下之肝脑，离散天下之女子，以博我一人之产业”，进而要求托古改制，希望设立一有“条具为治大法”的理想社会，主张授田于民，发展生产，君臣共治等。随后又着成《汰存编》、《思旧录》等书，并恢复了他老师刘宗周所创办、中断了二十多年的“证人书院”，开展讲学活动，主张实用，反对空谈，提倡功用。黄宗羲的讲学一时轰动大江南北，以致形成了着名的浙东学派。
昆山人（江苏）顾炎武也差不多于此同时致力于学术研究。顾炎武早年与归庄等人一起参加抗清斗争，因“感四国之虞，耻经生之寡术”，他开始收集史书中有关地理沿革的记载，并参考各郡县志书和章奏文册，进行实地造访，结合当时社会经济变化，开始撰写《肇域志》和《天下郡国利病书》。顺治十九年（1662），《天下郡国利病书》成，以实证的方法，将研究与国计民生结合一体，开辟了别具一格的治学方向。他撰写了《日知录》、《音学五书》等充分运用实证方法加以研究的着述，这两本书所采用的治学方法曾给后来清代学风带来了重大的影响。
清康熙四年（1665），王夫之于隐居中写成《读四书大全说》，对宣扬理学的《四书大全》逐条进行批判，论证了“致知格物亦有行”的论题，驳斥理学家的“存天理，灭人欲”的观点，强调“人欲之各得，即天理之大同”。
在这期间，黄宗羲仍致力于开办证人书院，并于康熙七年（1668）在今奉化举办了“讲经会”，以扩大他的学术影响。为讲学的需要，也为给自己的理论提供系统的依据，他系统查阅了宋元迄明末六七百年间的学术文献。康熙十四年（1675）编定了217卷的《明文集》。次年，又撰写中国历史上第一部系统的、大规模的学术史着作《明儒学案》，它第一次把一代思想家及主要代表作系统排比、分清流源、渊源，考订着作的性质、年代，“不拘定局”地写成首尾一贯、体例明晰、评说力求公允的学术思想史。黄宗羲的学术成就顿时震憾朝野，康熙十六年，学士叶方蔼以诗讽黄宗羲出山辅政，黄婉言拒绝，并继续从事学术研究，完成了诸如《明史案》（此书失）、《易学象数论》、《孟子师说》、《明文海》等书，自定编成《南雷文定》，写作了《宋元学案》的一部分。
这时，清初的几位大思想家都有的进入暮年，有的已经谢世。王夫之虽年老身病，仍顽强投身学术研究。康熙十四年（1675），他迁至“湘西草堂”之后，在石船山写作《读通鉴论》一书。康熙二十六年（1687），书成。该书以司马光主编的《资治通鉴》所载史料为背景，上自秦始皇，下止五代，涉及宋元明，对社会政治、经济、军事、文化、民族以及意识形态等方面问题做了广泛论述。批驳了“君权神授”的观点，提出“理在势中”、“势相激而理随以易”的思想，充分体现了清初学术的客观历史主义及批判论的精神。
此前，颜元因广泛的游历，见学者“人人禅子，家家虚文”，发现程朱之祸“甚于扬、墨，烈于嬴秦”，专门撰成《存学编》、《存性编》，批判程朱陆王等空泛之学。接着所写的《存人编》则肯定“情欲”是人的“真情至性”。康熙三十一年（1692），颜元开始撰写《四书正误》和《朱子语类评》，两书专门摘录朱熹《四书章句集注》和《朱子语类》中的语言逐条加以批判，语辞甚为激烈、大胆，主张结合实际的作法和风气。
与此相呼应，则又有朱之瑜、陈确、傅山、唐甄等也纷纷撰书讲学，终于开创了清始以来的一代新的学风，他们对封建制度、宋明理学的批判，尤其是对学以致用、经世之学的学风的倡导，对后代学术产生了重大影响，并留下大量丰富、厚实的学术成果。
清政府统一台湾
郑成功及其子郑经在收复台湾后，仍然用南明永历年号，以明朝遗臣的身份继续同清廷对抗。但是，清朝政府经过入关之后数十年的统治，已经完全巩固了其地位，国内满汉之间的民族矛盾也已趋于缓和，台湾郑氏实际上成为阻碍国家走向统一的一股割据势力。早在康熙初年，统一台湾的问题已经提到清朝统治者的议事日程上来，只是由于掌握实际权力的鳌拜集团以为“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全，”才被搁置下来。
“三藩”之乱爆发后，郑经乘机率军进攻福建等地，客观上起了侧应吴三桂叛军的作用，增加了清军平息叛乱的困难。直至康熙十九年（1680）夏，郑经军连遭失败，才再度退归台湾。
康熙二十年（1681）年初，郑经病逝于台湾，其子郑克壤监国。郑经的亲信侍卫冯锡范等人为了争夺权力，诱杀了郑克壤，又奉郑经年幼次子郑克塽继位。此后台湾地方大权落入冯锡范与刘国轩二人手中。郑氏集团内部争权夺利的斗争削弱了自己的力量，岛上人心不稳。
这年六月，康熙帝在确知郑经已死和台湾统治集团内乱的消息后，即谕令福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等人乘机进兵台湾、澎湖。但由于当时进军准备尚不充分，水军提督万正色等人对进取台湾又存有疑议，这次军事行动没能立即实施。稍后由于内部长学士李光地的荐举，康熙帝决定任用熟悉海上情况，并曾为郑成功部将的施琅，于七月任命他为福建水师提督总兵官、加太子太保，率军进攻台湾。
康熙二十一年（1682）正月，施琅至福建上任，即于厦门调集军队，修整船只，积极准备攻台。台湾方面得知情况，也加强了防备，以刘国轩统兵六千人镇守海上要冲澎湖。
康熙二十二年（1683）六月，施琅率军由铜山（今东山）出发，进军澎湖。这时澎湖的刘国轩部已增兵至二万，战船二百余艘，而且在岸上和外布列了大炮和炮船，防御体系相当坚固。十六日，清军发起进攻，刘国轩迎战，双方各有伤亡。施琅首战不胜，只得暂时退兵，集全军船队于八罩屿。二十二日，施琅再次发动进攻，派总后官陈蟒、董义等分别率船攻打牛心湾、基隆屿，作为偏师和疑兵，自己则率大船五十余艘居中直冲娘妈宫。刘国轩亲率船队迎战。双方自辰时开战，炮火交攻，极其激烈。至巳时，南风忽起，施琅命乘风放火，郑军于是大溃，战船大量被击沉焚毁，一些将士阵前投降，刘国轩仅率残余的三十一只大小船只自吼门逃走。澎湖三十六岛于是全部剃发归清。
澎湖的失陷引起台湾郑氏当局的极大恐慌。七月二十七日，郑克塽正式向清军递降表，台湾自此统一于清朝。
施琅在台湾也采取了安民措施。八月十三日，施琅率军来到台湾，颁布《谕台湾安民告示》，提出“土地既入版图，则人民皆属赤子，保义抚绥，倍常加意”。又严束部队，不许扰民。台湾全局于是安定如常。
在平定台湾郑氏之后，清廷内部对于如何处置台湾这个岛屿发生过分歧。一部分人主张彻底放弃台湾，迁其人，弃其地，而以兵力驻防澎湖。施琅则力主坚守台湾。他的数次上疏陈述利害，建议留守台湾。
清廷最后做出决定，在台湾设置台湾府，隶属福建省，康熙二十三年（1684）春，清朝驻台湾的第一批文武官员全部就职。
康熙南巡
康熙帝即位后，经过二十余年的励精图治，创下了重大业绩，先后平定三藩之乱，击败沙俄侵略，收复台湾。国内形势得到了稳定。于是从康熙二十三年（1684）起，至康熙四十六年（1707）六次下江南巡视，也成为他的重要业绩之一。
自从宋代以来，黄河下游河道从河南经江苏北部入海，在淮阴附近与淮河运河汇合。明末清初，因战事频繁，黄河没有治理，因此水灾时有发生。顺治至康熙初年，即决堤八十余次。不仅淹没宿迁以东的今江苏淮安七州县，而且危及南北运输的命脉——运河，每年四百万漕粮的北运，常因黄河水患而受阻。因此，康熙深知治河的重要性，早在平定三藩之前，就列入国家亟须解决的三件要务，书于宫中柱上。康熙二十三年十月，他第一次南巡到山东泰山，再到宿迁，查访了黄河北堤岸一百八十里。随后到宝应、高邮一带，再由扬州到京口，乘沙船西下，抵苏州而回。在南京，康熙帝亲自祭奠了明太祖陵墓，又赴高家堰检查堤岸工程，最后经泗水回曲阜，拜谒孔林后，由德州返回。康熙二十八年（1689）正月，康熙帝开始第二次南巡，于二月到达杭州，渡过钱塘江拜谒禹陵，三月由南京起程回北京。康熙三十八年（1699）二月，康熙与皇太后一同举行第三次南巡，他“亲乘小舟，不避水险，各处周览，”还登上堤岸，用水平仪测量地势水位，命令河道总督于成龙绘出河图。经过实地勘测，康熙帝认识到造成水患的原因，是“黄河逼近清口，黄水倒灌，以致淤垫。”于是洪泽湖的水位低于黄河，下游山阳、高邮等七洲县尽被淹没。针对此弊，他提出要“深浚河身”，加高两岸堤坝，使河水湍急，带走泥沙入海。康熙四十二年（1703），康熙帝第四次南巡中，又查看了高家堰、徐家湾、翟家坝等处堤岸工程。两年后，康熙帝南巡到济宁，看到黄河情况已与初次南巡泛滥横行时大不一样。初次所见，两岸人烟树木历历在目，船高地低十分明显。二次南巡时，则只见两旁堤岸。至四次南巡中，船已低于河岸不少。显然浚通河岸、加高堤坝已经收到了较大效果。此后，黄河水患得到了较好的控制。康熙帝的最后一次南巡是在康熙四十六年（1707）正月，他检查溜淮套后来到杭州，住至四月回京。他在谕旨中自称：“朕廑念河防，屡行亲阅，凡自昔河道之源流，治河之得失，按图考绩，靡不周知。”
康熙南巡的另一个目的，是为了查访江南的吏治民情，笼络团结汉族士大夫。江南是明朝的心腹之地，物产丰富，人才荟萃。而自清兵入关以后，在江南扬州、嘉定等地进行了血腥镇压，引起汉族士大夫的普遍抵触情绪。为了改变这种状况，康熙在南巡途中广泛接见当地的名士闻人，屡加慰抚，这些都起到了笼络人心，消除对立情绪的作用。在南巡中，康熙还通过耳闻目睹的了解，对吏治进行考察，发现了一批人才。
康熙在六次南巡中，勤于公事，不讲排场，巡访所需费用及供应物品，大多数出自内务府开销。沿途所设行宫，也比较俭仆。尽管康熙帝的六次南巡不可能做到毫不扰民，在南京、杭州等地由李煦、曹寅安排的行宫也是相当豪华的，但与其前其后的各代皇帝相比，从他南巡的主要目的看，他的六次南巡还是应当作为正面业绩予以肯定。
雅克萨之战
顺治年间，中国军民击毙了沙俄侵略头子斯捷潘诺夫，将沙俄侵略者赶出了黑龙江中下游地区，但他们仍占据着黑龙江上游的尼布楚城（今俄罗斯涅尔琴斯克）等待时机，策划着新的侵略活动。康熙四年（1665），俄军重占雅克萨城，并建堡筑寨，勒索财物，设置殖民农庄，奴役和镇压当地中国人民。康熙十五至二十一年（1676～1682）沙俄又利用清廷全力镇压南方“三藩之乱”、无暇北顾之机，派出大量军队入侵黑龙江各支流，并调集大批枪炮、物资到尼布楚、雅克萨等地，加强侵略力量。对此，清朝政府多次提出交涉、抗议，警告他们必须停止对中国的侵略。沙俄侵略者不但置若罔闻，反而变本加厉，公然在中国领土上设立据点，强征贡赋，开采银矿，烧杀抢掠。清政府忍无可忍，遂于“三藩之乱”平定之后，立即集中力量，准备武力驱逐沙俄侵略者。
事先，康熙帝总结了三十多年来与沙俄斗争的经验，进行了周密、细致的准备工作。康熙二十二年（1683）十月，清廷以萨布索为第一任黑龙江将军，着手扫除俄军在黑龙江中下游设置的侵略据点。与此同时，当地各族人民也纷纷拿起武器，以各种形式打击沙俄侵略军。在各族人民的配合下，清军相继拔除了许多俄军据点。至该年年底，除尼布楚、雅克萨等少数地区外，侵入黑龙江流域的沙俄侵略者基本被肃清。
在加紧军事布署的同时，清政府始终未放弃谋求政治解决的努力，曾通过各种途径表示，只要沙俄停止侵略活动，清朝愿与之保持和平。直到大兵进发雅克萨之前，康熙帝还写信给沙皇，劝其迅速撤回雅克萨之兵，“互相贸易遣使，和睦相处”。但是，沙俄政府将清方的和平努力看成是软弱可欺，不但不予接受，反而继续扩大侵略。他们调整了侵略黑龙江地区的军事指挥机构，任命熟悉当地情况且以骁勇着称的弗拉索夫和托尔布津分别担任尼布楚和雅克萨督军，又增调援军，储存粮草，加固城防，还派普鲁士军官拜顿在托博尔斯克召募哥萨克来中国助战。至此，清政府已别无选择，只有下决心以武力将侵略者赶出中国。
康熙二十四年（1685）四月，都统彭春、郎谈、黑龙江将军萨布素等分率满、蒙、汉等官兵三千余人自黑龙江城（今瑗珲）和卜魁城（今齐齐哈尔），水旱两路向雅克萨进发。五月二十二日，彭春率部抵达雅克萨城下，立即向俄方发出咨文，要求其撤出雅克萨，归还逃人，以雅库（今俄罗斯雅库次克）为界，遭到俄方拒绝。次日清军列阵，包围雅克萨城。二十五日，一队增援雅克萨的俄军自黑龙江顺流而下，被清军将领林兴珠率福建藤牌兵拦于江西。一场激战，毙伤俄军四十余人。随即，清军架设“神威无敌大将军”炮，向雅克萨城猛烈轰击，同时水陆并进，四面围攻。经过一昼夜激战，俄军伤亡惨重，城内到处起火。二十六日，郎谈命积柴焚城。俄国雅克萨督军托尔布津走投无路，只得出城投降，并发誓不再回雅克萨城。清军准其投降。派人将托尔布津及其手下官兵、眷属等七百余人送到额尔古纳河河口，收复了被俄军侵占达二十年的雅克萨城。不久，清军撤回黑龙江城。