万历四十八年（1620）七月，神宗驾崩。八月初一，朱常洛即位，是为光宗，年号泰昌。常洛自幼不得父亲喜爱，十三岁才出阁读书，又长期辍读，经历坎坷。即位前的几十年中，他孤僻、压抑，于是沉湎酒色，恣情纵欲，这无疑影响到他的身体健康状况，正当中年的光宗却体弱多病。颇具心计的郑贵妃为取悦新帝，保全自己，从侍女中挑选了四个能弹会唱的美女进献给光宗，又竭力笼络光宗的宠妃李选侍，二人合谋，欲以美人计为自己请封皇太后和皇后之号。贪婪酒色的泰昌帝纳四名美女后，起居更无节制，八月初十便病倒了。此时，司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升来为皇帝看病。他本应用培元固本之药，却反用去热通利之药，使光宗腹泻不止，委顿不堪。崔文升的进药引起朝臣的惊诧。舆论认为崔文升进药是受郑贵妃指使，欲置皇上于死地。八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼进献一红丸，自称仙丹妙药。光宗惧怕死亡，决计服用。朝臣都不敢拿主意，李可灼见此景，就自己先服下一丸，光宗随后也服一丸，顿觉四肢和暖舒畅。等朝臣退去，再进一丸，于次日凌晨即死。可怜光宗只当了二十九天的皇帝就归天了。
事后，大臣们联想到梃击案以来的风波，不禁疑窦丛生。认为光宗之死是因为用药的错误，应追究崔文升和李可灼之罪，并查出幕后主使。有人认为，崔文升是受神宗郑贵妃指使，故意用泻药使光宗元气不能恢复；有人认为，是内阁首辅方从哲推荐李可灼进药使光宗死，方有弑君之罪。一时间，朝臣间互相攻讦，各党派之间极力争辩。最后，新登极的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，罢免内阁首辅方从哲，将崔文升发配南京，李可灼充军。但泰昌帝之死到底是什么原因，始终未解，“红丸案”成为明宫疑案之一。
明万历四十八年（1620）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。朱常洛死后，其长子朱由校登基，是为熹宗，年号天启。熹宗因其父光宗朱常洛不得宠爱，自幼也备受冷落，直到神宗临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。熹宗的生母王才人本来位尊于李选侍之上，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死。
光宗即位后，倚仗皇帝的宠爱李选侍随住乾清宫。之前，郑贵妃以侍候神宗病体为名住进乾清宫，神宗死后就不肯搬出，后在朝臣的压力下才移居慈宁宫。光宗死后，按照规矩李选侍也必须搬出，让新皇帝搬进。但在光宗时就要谋取皇后地位的李选侍又企图借新帝年少之便，掌握大权，以熹宗养母身份留居乾清宫，不肯搬出。她还与太监魏忠贤密谋挟持朱由校，欲争当皇太后，此举引起朝臣的极力反对。光宗驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣就直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见太子朱由校，商谈即位之事，但受到李选侍的阻拦。在大臣们的力争下，李选侍方准朱由校与大臣们见面。杨涟、刘一燝等见到朱由校立即叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登基大典。朝臣们联合上疏要求李选侍移出乾清宫，其中以御史左光斗的言辞最为激烈。他说，李选侍既非嫡母，又非生母，俨然居正宫，而让太子居慈庆宫，名分倒置。还说，如果不早采取措施，听任李选侍专制，就会再次出现武后（唐武则天）之祸。但李选侍仍没有移宫之意。直到新帝登基的前一天，杨涟、刘一燝、方从哲等内阁大臣站在乾清宫门外，迫使李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居哕鸾宫。次日，熹宗正式即皇帝位。
梃击案、红丸案和移宫案一直是天启朝争论的问题。后来，太监魏忠贤擅权时，曾编《三朝要典》，推翻前案，借此陷害异己。崇祯帝即位后，铲除魏忠贤，又将各案翻过来。但三案成为明末党争的口实，一直持续到南明。
党同伐异
明末张居正改革被扼杀后，王朝的统治陷入更严重的危机之中。特别是神宗朱翊钧亲政后，沉溺于奢侈腐朽的生活中，吸食鸦片，不理朝政，甚至连祭祖都不愿参加。大量奏疏长期积压，政事无人处理，各部门职能懈怠，上下解体，整部国家机器陷入瘫痪的境地。政治的极度腐败，表现为统治集团内部激烈的党争。党争始于“国本之争”，在连续发生宫廷三大案的过程中，朝内大臣为了争夺权力，各自形成宗派，党同伐异，相互倾轧。其中，最初依附神宗郑贵妃家族的大臣，他们代表腐朽、守旧的大官僚地主集团利益；与之相抗衡的另一股力量，多是一些有抱负的官吏和知识分子，他们以“为民请命”的姿态，反对当权者的胡作非为，尤其反对宦官专政，其中的代表人物有顾宪成、高攀龙等。
顾宪成（1550～1612），字叔时，世称东林先生，无锡张泾桥人。顾宪成小时候家境十分清贫，他的父亲顾学开了间豆腐作坊，但因家庭人口多，常常入不敷出，家中的房子破旧得无法遮挡风雨。但是，艰苦的生活环境反而激发了顾宪成发奋读书的决心与进取的志向。他6岁就进私熟读书，聪明、刻苦，而且怀有远大抱负。万历四年（1576），考中应天乡试头名；万历八年中进士，任吏部文选郎中，顾宪成带着强烈的政治热情踏上仕途，想为国为民做些有益的事。但在万历二十二年（1594），推选下任内阁大学士时，顾宪成秉公推荐了曾因诤谏册立太子而遭神宗嫉恨的王家屏，触怒了神宗，被革职削为平民返回故里无锡。顾宪成孜孜国事，反而获罪罢官，朝野许多人士为朝中失去这样一位正直无私的官员扼腕叹息，也对顾宪成的品格十分钦佩，顾宪成的名望反而更高了。
由于顾宪成在学界和政界都有很高的声望，所以他返乡后有很多人慕名前来请教。顾宪成不管其贫富贵贱，一视同仁，热情接待。后来，人太多了，祠堂、客栈和自己周围邻居家都住满了客人。顾宪成又在自己家南边造了几十间书舍供来人居住，他的夫人朱氏给学生们烧饭做菜，学生来了就像回到家里一样。泾溪南北，昼则书声琅琅，夜则烛火辉辉，一派夜以继日发奋攻读的景象。顾宪成还经常被邀请到苏州、常州、宜兴等地去讲学，与吴中学者聚会于无锡惠山第二泉畔研讨学术。在讲学活动中，顾宪成迫切感到需要一个固定的讲学场所，使讲学活动更有组织，以对社会产生更好的影响。无锡原来就有东林书院，是宋代杨时讲道的场所。万历二十六年（1598）八月，顾宪成和其弟允成倡导修复东林书院。万历三十二年（1604），在地方士绅和官吏的资助下，东林书院修复完工，顾宪成偕同另外一些在仕途失意的好友在其中讲学。这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，每年一大会，每月一小会，定期讲学。顾宪成首任东林书院主讲，主持书院达八年之久，讲学活动成为顾宪成一生事业的最辉煌时期。
东林讲学是在特定历史条件下，适应时代、社会和学人的共同需要兴办起来的。书院不分尊卑、不限地区、不论长少、不收学费，只要愿意，均可参加。讲授方式十分灵活，有时采用演讲方式，讲了一段后，就穿插朗诵一段诗词以活跃气氛、开发灵性，主讲者还随时回答提问；有时采用讨论方式，沟通思想、交流心得。讲学内容更是广泛、丰富，重视社会政治，关心世道人心，充满了以天下为己任的救世精神。在东林书院的讲堂里，就挂有顾宪成青年时代写的那副对联：“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”讲学之余，议论时政、臧否人物，把读书、讲学同关心国事紧紧地联系在一起。这种政治性讲学活动产生了广泛的社会影响，在朝在野的各种政治代表人物、三吴士绅一时齐聚东林书院，并逐渐成为与朝中阿谀奉承、投机腐朽势力相抗衡的一大政治派系。万历二十八年拥立朱常洛为太子的事件就是这一派系取得的一次重大胜利。他们还提出反对矿盐税使掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张，同时要求开放言路、抑制宦官和贵族特权、实行改良。这些针砭时政的意见得到社会的广泛支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对，被政敌称为“东林党”。东林党与朝廷中的腐朽势力展开了殊死的斗争，顾宪成则以其卓越的思想气度成为东林党的精神领袖。同时，在朝廷内一度形成了宣、昆、齐、楚、浙等党，这几个派别相互倾轧争权，但在面对东林党时，却相互声援，联合起来栽赃陷害，将朝廷纷争的全部责任推到东林官员头上，说国家吏治、人品、学术都因顾宪成的东林讲学而弄得败坏不可收拾，诬蔑东林借讲学之名，行结党营私之实，目的就是想将朝中正直的人全搞倒。
天启时，宦官魏忠贤专政，形成明代势力最大的阉党集团，开始了对东林党人的血腥镇压。天启四年（1624），东林党人杨涟因弹劾魏忠贤二十四条大罪被捕，与左光斗、黄尊素、周顺昌等人同被杀害。魏忠贤又让人编《三朝要典》，借梃击、红丸、移宫三案为题，打击东林党。一批东林着名人士如魏大中、顾大章、高攀龙等先后被迫害致死；还指使其党羽编造《东林点将录》，将主要的东林党人分别加以《水浒》一百零八将绰号，企图将其一网打尽。天启五年（1625），熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院首遭其灾，东林书院变成一片瓦砾。天启七年（1627），崇祯帝（思宗）即位，逮捕魏忠贤，大批阉党被定为逆案，魏忠贤自缢而死，至此，对东林党人的迫害才告停止。崇祯二年（1629），皇帝下令为东林党人恢复名誉，并诏修东林书院。万历四十年（1612），顾宪成在张泾桥老家逝世，墓葬无锡查桥关泾村西南处，当地人称“天官坟”。崇祯初追封顾宪成为吏部右侍郎，谥号“端文”。但明朝的党派斗争一直延续到南明政权，直到清立国后才彻底结束。
魏忠贤乱政
明朝是我国历史上宦官之祸最为严重的朝代。追寻祸害之源，其实还在于太祖朱元璋。洪武初年，朱元璋为把持大权，罢丞相，废三省，虽使皇权收归一人，但又不得不起用宦官帮助皇帝处理繁杂的事务。但朱元璋规定宦官不得读书识字，不得干预政事，对宦官控制很严。成祖朱棣因夺帝位曾得到宦官的帮助，故视他们为亲信，设东厂，由宦官主持。宦官开始取得出使、专征、分镇等大权，为后来的宦官专政提供了条件。天启时，宦官专权达到登峰造极的地步。熹宗不理朝政，整天以做木匠活为乐。司礼监秉笔大太监魏忠贤与熹宗乳母客氏串通，独揽内外大权。以浙党为首的非东林党与魏忠贤相勾结，形成明朝后期最反动的一个政治集团，被东林党人骂为“阉党”。
魏忠贤（1568～1627），河北河间人。他本来是个嗜赌成性的无赖，目不识丁。因为赌钱输得精光，无路可走，一气之下竟自己阉割成太监，进了皇宫，并改名李进忠。因为他善于逢迎拍马，很快就巴结上“皇长孙”朱由校的奶妈客氏。朱由校自幼生母就去世了，客氏被召做了她的奶妈。客氏对朱由校悉心照顾，殷勤备至，甚至把朱由校梳头掉下来的头发、剪掉的指甲都精心收藏。朱由校的膳食也都经她亲手调治，使年幼的朱由校对她百般依赖，视同生母。长期身处禁宫的客氏耐不住寂寞，私下与魏忠贤“对食”。所谓对食，就是太监与宫女结为相好，形同民间的夫妻。明万历后，宫中对食的现象极为普遍。从此，二人用尽心机，讨得朱由校的欢心。朱由校做皇帝后，封客氏为奉圣夫人，提拔魏忠贤做司礼监秉笔太监，亲赐他“忠贤”的名字。而魏忠贤与客氏狼狈为奸，引诱熹宗整天沉溺在听戏听歌、打猎赌博等稀奇古怪的玩乐中。加上有客氏在一旁推波助澜，暗中配合，魏忠贤则在内廷中广植心腹，借代皇帝草拟批文的大权，不断攫取权力。
熹宗初年，因力举新帝即位有功，东林党曾掌握朝政，他们对客氏与魏忠贤的用事早有察觉。熹宗一登极，就上疏请皇帝按祖制遣客氏出宫，并弹劾魏党中人。开始，熹宗不得已照办，但不几天，十六岁的小皇帝就因想念客氏，不吃不喝，泪流满面，只得将客氏召回宫中，陪伴在身边。而对魏党的弹劾也因皇帝的袒护未能起效，使得客氏与魏忠贤更加肆无忌惮。后宫成为客、魏首先施威的地方。皇后张氏，禀性刚直，经常在皇帝面前说客、魏的过失，遭到魏忠贤的嫉恨。天启三年（1623），张皇后有了身孕，客、魏竟使毒招使她流产，并陷害说她行为不贞洁，使得熹宗疏远了张后。还有一位张妃，因不听从客、魏的摆布，被二人假传圣旨幽禁于冷宫，不给食物，被活活饿死。后妃们只要对他二人有所不满，就都会遭到迫害。
在内廷一手遮天后，魏忠贤在朝堂上也日益嚣张起来。假传圣意外，还指挥特务机构东厂，掌控锦衣卫，组织了一支上万人的宦官武装。又有朝中非东林党人投靠附庸，渐渐形成了一批死党，当时着名的五虎、十狗、十孩儿、四十孙等一批无赖亡命之徒，他们对魏忠贤极尽溜须拍马之能，称魏忠贤为“九千九百九十岁”，大有权倾帝王之势。阉党势力扩大，从朝廷内阁、六部到地方总督、巡抚，都成为阉党的一统天下，朝政极度腐败。
但敢作敢为的东林党人，与阉党进行了不屈不挠的斗争。天启四年（1624），左都御史杨涟首先抨击魏忠贤，列举了他的二十四条大罪，其中有：专权；私自批签圣旨；罗织罪名残害忠良；给魏家亲属滥封官职；在皇宫里练兵；生活穷奢极欲等。接着，更多的东林党人对魏忠贤进行了口诛笔伐，一时上疏弹劾魏忠贤的奏折竟达数十份。
魏忠贤对此恨得咬牙切齿，他一面到熹宗面前装委屈买好，另一面用尽办法阻止这些官员面见皇帝。在蒙蔽过皇帝后，他立即疯狂地展开反扑。第二年，他伪造供状，将杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等六人以行贿受贿等罪名抓入镇抚司，严刑拷打，逼他们承认根本不存在的罪行。六人在狱中受尽酷刑，杨涟身上被压上沉重的麻袋，耳朵里钉进发锈的铁钉。左光斗全身被狱卒用烧得通红的烙铁熨烙，脸部被烧得焦烂，面目全非，左膝盖以下的筋骨，全都暴露出来。不久，六人全都惨死在狱中。时人称这六位正直的大臣为“六君子”，按干支纪年法，称这一事件为“乙丑诏狱”。
天启六年（1626），魏忠贤再掀大狱，东林党领袖高攀龙等七人被诬陷贪污国库公款，魏忠贤矫旨把他们全部逮捕。高攀龙当时还在无锡讲学，一听到即将被捕的消息，给亲朋写下一份遗书后，从容跳水而死。其余六人被抓进镇抚司，被折磨至死，史称“七君子”。因这年是丙寅年，又称“丙寅诏狱”。