锦衣卫的行为越来越无法无天，他们抓人后，往往先不带回衙门，而是找一个僻静的地方，将人毒打一番，叫做“打桩”。被抓的人必须将自己的钱财奉献出来向他们行贿，如果钱少，小校们就自己收下；如果得到的钱多，小校们就会再献给自己的长官一部分。如果被抓的人钱财不多或者不能满足这些特务们的需要，就会被带回衙门，百般拷打，严刑审讯。锦衣卫对疑犯的审讯是极其残酷的。它的监狱与刑部的监狱比起来，当时的官员与百姓都把刑部的监狱视为天堂，而把锦衣卫与后来东厂的监狱看成地狱，可见其残酷程度。他们所用的酷刑有刷洗（用开水浇人，然后用铁刷子刷）、抽肠（顾名思义）、剥皮、秤杆（用铁钩把人吊起风干）、阉割、挖膝盖、锡蛇游等几十种名目。在各种刑罚中，最残酷的莫过于凌迟，这种刑罚要把人绑在柱子上，用刀慢慢割，如果行刑的人技术好，那受刑者就倒霉了，最多的能割三千多刀，把肉都割完了人还没死。在这种种酷刑之下，疑犯往往屈打成招，之后再被送到朝廷的司法机构审理。由于锦衣卫深受皇帝的重视和信赖，司法机构根本不敢对他们说不，所以明知许多人是被冤枉的，也不敢纠正。被冤屈的人最后只能落个人财两空，甚至还会搭上无辜的性命。
当时不少的锦衣卫借皇帝之威而横行霸道。其中有一个叫纪纲的人，他得到成祖朱棣的宠信后就借机杀害曾经反对过他的文武百官，又利用手中职权聚敛财富，他教唆家人伪造诏书，带到不同的盐场，命盐场额外交纳贡盐，借官用的车船将盐载入自己的家中，却分文不给。各地盐场的主事惧怕纪纲的权势，只能尽可能满足他的要求，敢怒而不敢言。另外，纪纲还编造一些罪名诬蔑权贵巨商，等他们给自己送来重金再把他们判为无罪；反之，不肯交钱的就必死无疑了，而死后被没收的家产，竟也被他侵吞掉一大部分。
锦衣卫是皇帝进行恐怖统治的特务机构，它的设立使明朝的特务机构基本成型，但它是明代所有特务机构中唯一一个不由宦官主持的，此后的东厂、西厂均在宦官的把持之下。这些特务机构是皇帝豢养的一批恶犬，他们也借皇帝之势，狐假虎威，做尽坏事，留下千古骂名。在朱元璋驾崩前，因发现锦衣卫非法行事，造成的积怨太多，曾经大削锦衣卫的权力，但后来，靖难之变发生，明成祖朱棣篡位，为了压制臣民对他的不满，又恢复并更新了锦衣卫所有的权力。直至李自成起义明王朝灭亡后，锦衣卫才正式结束了其长达二百六十二年的历史。
空印案和郭桓案
明初，通过一系列加强皇权的改革，朱元璋建立起一个庞大的官僚机构。鉴于元代官吏贪污腐败以至亡国的教训，朱元璋决心整顿吏治。
朱元璋关心民生，心系百姓，但对待臣下极为严厉，官员有一点小过错就会遭到重罚，对贪官污吏的惩治和用法之严酷更是历史上所罕见的。他颁布了有史以来最为严厉的肃贪法令：贪污钱财六十两以上者，就斩首示众！区区六十两银子就要杀头，这个命令足以显示朱元璋肃贪的决心。为了增加震慑力度，朱元璋还设置了一项骇人听闻的政策。他把府、州、县、卫衙门左面的土地庙作为剥人皮的场所，称为“皮场庙”，官员贪污处死后，要把贪官的皮剥下来，然后在皮内塞上稻草，做成人皮袋，悬挂在官府公座两旁，以威慑官吏。另外，还有挑筋、剁指、刖足、断手、刑膑、钩肠、去势等酷刑。
然而，在这样的考核监督制度和酷刑震慑下，贪赃枉法之徒仍心存侥幸，前仆后继，一再考验朱元璋对官吏的信任。为此，朱元璋不得不一再对官僚队伍的腐败进行大规模的整治，掀起一个又一个大案。其中，空印案发生在洪武九年（1376）。
明朝政府规定：每年各个地方的负责官吏都要到户部去核对地方的统计数字。户部审核后，如果发现钱粮等数据有不符合的地方，就要被驳回重新填写。地方官员递交的统计文书是要加盖印信的，但是有规定不允许将官印带出府衙，而各地方的府衙与京师间的距离远的六七千里，近的也要三四千里，古代交通不便，往返费时，特别是边远地区，只从那里到达京师就要好几个月。地方官为了方便，在来京时带上预先盖好印信的空白文书，如遇到户部驳回，就立刻重新填写，不必再回到本地盖印，以免往返之劳。这种做法已经实行了很久，上下已经习以为常。但在洪武九年（1376），朱元璋发现了这种情况，他认为各地方官有意欺瞒，奸吏利用盖有印信的空白文书擅自行文就会贻害百姓，大怒，下令严办，将所有掌印的官员处死，将副职一律杖责一百，发配远方戍边。
很多人认为这是一桩冤案，因为有效的文书必须加盖完整的印信才能使用。而考核钱粮所用的文书册，是盖两张纸的骑缝印，即使奸人得到也不能改为他用。而各地的钱粮数字是要经过府到省、省到部的层层核对后到户部才最后确定的，对偏远的省府来说，如果将出现错误的文书拿回本地重新编造、盖印，往返就要用一年时间。这种先在空白文书上加盖印信的方法，不过是权宜之计。对于开国之君朱元璋来说，以他的聪明和对国家的治理，他不会不明白这个浅显的道理。真正触怒他的是由于他的不知情，是他感到从下到上对他的欺瞒。本来，通过正常渠道向上申诉有可能得到允许的事情，现在，官吏们为了自己方便竟敢事先不告诉他朱元璋就擅自而为，这就等于不尊重他皇帝的权威，不遵守国家的法度。所以，朱元璋震怒了，他要给所有人以警醒，要杀一儆百。
到洪武十八年（1385），朱元璋又怀疑北平二司的官吏与户部侍郎郭桓一起贪污，再掀大狱，称为“郭桓案”。在这起大案中，中央六部，除了尚书和左右侍郎，以下的全部办事官员都被处死了。在追寻赃款过程中还牵涉各地一批地主富户，很多大户人家因寄借赃款之名受到处置而破产。
空印案和郭桓案这两起案件中牵连被杀的达到数万人。在被杀的官吏中当然有贪官污吏，但一些为政清廉的官员也成了无谓的牺牲品。如千古忠臣方孝孺的父亲方克勤，一生清廉，半斤肉都舍不得多吃，衣服上满是补丁，但就因为他是主印官，也就被一并诛杀了。
经过这两起大案的整治，官员们个个如惊弓之鸟，人人自危。有史料记载，很多官员甚至在每天上朝前都要与家人举行一次郑重的告别仪式，而如果今天能平安回到家中，就又会举行庆祝仪式。朱元璋如此不问青红皂白，杀了这么多人，他的目的是什么呢？应该说他的主要目标还是正确的，他要消除贪官污吏。但因他的性格猜忌多疑和从小被官府欺压的悲惨遭遇，也使得他从内心不信任官吏，致使受到牵连的人员一再扩大，而对官吏和富户财产的没收，还成为他聚敛财富的一种手段。
胡蓝之狱案
兔死狗烹，鸟尽弓藏，已经成为很多朝代开国君臣间必然发生的故事。而在这一点上，朱元璋与他的巨僚功臣间上演了有史以来最为惨烈的一幕。
朱元璋起兵之初，曾大批招贤纳士，正是在这批运筹帷幄、能征惯战的文臣武将的辅佐下，朱元璋才得以夺得天下。但猜忌多疑的性格使他时时处处提防他的部下将领，为防止他们叛变，他规定凡是出征的将领都必须把自己的妻子留在京城做人质，并派自己的心腹去监军。因为在残酷的战争期间，朱元璋也确实经历过部将谋反的事——邵荣和谢再兴背叛事件。
邵荣、徐达、常遇春曾经是朱元璋手下最着名的三位将领，邵荣因骁勇善战位列三人之首。但至正二十二年（1362），邵荣从处州（今浙江丽水市）平定苗军叛乱回应天后，因不满朱元璋的过于苛刻的统军方法，与参政赵继祖密谋杀害朱元璋。事情因被告发而败露，二人都被朱元璋缢杀。谢再兴也是朱元璋旧部，而且是朱元璋的侄儿朱文正的岳父。他曾派自己的两名亲信到当时的敌对方——张士诚的占领区贩卖物品，被朱元璋查获后将这两名亲信处死，并把两颗人头挂在谢再兴的办事厅里。朱元璋又擅自做主将谢再兴的女儿嫁给了徐达，又降他为副将。谢再兴一怒之下投降张士诚。
这两桩叛变事件极大地刺激了朱元璋。这些功臣宿将权势显赫，大多是与自己经历相仿的将帅，如何驾驭他们而确立自己的权威，成为朱元璋在大明王朝稳固后，必须着手解决的问题。他从国家体制上废除中书省和丞相制度，分解了大臣的权力；从法制上颁行《明律》和《大诰》，以严刑峻法节制官吏行为；甚至不惜建立锦衣卫这样的特务机构，实施恐怖统治。但种种措施仍不能使朱元璋放心，加上一些开国功臣居功自傲，出现了骄纵违法的行为，朱元璋终于向往日曾经患难与共的兄弟们开刀了。为清除强化皇权道路上的障碍，朱元璋大肆杀戮开国功臣，手段之残酷亘古未有，明初的“胡蓝之狱”就是最好的例证。
胡蓝之狱，是胡党之狱和蓝党之狱的合称，“胡”指胡惟庸，“蓝”指蓝玉。
胡惟庸，定远人，在明末战乱中投奔了朱元璋。他曾任元帅府的奏差、宁国县的主簿、知县，明朝建立后被任命为中书省左丞相，是“一人之下、万人之上”的最高行政长官，位高权重，多年受到朱元璋的宠爱。掌权时，在有些事情上他不向皇帝禀告，擅自处置，还随意任用和处罚官吏，当时有很多人奔走于他的门下，送给他的金银财宝不计其数。朱元璋对胡惟庸的专权早就怀恨在心，因此即使他没有错误，仅凭专权一条也会把他杀掉。历史上宰相篡夺皇权的事件并不罕见。朱元璋历尽艰险才登上宝座，他绝不能容忍别人与他分权。洪武十三年（1380），因“擅权植党”，朱元璋杀了胡惟庸，同时被杀的还有陈宁、涂节等数人。并且借胡惟庸案，朱元璋废除了自秦朝以来的丞相制度，甚至在《祖训》里规定子孙后世永远不许立丞相，如果有人建议设立丞相，必须严惩。可见，并不是丞相的人选出了问题，而是丞相这一制度威胁到了朱元璋的皇权。胡惟庸被处死的时候，只是戴着“擅权”的罪名，但后来他的罪状就像故事传说一样，被逐步添枝加叶，越来越多，包括：谋刺徐达；毒死刘基；与李善长勾结谋逆；通倭（这一罪名是到了洪武十九年，即1386年才发现的），派遣明州卫指挥林贤下海勾结日本，欲借兵相助；通蒙古（这一罪名，则是到了洪武二十三年，即1390年时才发现的），等等。洪武二十三年借此又兴大狱，李善长等公、侯二十四人被认定为“胡党”，牵连处死，其他因连坐被杀的共达三万余人。这时，李善长已七十七岁，被赐自缢而死，他的家属七十多人被杀。胡惟庸案还被列入《大诰》的案例中，但他的种种罪行都没有得到实证，罪状大多是捕风捉影，所以说胡惟庸案实际上是一起冤案，专权才是使他丢掉脑袋的真正原因。干扰阻碍了皇帝的集权，就该死，所以说朱元璋也没有冤枉他，只是又赔进去这许多无辜的性命。
洪武二十六年（1393）又爆发了蓝玉案，或称“蓝党之狱”。蓝玉也是定远人，是开国公常遇春的妻弟，他临敌勇敢，自徐达、常遇春死后，蓝玉因战功卓着被封为永昌侯，他的女儿被册封为蜀王妃。洪武二十年（1387），蓝玉作为左副将军随大将军冯胜出塞，降服了北元悍将纳哈出；洪武二十一年作为大将军，率大军十五万出边塞追击蒙古军队，一直打到捕鱼儿海（今贝加尔湖），大胜而回，被封为凉国公。但是，深受朱元璋宠爱的蓝玉渐渐骄傲起来，他曾经纵容家奴侵占民田，将前来质问的御吏赶走。特别是北征回来时，半夜来到喜峰关城下，要求开门，关吏限于制度没有及时开门，他就纵使士兵毁关而入。洪武二十六年（1393），锦衣卫告发蓝玉谋反，其间又牵连到景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等。蓝玉被判诛族，全家族的人都被杀害，而被认定为“蓝党”的人，一律处死，如此一来又有一万五千多人丢了性命。朱元璋亲手写诏书布告天下，将蓝玉谋反的事编为《逆臣录》。实际上，蓝玉不过是一个脾气粗暴的武将，因骄纵跋扈，引起了朱元璋的怀疑，才招致杀身之祸。
而蓝玉案的发生其实还有更深刻的原因。案发前一年，即洪武二十五年（1392），年仅三十九岁的太子朱标死了。皇位继承人之死给朱元璋造成极大的打击，因这时他已经八十五岁，年老体衰，而朱标的儿子允炆才十五岁，且性格孱弱。朱元璋掌控大权时，尚感到如狼似虎的悍将权臣难于驾驭，一个十五岁的孩子，没有任何政治经验，如何能保住朱明王朝呢？朱元璋的办法就是大开杀戒，诛杀权臣，为子孙铲除后患，为继承者留下一个安全的世界。
胡惟庸和蓝玉两案，史称“胡蓝之狱”，共历时十四年之久，被杀的达四万五千多人。此外，朱元璋还以各种罪名杀掉了德庆侯廖永忠、临川侯胡美、颍国公傅友德、宋国公冯胜等，制造了一大批冤狱。甚至他的亲侄儿朱文正，因被免官发配抑郁而死；亲外甥李文忠被赐死；就连一同起义的患难密友徐达，也因吃了朱元璋赐的御膳不久而死。经过这一场杀戮，明初的功勋宿将差不多被杀完了，朱元璋的残忍实在是千古未有。
靖难之变
明太祖朱元璋对行政、监察、军事等统治机构进行了改革，建立了高度集权的专制统制，以加强皇权。但“家天下”的思想又使他大行分封制，把他的二十四个儿子和一个从孙分封到北部边境和各个军事要地。朱元璋的初衷，一方面是为了固守边疆，抵御北方蒙古残余势力的骚扰；另一个重要的原因就是为了节制中央和地方大员，要诸王“夹辅王室”。他没有想到却因此导致了一场皇室骨肉相残的祸乱。
朱元璋在洪武三年（1270）分封了秦、晋、燕、吴、楚等十王，并赋予了诸王仅“下天子一等”的崇高地位，并赋予他们很大的权力。在封地内，诸王有自己独立的王府、设置官属，而且还拥有军事大权，他们直接可以指挥的护卫和士兵，少的有三千人，多的达近万人。比如宁王就拥有八万人的军队，六千部战车，而燕王朱棣，因为他屡次率兵大败蒙古军队，深得朱元璋的倚重，赋予他节制北方边境所有军队人马的大权，是当时最具实力的藩王。再有，各地卫所都受到诸王的监视和控制，而且诸王还被赋予了直接向皇帝上书，索拿奸臣和举兵清君侧的权力。朱元璋一方面削弱地方官吏的权力，加强中央集权；另一方面又分封朱姓子孙世袭爵位，形成了诸王半独立的政权，从汉代以后还没有出现过权力如此巨大的封国。这显然是与集权统治相矛盾的，势必威胁到中央政权的安全。