2.在对有自营出口权企业实行分类管理时也存在税收限制。我国现在对有自营出口权的企业在出口退税管理上分了A，B，C，D几类，具有A，B类出口退税权的基本上是大型外贸企业，而小规模民营企业基本上属于C，D类。由于对不同类的出口退税权企业有退税速度快慢不同，对C，D类的出口退税速度比A，B类要慢得多，不利于小规模民间投资的资金周转。
3.对特定行业、项目的税收政策支持力度不够，也制约了我国民间投资的快速壮大。我国目前依然是一个农业大国，民间投资很大一部分依然在农业、农村、农民。据统计，从1985年到1999年的14年中，全国农业税由42.05亿元增加到423.5亿元，增长了9.07倍，年均增长7.43。同期农业总产值却只增长了4.7倍，年均增长5.54，农业税收的增长超出农业总产值增长近2个百分点。加上政府各种收费，农民负担很重。投资农业回报少，农民收入增长缓漫。
4.以流转税为主不利于投资。我国现行的税收体制以流转税为主体税种，增值税、营业税、铂费税三个税种占全国总体税收收入60%以上，而流转税主要是对投资生产、经营行为征税，对投资课以重税必然会抑制各种经济组织和个人的投资，不利于民间投资的增长。
5.独资、合伙企业比照个体工商业户征税不合理。独资、合伙企业是依照《个人独资企业法》和〈合伙企业法》设立的与社会主义市场经济相适应的新型企业形式，虽与国有、集体企业有一定差别，但经营规模、管理水平、产品档次与其他企业比较接近。而现行税收政策却简单化地将个人独资、合伙企业比照个体工商业户征税，使得独资、合伙企业在享受优惠政策、税前扣除等方面受到不同程度的限制，这对独资、合伙企业的投资者来说显然是不公平的。
二、个人所得税制度制约民间投资
1.计征“两个所得税”的方法。一些民营企业规模小不可能按会计制度规定建立健全企业的会计账务，一些企业人为操控报表利润税收，导致偷逃税现象严重，特别是交纳各种所得税偷税现象更加严重。一些税务管理部门为了维护税收，增加税源，出现一些合理但不合法的怪现象。如税务部门为有效控制税源，降低征税成本，对“两个所得税”（企业所得税、个人收入所得税）采用一刀切的带征形式，即按营业额征收企业所得税、个人收入所得税的办法。一些民营企业建立健全账务，严格按国家规定的会计核算办法进行成本与利润核算，却不能得到同国有企业一样的纳税待遇。一方面，这是对税法的严肃性和公平性的挑战；另一方面，采用这种征收方法等于默认了民营企业的偷逃税行为，造成新的不公平。
2.一些民营企业家认为他们是税收的大户，但财务科又是税收政策时三等公民”。如外商投资企业按照政策享有减免税待遇，国有企业的技改项目可以申请减免所得税，但民营企业没办法免，除非做作壁上观账逃税。根据最近有关方面对于民营企业生存状况的调查，在有关的可能影响企业活动的重大因素的选择中，除了宏观调控和所有制性质，税收政策成了民营企业家最为关注的话题，特别是在税赋方面的不平等，主要反映在严重的所得税重复计征。因此，民营企业呼吁在税收政策方面与外资享受同等待遇。
3.个人股东再投资还要交纳一道个人所得税。现行税法规定对属于个人股东分得并再投入公司转增注册资本的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。如果民营企业股东为扩大生产规模，准备将未分配利润全部转为实收资本，按现行税收政策规定，就要缴纳2090的个人所得税，加大了扩大投资的税负，从而影响到民营企业再投资的积极性。
4.对企业以未分配利润转增资本金，按税收政策规定，在已缴纳企业所得税的基础上还要对股东再征收20%个人所得税，这显然不利于民间投资的集聚，挫伤了私人资本再投资的欲望。
5.对个人以技术参股取得的股份，按税收政策规定，暂缓征收个人所得税，待转让股权时仍应按规定征税，同时取得的股份红利所得照章纳税，这显然不利于鼓励个人对技术投资的积极性。
6.对个人多处投资取得的收益，按税收政策规定，必须合并征税，但赢亏却不能相低，显然有失公平，在一定程度上影响了私人扩大投资的欲望。四是对个体工商户的税前扣除与其他内资企业不一致。不论是核定征收还是查账征收，个体业主的工资都不能在所得税前扣除，有悖于税收的公平原则。
三、企业所得税制度制约民间投资
1.有的税收政策规定对个私企业存在着一定的歧视。如技术开发费再抵扣企业所得税政策，仅限于国有、集体企业和国有、集体企业控股企业享受，个私企业则不能享受这项优惠政策。另外，由于个私经济本身的条件及所处的环境因素影响，造成一些政策事实上被边缘化。如个私企业通过聘请专家辅导的形式从事一些小打小闹式的技术开发，有关技术辅导、技术转让费用只能在业务招待费中列支，无论在列支总额上还是时间上都要受到限制。
2.计税工资金额限制政策不合理。内资企业所得税实行计税工资金额限制政策，计税工资标准为年人均19200元。与现行的实际经济发展要求和生活要求相比差距较大，特别是对于高薪聘请科技人才解决智力短缺的私人投资来说差距更大。另外，对实际工资支出远远高于一般行业的高新技术企业、有毒有害行业以及性班倒”等私人投资企业，也按一般的计税工资标准税前扣除，显然不够合理，加重了企业的负担。
3.对个私企业允许税前列支的项目少、范围窄、标准低、限制多。如个私企业的车辆、通讯设备均以个人名义购置，虽以企业的生产经营使用为主，但税前却不能扣除。对私人投资企业的广告费、捐赠、折旧、佣金等税前扣除限制过多，直接影响私人投资的收益。
4.所得税制中优惠形式单一，优惠范围窄，造成优惠政策低效。一是我国目前的税收优惠形式大多为减税、免税等事前优惠，优惠形式过于单一，无法适应不同情况的民营企业发展要求；二是我国大多数税收优惠政策只适用于特定地区、特定行业以及特定情况，税收优惠的适用范围过于狭窄，绝大多数民营企业享受不到这一优惠，民营企业负担难以减轻。
5.小型微利企业的条件定的较低，优惠税率20%较高。现行企业所得税制度规定，对小型微利企业减按20%的税率征收企业所得税，而小型微利企业的条件是：工业企业，年应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过100人，资产总额不超过3000万元：其他企业，年应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。这一优惠税率仍然较高，而适用优惠税率的应纳税所得额标准则定得较低，使得应予扶持的民营企业得不到照顾。
6.固定资产折旧年限偏长。目前科学技术发展迅速，固定资产更新换代加快，加上民营企业机器设备超负荷运转，磨损快，采用直线折旧，年限偏长，但要加速折旧，按照国家税务总局《税前扣除管理办法》，须报国家税务总局审批，实际操作比较困难。
四、增值税制度制约民间投资
国家提高增值税、营业税起征点后，扩大了小规模、低收入投资群体的受惠面；但根据规定未达到起征点的纳税人只享受免征流转税的待遇，不能相应免征个人所得税，不能体现国家对低收入者的照顾，也影响了低收入者通过自我投资、个人创业来解决自身生存的信心和能力。从投资成本看，受财税政策限制，投资成本太高。1994年，我国开始实行旨在抑制通货膨胀的生产型增值税，不允许扣除外购固定资产中包含的税金，仅允许扣除原材料、半成品中包含的增值税，结果抑制了投资活动，不利于企业技术改造和设备更新，由于投资环节的重复征税，增值税成了通货紧缩的重要原因之一。一些小企业发展很快，由于设立时注册资本很少，银行又不肯贷款，企业想用未分配利润增资，但需视同分红交纳个人所得税，这是一项法外征税的不合理规定，一定程度上加大了投资成本，抑制了民间投资。1996年以来，中央银行连续下调贷款利率，降低了企业和个人的投资成本，但考虑到物价的持续下降，金融贷款的利率实际并没有下降，反而维持在5%的较高水平，抑制了民间投资的热情。财政又在金融市场上大量发行国债融资，致使利率上升，一定程度上加大了民间投资融资成本，导致民间投资下降。
1.增值税两类纳税人的界定标准不合理，把民营企业大量地划为小规模纳税人，而小规模纳税人的税负重于一般纳税人的税负。现行增值税制度把纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人，而且从1998年7月起，凡工业企业年销售额达不到100万元、商业企业年销售额达不到180万元的纳税人，不管企业会计核算是否健全，一律不得认定为一般纳税人，而划为小规模纳税人征税。小规模纳税人征税时，不得使用增值税专用发票，进项税额不允许抵扣（2009年增值税转型后对小规模纳税人的这些规定没有变化），经营上必须开具专用发票的，要到税务机关申请代开，而且只能按“征收率”填开应纳税额，这些政策加重了小规模纳税人的税收负担。
2.一般纳税人和小规模纳税人的划分使得二者之间的市场交易受到阻碍。一般纳税人发生购销业务可以使用增值税专用发票，而小规模纳税人不得领购使用，只能使用普通发票。与普通发票不同的是，增值税专用发票不仅是商事凭证，更重要的是它具有抵扣税款的功能。一般纳税人作为销售方，发生销售货物或应税劳务可以开具增值税专用发票，其购买方（一般纳税人）可以根据取得的增值税专用发票上注明的进项税额抵扣本期的销项税额：一般纳税人作为购买方从销售方（一般纳税人）购进货物或应税劳务，取得增值税专用发票，可按税法规定以当期进项税额抵扣当期销项税额。当期应纳税额的大小与当期可以抵扣进项税额的多少有直接关系。而小规模纳税人不得使用增值税专用发票，作为购买方时，即使取得的是增值税专用发票也不得抵扣进项税额：作为销售方时，不得自行开具增值税专用发票，大多使用普通发票，而一般纳税人从小规模纳税人购进货物或应税劳务，如果不能取得增值税专用发票，就不能抵扣进项税额。在实际中，根据国家税务总局有关规定，如果小规模纳税人符合一定条件，可以由税务所为其代开增值税专用发票，但多数小企业无法取得“正规”增值税专用发票，割断了民营企业与大企业的经营链条。小规模纳税人使购货方因不能足额抵扣进项税额而不愿购买小规模纳税人的货物，使占总纳税户80%甚至90%以上的小规模纳税人在激烈的市场竞争中处于极为不利的地位，阻断了一般纳税人与小规模纳税人之间的正常经济交往。
3.对小规模投资存在税收限制。我国现行财税政策的规定当中不但没有为民间投资企业的实际需求，也没有他们规模壮大过程中的需求考虑，主要是没有公平性。例如，我国的增值税政策中对中小企业纳税主体规定的税率相当高，有关税收发票管理对民营企业在发展也极为不利。因为，目前，我国对民营企业的有关的财税规定主要是税率优惠和减免税两种手段，在倾斜政策方面和范围上都不利于民营企业。另外，由于我国没有采用世界各国现在都在采用的加速折旧、投资抵免、延期纳税等税基优惠的做法。这不仅导致我国财税收入的减少，而且不利于民营企业的发展和壮大，特别是处于创业初期的中小企业更不利，因为缺少一定的优惠措施这些企业的发展过程中没有了动力，其投资积极性当然也受到了制约。此外，我国现行的有关增值税政策中规定了对一般企业作为纳税人的资格认定并要求了年应税销售额，只要是从事货物生产或提供应税劳务的纳税人，年应税销售额在150万元以上，从事货物批发和零售的纳税人年应税销售额在200万元以上。从我国长期以来民间投资额度来看，小规范投资具于多数，而普通企业作为缴纳税款的资格要求准许设置不公平，民营中小企业没有被认定为普通纳税人，这些措施规定都是阻碍其发展的重要因素。
五、税收征收管理制约民间投资
1.扩大了“核定征收”的范围。国家税务总局关于《企业所得税核定征收办法》（试行）的通知（国税发[2008]30号）规定：纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的：依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的：擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的：虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的：申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。但有些基层税务机关往往对民营企业不管是否设置账簿，不管财务核算是否健全，都采用“核定征收”办法，扩大了“核定征收”的范围。有的甚至不管有无利润，一律按核定的征收率征所得税，加重了民营企业的税收负担，不利于民营企业的发展。
2.对民营企业的税收管理和服务存在不足。不少地方只重视对税源大户、大型企业的服务和监管，对民营企业要么管得过严，要么只重结果不重过程，出了问题一味处罚，导致民营企业在建立健全财务管理、依法纳税等方面得不到及时有力的指导和帮助。所以，民营企业税收服务体系不完善主要包括两个方面。一是在税收征管方式上，民营企业大都采取定期定额征收方式，这种方式无法反映企业实际经营状况，造成税收流失、税负不均和税收的漏征漏管，应纳税款与实纳税款严重脱节；二是税务机关对民营企业纳税人的服务意识不强，税收服务上存在着重大轻小”的倾向。民营企业的财务管理和经营管理水平与大企业相比相对滞后，他们更需要税务机关的税务指导、培训等服务。
3.民营企业没有充分享有税收优惠的知情权。由于税务机关对税收政策宣传落实不到位，不少民营企业对自己应该享受的优惠政策不知道或知之较少。尽管现在对新办中小型企业、对申办高科技企业、第三产业企业、资源利用企业和劳动就业服务企业等制定了若干税收优惠政策，但很多企业并不知道这些政策或不清楚操作程序，不少民营企业没有享受到这些税收优惠政策。