当天傍晚，尼米兹向所属部队广播了一篇文告：随着停止对日本采取敌对行动，全体军官在对待日本人和发表与日本人有关的公开言论时，应举止庄严，讲究礼貌。日本人仍然是背信弃义地袭击太平洋舰队发动战争的民族，他们对我们被俘的军人弟兄进行拷打，不给吃饱并加以屠杀。但是，对日本民族与个人，冠以侮辱性的称号，则与美国海军军官身份不相称。太平洋舰队的军官应采取措施，要求下属所有人员以高标准认真看待，妥善处理。既不过于亲近，也不许虐待和辱骂。广播电台宣布，杜鲁门总统任命麦克阿瑟将军为盟军最高司令，指示他负责安排和主持日本投降仪式，并在以后占领日本。"好，果然如此！"尼米兹将军嘟嚷着，显然有些恼怒。他并不是想去指挥部队占领日本，而是想回美国担任海军作战部长。他反感的是，海军在对日战争中出生入死，身负重任，而到了胜利时刻，却让一位陆军将领走到幕前站在中央，摘取果实。麦克阿瑟成为举世瞩目的人物一事给人的印象是：主要是他的部队把日本打败的。
海军部长提出一项建议以挽回海军的面子，即如投降仪式由陆军军官主持，则仪式应在一艘海军军舰上举行。他进一步建议，把那艘用杜鲁门家乡的州名，由他女儿玛格丽特命名的"密苏里"号战列舰用来举行投降仪式。福雷斯特尔还从国务卿处赢得一项协议：如麦克阿瑟代表盟军在投降书上签字，尼米兹将代表美国签字。
哈尔西将军得知他的旗舰将成为这一历史事件签字的地方感到十分高兴。他向海军军官学校博物馆发电，请求把1853年马休·卡尔布雷思·佩里准将进入东京湾时挂过的美国国旗借给他。该校同意他的请求，并派专人把旗送来。哈尔西把这面国旗高高地挂在舰首，俯视着即将签署投降书的露天甲板。
麦克阿瑟将军把日本官员召到马尼拉，向他们下达有关迎接占领军的训令。由萨瑟兰代表麦克阿瑟将军，弗雷斯特·谢尔曼代表尼米兹将军接见。在日本代表团的要求下，占领军开往日本的日期推迟到8月28日，以便使日本军方的顽固派有时间冷静下来，认清负隅顽抗是毫无益处的。
尼米兹将军邀请谢尔曼将军、一位陆军高级军官、一位海军陆战队高级军官和一位陆军航空兵高级军官陪同他去参加投降仪式，他还计划带他的总管拉马尔中校、他的通信官（负责安排五星上将的特殊通讯联系）以及莱顿上校同去。他告诉莱顿，他带他去是因为他多次没有批准他离开太平洋舰队参谋部去海上工作的要求，用它来作为补偿。
莱顿向尼米兹建议，如果他打算在日本上岸，最好把他最优秀的陆战队警卫员一块带去。
"这是怎么回事？"尼米兹说，"你不会打枪？"
"我会，"莱顿答道，"而且，我认为要是发生日本人向你袭击的险情，我比你的陆战队警卫员更能及早察觉。我可以同日本人讲地道的日本话，你的陆战队员却不行。"
"那好，"将军说："我们到射击靶场去看看你的枪法。"
他们朝靶子射了一阵以后，尼米兹说："很好。"并且立即任命莱顿为私人翻译和随身警卫。
第一批美国占领军按计划于8月28日在横须贺附近的厚木机场着陆。29日，第3舰队的部分舰只，包括"密苏里"号、"南达科达"号，以及英国海军弗雷泽将军的旗舰"约克公爵"号驶抵东京湾，下锚停泊。那天下午4点刚过，尼米兹乘水上飞机到达东京湾，把将旗升在"南达科达"号上。几乎同时，哈尔西将军来见，提出了一个问题。他听说东京地区战俘营中许多战俘生病并受到非人道的待遇。麦克阿瑟将军曾指示，在陆军未作好准备之前，不得接回战俘。但哈尔西已派出一支包括医疗舰"福利"号的特混大队开到东京，奉命作好登陆和援救的准备。
"就这样办，"尼米兹说，"麦克阿瑟将军会理解的。"哈尔西于是下达了命令，午夜时分有将近800名俘虏被放了出来。
30日，空运第11师在厚木着陆，师的军乐队在麦克阿瑟将军的专机当天下午2点19分降落时，奏乐致敬。麦克阿瑟将军衔着他著名的玉米芯烟斗走下舷梯，同几小时前到达厚木的第8集团军司令罗伯特·L·埃切尔伯格将军握手。麦克阿瑟笑着说："鲍勃，总算如愿以偿了。"
那天早上10点，第3舰队开始登陆。美国海军陆战队进驻横须贺航空基地，美国海军进驻横须贺海军基地。上午10点半，日本海军中将户冢道足正式向哈尔西将军的代表卡尼将军移交横须贺基地的设施。第3舰队和登陆部队的司令部都设在这里，哈尔西的将旗在驻地上空升起。
哈尔西将军同尼米兹将军上岸主持美国国旗升旗仪式。莱顿上校肩挎一支零点四五英寸口径手枪，紧跟着尼米兹。尼米兹看见哈尔西的四星将旗在基地上飘扬，立即命令把它降下来，并提醒哈尔西有比他高的军官在场时，在岸上升自己的将旗是不合适的。
不过，幸好没有发生什么令人不愉快的事情。下午，日本人提供一辆小轿车，尼米兹同哈尔西一道检查船厂并视察了干船坞、军官俱乐部和医院。他们所到之处，美国水兵和陆战队员夹道欢呼。两位将军看到炸弹对基地的破坏很轻，各项设施可迅速恢复供美军在占领期间使用。另一方面，日本人显然未按有关具体规定采取行动，做到"一切设施交付盟军时，均应将废物清理干净，保持高度清洁，可供随时使用。"事实上，场地脏乱，大多数装备不堪使用或不能运转。尼米兹对记者说，没有任何事实可以证明，日本人曾采取行动来清理场地或使机器运转。《纽约时报》说："哈尔西将军的大多数话，均不宜见报。"使两位将军感到讨厌的是，小轿车竟然没汽油，使他们寸步难行。
二、受降仪式
在举行受降仪式的前几天，尼米兹将军不仅每天给尼米兹夫人写信，而且也写给他的每个子女，所以他们都得到了一封具有历史意义的信件。他在写给凯特的信中，谈到他9月1日，星期六拜访麦克阿瑟将军时的一些情况。今日大雨如注，海浪汹涌。我在下东京湾乘驱逐舰去横滨，拜访住在大新旅馆的盟军最高司令麦克阿瑟将军。他的总部设在海关大楼。
横滨毫无生气，活像一座死城。在盟军最高司令的住处有日本的警察和宪兵站岗，他们看见我们旁若无人，表情既无恶意，也无善意。他们对我们简直是视而不见。
到目前，占领日本的工作已在进行，尚未发生暴力行动，也无暴力行动的迹象。小莱明日抵达时，他的一帮人马将同在旧金山登岸时一样列队行进，但不会像在旧金山那样受到欢迎。
盟军在日军的战俘，是惟一欢迎我们进驻日本的人。据我所知，战俘有3．8万人（包括非军人在内），其中有8000名美国人。
今天中午，同盟军最高司令分别后，我们登上停在东京湾的海上医疗舰"福利"号。舰上约有450名前战俘，他们曾受到残酷虐待，挨打、受饿、隔离等等，现正在恢复中。一旦身体情况和运输条件允许，即很快返国。
明天是重大的日子，上午9点是日本人在正式投降书上签字的时间。我猜想今后将会发生大量的自杀行动。
我们可在湾内看到几百艘美国军舰和几艘英国军舰。在港外，我们的庞大舰队作好在必要时出动飞机的准备。再过几分钟，我将去附近停泊的"约克公爵"号上拜访皇家海军弗雷泽将军--部分出于公事，部分由于我喜欢他。而且，我还想在饭前喝上点威士忌加苏打水，因为我们舰上已空空如也。
可能还要一、两天，才能与你相聚。所以现在写这封信祝你幸福、愉快。爱你和南希。你的爸爸。尼米兹将军一定记得，他曾给女儿们寄去一瓶名酒，因为他在信中又加了一句："希望你们为祝贺胜利日留下一些波旁酒。"
为了使麦克阿瑟将军高兴，尼米兹在关岛时已令他的海军营建大队整修了一艘登陆艇，看起来像是一艘海军将领专用艇改装的陆军将领专用艇。海军营建大队将艇漆成红色，椅套则为红白两色，艇首漆有五颗星。这是一艘很有气派的小艇，海军作了不少努力把小艇运到东京湾，准备用它载麦克阿瑟去"密苏里"号。
尼米兹用心良苦，但他不了解麦克阿瑟会住在横滨，离停泊在横须贺海面的"密苏里"号20海里，也不了解其他大多数军官将乘一艘驱逐舰去"密苏里"号。而且，新闻记者、摄影记者，甚至日本的特使都将乘驱逐舰航渡到"密苏里"号战列舰。
拉马尔得意地把尼米兹的"陆军将领专用艇"送交麦克阿瑟时，将军看了一眼说道："太小了，我不乘这个小玩意跑20海里。"
拉马尔泄气地说："将军，您打算乘什么船呢？"
"我要一艘驱逐舰，要一艘新的。"
后来，麦克阿瑟通过他的一名参谋军官告诉拉马尔，他从来没有在舰上升过他的将旗，他想在"密苏里"号上挂他的将旗。将军提出的这个愿望产生了一个问题，因为根据条令和按照传统，最高的海军军官上舰，当前就是尼米兹，他的将旗应升到主桅上。但麦克阿瑟和尼米兹的军阶相同，所以不能把他们任何一人的旗子转到前桅来。
拉马尔十分为难，请示尼米兹："我们应该怎么办？"
上将一笑置之，回答说："你是副官，这是你的事。"
拉马尔同其他军官商量，想出了一个解决办法。他准备把麦克阿瑟的红色将旗，尼米兹的蓝色将旗，并排升到主桅上。"这是海军有史以来第一次"，拉马尔说，"把两面五星将旗一齐升到同一根主桅上。"
9月1日，在"密苏里"号上举行受降仪式预演，几十名水兵扮演明日前来参加仪式的贵宾。右舷露天甲板上一张铺着绿呢桌布的大餐桌上，放着两份投降书，一份为日文，一份为英文。