万历三十年三月，礼部尚书冯琦上言：“顷者皇上纳都给事中张问达之言，正李贽惑世诬民之罪，尽焚其所著书，其崇正辟邪，甚盛举也。臣窃惟国家以经术取士，自《五经》、《四书》、《二十一史》、《通鉴》、性理诸书而外，不列于学官，而经书传注又以宋儒所订者为准。此即古人罢黜百家，独尊孔氏之旨。自人文向盛，士习浸淳，始而厌薄平常，稍趋纤靡；纤靡不已，渐骛新奇；新奇不已，渐趋诡僻。始犹附诸子以立帜，今且尊二氏以操戈。背弃孔、孟，非毁程、朱，惟《南华》、西竺之语是宗是竞。以实为空，以空为实。以名教为桎梏以纪纲为赘疣。以放言高论为神奇，以荡轶规矩、扫是非廉耻为广大。取佛书言心言性略相近者窜入圣言，取圣经有空字无字者强同于禅教。语道既为舂驳，论文又不成章。世道溃于狂澜，经学几为榛莽。臣请坊间一切新说曲议，令地方官杂烧之。生员有引用佛书一句者，廪生停廪一月，增附不许帮补，三句以上降黜。中式墨卷引用佛书一句者，勒停一科，不许会试，多者黜革。伏乞天语申饬，断在必行。自古有仙佛之世，对学必不明，世运必不劢。即能实诣其极，亦与国家无益，何况袭咳唾之余，以自盖其名利之迹者乎？夫道术之分久矣。自西晋以来，于吾道之外别为二氏；自南宋以来，于吾道之中自分两岐；又其后则取释氏之精蕴，而阴附于吾道之内；又其后则释氏之名法，而显出于吾道之外。非圣主执中建极，群工一德同风，世运之流未知所届。”上曰：“祖宗维世立教，尊尚孔子。明经是非，荡弃行检，复安得节义忠孝之士为朝廷用？览卿等奏，深于世教有裨，可开列条款奏来。仙佛原是异术，宜在山林独修，有好尚者任其解官自便。”此稍为厘正，然而旧染既深，不能尽涤；又在位之人多以护借士子科名为阴德，亦不甚摘发也。至于未年，诡僻弥甚。
新学之兴，人皆土苴《六经》，因而不读传注，崇帧三年，浙江乡试题“义用明俊民用章”。上文“岁月日时无易”，传曰：“不失其时也。”第三名龚广生文，误以为历家“一日十二时”之时，而取冠本经，刻为程文。九年，应天乡试题“‘王请大之’至‘文王一怒而安天下之民’”，内有“以遏祖莒”，注曰：“‘莒’，《诗》作‘旅’，众也。”谓密人侵阮、徂、共之众也。第二十三名周天一文，误以为《春秋》莒人”之莒，亦得中式，部科不闻磨勘。诏令之不行至此。
朱子晚年定论
《宋史·陆九渊传》：“初，九渊尝与朱熹会鹅湖，论辩所学，多不合。及熹守南康，九渊访之。熹与至白鹿洞，九渊为讲‘君子小人喻义利’一章，听者至有泣下，熹以为切中学者隐微深痼之病。至于无极而大极之辩，则贻书往来，论难不置焉。”
王文成所辑《朱子晚年定论》，今之学者多信之，不知当时罗文庄已尝与之书而辩之矣。其书曰：“详《朱子定论》之编，盖以其中岁以前所见未真，及晚年始克有悟。乃于其论学书牍三数十卷之内，摘此三十余条，其意皆主于向里者，以为得于既悟之余，而断其为定论。斯其所择宜亦精矣，第不知所谓晚年者，断以何年为定？偶考得何叔京氏卒于淳熙乙未，时朱子年方四十有六。慢二年丁酉，而《论孟集注或问》始成。今有取于答何书者四通，以为晚年定论；至于《集注或问八则以为中年未定之说。窃恐考之欠详，而立论之太果也。又所取《答黄直卿》一书，监本止云此是向来差误，别无‘定本’二字，今所编增此二字，而序中又变‘定’字为‘旧’字，却未详‘本’字所指。朱子有《答吕东莱》一书，尝及定本之说，然非指《集注或问》也。凡此，愚皆不能无疑，顾犹未足深论。窃以执事天资绝世，而日新不已。向来恍若有悟之后，自以为证诸《五经》、《四子》，沛然若决江河而放诸海；又以为精明的确，洞然无复可疑。某固信其非虚语也。然又以为独于朱子之说有相抵悟，揆之于理，容有是邪？他说固未敢请，尝读《朱子文集》，其第三十二卷皆与张南轩答问书。内第四书亦自以为：‘其于实体似益精明，因复取凡圣贤之书，以及近世诸老先生之遗语，读而验之，则又无一不合。’盖平日所疑而未白者，今皆不待安排，往往自见洒落处，与执事之所自序者无一语不相似也，书中发其所见，不为不明；而卷未一书，提纲振领，尤为详尽。窃以为千圣相传之心学，殆无以出此矣。不知何故，独不为执事所取？无亦偶然也邪？若以此二书为然，则《论孟集注》、《学庸章句或问》不容别有一般道理；如其以为未合，则是执事精明之见，决与朱子异矣！凡此三十余条者，不过姑取之以证成高论，而所谓先得我心之所同然者，安知不有豪厘之不同者为祟于其间，以成抵牾之大隙哉！又执事于朱子之后，特推草庐吴氏，以为见之尤真，而取其一说，以附三十余条之后。窃以草庐晚年所见端的与否，以未易知。盖吾儒昭昭之云，释氏亦每言之，豪厘之差正在于此。即草庐所见果有合于吾之所谓昭昭者，安知非其四十年间钻研文义之效，殆所谓真积力久而豁然贯通者也。盖虽以明道先生之高明纯粹，又蚤获亲炙于濂溪，以发其吟风弄月之趣，亦必反求诸《六经》而后得之。但其所禀邻于生知，闻一以知十，与他人极力于钻研者不同耳，又安得以前日之钻研文义为非，而以堕此科臼为悔？夫得鱼忘筌，得兔忘蹄可也。矜鱼兔之获，而反追究筌蹄，以为多事，其可乎哉？东筦陈建作《学蔀通辩》，取朱子年谱、行状、文集、语类及与陆氏兄弟往来书札，逐年编辑而为之，辩曰：‘朱、陆早同晚异之实，二家谱集具载甚明。近世东山赵沺《对江右六君子策》乃云‘朱子《答项平父书》有去短集长之言’，岂鹅湖之论至是而有合邪？使其合并于晚岁，则其微言精义必有契焉，而子静则既往矣，此朱、陆早异晚同之说所萌芽也。程篁墩因之，乃著《道一编》，分朱，陆异同为三节，始焉如冰炭之相反，中焉则疑信之相半，终焉若辅车之相依。朱、陆早异晚同之说，于是乎成矣。王阳明因之，遂有《朱子晚年定论》之录，专取朱于议论与象山合者，与《道一编》辅车之说正相唱和矣。凡此皆颠倒早晚，以弥缝陆学，而不顾矫诬朱子，诳误后学之深。故今编年以辩，而二家早晚之实，近儒颠倒之弊，举昭然矣。”又曰：“朱子有朱子之定论，象山有象山之定论，不可强同。专务虚静，完养精神，此象山之定论也。主敬涵养，以立其本；读书穷理，以致其知；身体力行，以践其实，三者交修并尽，此朱子之定论也。乃或专言涵养，或专言穷理，或止言力行，则朱子因人之教、因病之药也。今乃指专言涵养者为定论，以附合于象山，其诬朱子甚矣！”又曰“赵东山所云，盖求朱、陆生前无可同之实，而没后乃臆料其后会之必同，本欲安排早异晚同，乃至说成生异死同，可笑可笑！
如此岂不适所以彰朱，陆平生之未尝同，适自彰其牵合欺人之弊？奈何近世咸信之，而莫能察也。
昔裴延龄掩有为无，指无为有，以欺人主。陆亘公谓其愚弄朝廷，甚于赵高指鹿为马。今篁墩辈分明掩有为无，指无为有，以欺弄后学，岂非吾道中之延龄哉！”又曰：“昔韩绛、吕惠卿代王安石执政，时号绛为传法沙门，惠卿为护法善神。愚谓近日继陆学而兴者，王阳明是传法沙门，程篁墩则护法善神也。