选择肝移植手术时机的重要依据是全面地了解病人与病史。
手术时机的选择，要根据肝病专科医生的丰富经验以及病人在一定时期内病情进展的程度来做决定，出现肝性脑病、难治性腹水、严重恶液质与营养不良、曲张静脉出血或肝功急速恶化等都是尽早进行手术的指征。一旦内科医生认为继续保守治疗患者已无存活的希望，即是外科医生下决心做移植的时刻。
肝移植应选择较年轻、无明显的恶液质、体力尚好、既往无腹部大手术史、无全身感染、其他器官功能基本正常、同时尚存在较好的肝脏合成功能的病人。由于近年肝移植的结果已非常令人满意，因此，在病程进入危险阶段之前，应该考虑肝移植手术。目前比较普遍的看法之一是预计病人仅有半年至一年的生命，反复出现并发症，但仍处于肝功能代偿期即“住院依赖期”中施行肝移植，应在进入“ICU依赖期”之前实行为宜。