肝脏是处理人体内各种代谢终末产物及毒物的器官，各种内源性或外源性有毒物质，如农药、食品添加剂、药物及肠道吸收来的腐败产物等，大多经肝细胞的作用使其毒性消失、减弱，或结合、转化为可溶性物质，随尿液或胆汁排出体外。肝脏还可将氨基酸代谢产生的有毒的氨形成无毒的尿素，经肾脏排出体外。
肝脏是最大的网状内皮细胞吞噬系统。肝血窦的星状细胞是吞噬系统的重要组成部分。经过肠道吸收的微生物、异物等有害物质，多被星状细胞吞噬消化而被清除。星状细胞也能吞噬血中的细菌、染料及其他颗粒物质。据有关专家研究，门静脉血中有99%的细菌经过肝静脉窦时被吞噬。因此，肝脏的这一滤过作用的重要性极为明显。肝脏还是人体免疫系统的一部分，能够产生抗体，消灭入侵的各种抗原。